权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

comprehensive search for expanded repeats in neurodegenerative diseaess

全面搜索神经退行性疾病中的扩展重复序列

基本信息

批准号：
22H02823
负责人：
辻省次
金额：
$ 10.98万
依托单位：
International University of Health and Welfare
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本研究では、封入体形成が病理学的特徴である神経変性疾患に着目して、非翻訳領域のリピート伸長配列を探索し、発症機構を解明することを目的とする。この考え方は、非翻訳領域のリピート伸長配列は、Repeat Associated Non-AUG translation (RAN translation) を引き起こし、異常なアミノ酸配列を有するタンパクへの翻訳が行われ、その結果、封入体を形成するという仮説に基づいている。リピート伸長配列の検出は、short read sequencerでは困難であることから、long read sequencer による全ゲノムシーケンス解析を実施し、伸長リピート配列を検出する独自に開発したプログラムを用いて、伸長リピート配列をゲノム全域から検出し、これらの伸長リピート配列が発症者において、over-representation されている伸長リピート配列の発見を目指す。発症年齢の早いextreme phenotype を示すアルツハイマー病、家族歴を有する家族性アルツハイマー病症例を中心に7例を選択して、long read sequencer (Pacific Bioscience s 社のSequel II) を用いて、ロングリードシーケンス解析を実施した。long read sequencerは、error readを生じやすく精度が十分でないことから、circular consensus sequencing (CCS) というアルゴリズムにより、精度の改善が行われているが、伸長リピート配列のようなlow complexity sequenceに対しては、有効性は限られている。この課題を克服するために、ロングリードシーケンス解析において、CCSだけでなく、CCSアルゴリズムを用いずにBAMファイルを取得することもあわせて行った。

The purpose of this study is to explore the pathological characteristics of inclusion formation in neurologic disorders, and to elucidate the mechanisms underlying these disorders. This is the result of a study on the formation of a compound, a Repeat Associated with non-AUG translation (RAN translation), a repeat associated with non-AUG translation (RAN translation), and an abnormal acid alignment. Long read sequencer, short read sequencer, long read sequencer, long read sequencer, short read sequencer, short read sequencer, long read sequencer, short read sequencer, short read sequencer, long read The early extreme phenotype of the disease, the familial phenotype, the familial phenotype, and the long read sequencer (Sequence II of Pacific Bioscience) were used to analyze the disease. long read sequencer, error read, circular consensus sequencing (CCS), circular consensus sequencing (CCS), circular consensus sequencing (CCS This problem is solved by CCS, CCS and BAM.