Long-read sequencing analysis for difficult to diagnose cases of primary immunodeficiency

长读长测序分析难以诊断的原发性免疫缺陷病例

• 批准号: 22KK0113
• 负责人: 岡田 賢
• 金额: $ 12.98万
• 依托单位: Hiroshima University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-10-07 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KK0113/
• 关键词: ロングリードシーケンス; 原発性免疫不全症; RNAシーケンス; 全ゲノム解析; 診断率向上; 次世代シーケンサー; ロングリード

原発性免疫不全症（PID）は、宿主免疫の障害により多彩な病原体に対して易感染性を示す疾患で、その多くは単一遺伝子の異常により発症する。過去に400を超える責任遺伝子が同定され、それに基づいて病態解明が行われてきた。その結果、遺伝子診断はPID患者の診断確定のみならず、治療法の選択にも重要な役割を担うようになった。先行研究で申請者らは、ゲノム情報を補完するオミックス解析のパイプラインを海外研究機関と共同で開発し、PID患者の診断率向上を達成した。しかし、オミックス解析を実施しても約半数のPID患者は有害変異の同定に至らない。その一因として、全エクソーム解析、ターゲットRNAシーケンスで利用するショートリードの次世代シーケンサー（NGS）は、ゲノムの構造異常、類似配列（偽遺伝子など）の影響で解析困難な領域に存在する変異、染色体転座に伴う融合遺伝子、反復配列の異常などの検出が原理的に困難な点があげられる。このことは、100～150塩基対という短い配列（リード）を読み取るショートリードNGSは、リード長内に収まらない大きな欠失や繰り返し配列の検出精度が低いことに起因する。本課題の第一段階として、ロングリードNGSによるRNAシーケンス、全ゲノム解析の対象となる未診断PID患者の募集を行った。ゲノム解析では診断に至らなかったPID患者で、ショートリードNGSによるターゲットRNAシーケンスとプロテオーム解析との統合解析で新規に診断された患者は約8%であった。一連の解析では診断に至らず、ロングリードNGSによる解析の対象となると考えられるPID患者が80例抽出されており、次年度以降に解析を予定している。また、ロングリードNGSを用いた全ゲノム解析を2例に対して実施し、保有している全エクソーム解析のデータとの比較検討を行った。得られたデータは、現在解析中である。

Primary immunodeficiency (PID) is a disease characterized by host immune impairment, susceptibility to infection, and abnormality of multiple pathogens. In the past, 400 people were responsible for the same problem, and the basic problem was solved. The results, diagnosis and diagnosis of PID patients are important for determining the diagnosis and treatment options. Advance research: applicants should complete their research and analysis, and overseas research institutions should jointly develop and improve the diagnosis rate of PID patients. About half of all PID patients have adverse effects on their health. The analysis of all kinds of factors, such as genetic diversity, genetic diversity, RNA diversity, genetic diversity, The reason for this is that the accuracy of NGS is low when the base is 100~150. The first stage of this study is to analyze the RNA profile of NGS and to recruit undiagnosed PID patients. About 8% of the patients diagnosed by the new method were diagnosed by the new method. 80 cases of PID patients were extracted from the diagnosis, and the next year the analysis was determined. The NGS is used to analyze the whole set of problems in two cases, and the comparison of the whole set of problems is discussed. Get rid of it. Now analyze it.

项目成果

Novel STAT1 Variants in Japanese Patients with Isolated Mendelian Susceptibility to Mycobacterial Diseases

• DOI: 10.1007/s10875-022-01396-1
• 发表时间: 2022-11
• 期刊: Journal of Clinical Immunology
• 影响因子: 9.1
• 作者: Rintaro Ono;M. Tsumura;S. Shima;Yusuke Matsuda;K. Gotoh;Yurina Miyata;Y. Yoto;Dan Tomomasa;Takanori Utsumi;H. Ohnishi;Zenichiro Kato;N. Ishiwada;A. Ishikawa;T. Wada;H. Uhara;R. Nishikomori;D. Hasegawa;S. Okada;H. Kanegane

好中球減少症へのアプローチ

中性粒细胞减少症的治疗方法

• 发表时间: 2022
• 作者: 溝口 洋子;岡田 賢
• 通讯作者: 岡田 賢

Mendelian susceptibility to mycobacterial diseases

孟德尔对分枝杆菌疾病的易感性

• 发表时间: 2023
• 作者: Ono R;Tsumura M;Shima S;Matsuda Y;Gotoh K;Miyata Y;Yoto Y;Tomomasa D;Utsumi T;Ohnishi H;Kato Z;Ishiwada N;Ishikawa A;Wada T;Uhara H;Nishikomori R;Hasegawa D;Okada S;Kanegane H.;Satoshi Okada
• 通讯作者: Satoshi Okada

Recessive inborn errors of type I IFN immunity in children with COVID-19 pneumonia.

• DOI: 10.1084/jem.20220131
• 发表时间: 2022-08-01
• 期刊: The Journal of experimental medicine

Garvan Institute of Medical Research(オーストリア)

加文医学研究所（奥地利）