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Molecular mechanisms of the alternative splicing regulation in response to a variable nutrient environment in plants

植物中可变剪接调节响应可变营养环境的分子机制

基本信息

批准号：
22H02230
负责人：
西田翔
金额：
$ 10.98万
依托单位：
Saga University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

代表者らはこれまでに、シロイヌナズナにおいて低カリウム耐性に必須な役割を担う転写因子MYB59が、低カリウム条件下において選択的スプライシング制御を介して活性化することを明らかにしてきた。本研究では、MYB59における選択的スプライシング制御に関わる遺伝子を同定し、植物の栄養応答におけるmRNA配列調節の分子機構を明らかにすることにある。（１） MYB59のスプライシング制御に異常を示す変異体のスクリーニング：FLUCスプライシングリポーターを導入した遺伝子組み換え植物を多数作成し、さらにそれらの中からFLUC活性が安定して高く検出される系統を選抜した。これらの系統を背景にした突然変異体集団を作成し、スクリーニングを開始した。（２）GWASによるMYB59スプライシング制御因子の探索：通常栄養条件で栽培された728系統のシロイヌナズナ自然変異系統の葉のRNA-Seqをデータベースより取得し、全系統を対象にMYB59のスプライシングパターンを解析した。そして、得られたデータを形質情報としGWASを実施した。その結果、複数の有意な連関が検出され、その内の一つは液胞膜局在型のカリウムチャネルであるTPK1をコードする遺伝子における多型であった。TPK1の欠損型植物を入手しMYB59のスプライシングパターンを調査した結果、野生型と比較しスプライシングパターンにおける有意な変化が認められ、細胞内のカリウム濃度がMYB59のスプライシングパターンに影響を与えることが予想された。最も強い連関が検出された多型はProtein kinaseをコードする遺伝子上に座乗していた。この変異体を入手しMYB59のスプライシングパターンを調査した結果、野生型と比較しMYB59のスプライシングパターンに有意な変化が認められ、MYB59のスプライシングに関連する新規遺伝子であると考えられた。

The representative should be responsible for the low tolerance factor MYB59. Under the condition of low temperature, the system should be selected to improve the performance of the system. In this study, the equipment selected by the MYB59 system is responsible for the identification of the equipment, and the plant plant is required to respond to the information that the molecular mechanism of the mRNA is clear. The main results are as follows: (1) the MYB59 system is used to indicate that the system is stable and stable. The system is selected in the system. Most of the plants are made, and the FLUC activity is stable. In the background of the system, all of a sudden, the system assembly is completed, and it is necessary to start the operation. (2) the exploration of the control factors of the GWAS system in the MYB59 environment: in general, the cultivation of the 728 system, the natural system, the RNA-Seq system, the whole system, the whole system, and the whole system are analyzed. If you don't know what to do, you have to give it to you. If you don't like it, you have to give it to you. If you don't like it, you have to give it to GWAS. The result of the test, the number of complex data is intended to link the data, the liquid membrane is active, the TPK1 is different, and the number of polymorphisms is different. The TPK1 deficient type plants show that the results are different from that of the MYB59 plant, the wild type plant, the wild type plant, the wild The most important link is to make sure that there is a lot of Protein kinase on the seat. The results of the MYB59 test results, the results of the wild type, the intention of the MYB59 and the MYB59 to improve the performance of the new specification were analyzed.