Long-read sequencing analysis for difficult to diagnose cases of primary immunodeficiency

点击翻译按钮获取中文摘要

原発性免疫不全症（PID）は、宿主免疫の障害により多彩な病原体に対して易感染性を示す疾患で、その多くは単一遺伝子の異常により発症する。過去に400を超える責任遺伝子が同定され、それに基づいて病態解明が行われてきた。その結果、遺伝子診断はPID患者の診断確定のみならず、治療法の選択にも重要な役割を担うようになった。先行研究で申請者らは、ゲノム情報を補完するオミックス解析のパイプラインを海外研究機関と共同で開発し、PID患者の診断率向上を達成した。しかし、オミックス解析を実施しても約半数のPID患者は有害変異の同定に至らない。その一因として、全エクソーム解析、ターゲットRNAシーケンスで利用するショートリードの次世代シーケンサー（NGS）は、ゲノムの構造異常、類似配列（偽遺伝子など）の影響で解析困難な領域に存在する変異、染色体転座に伴う融合遺伝子、反復配列の異常などの検出が原理的に困難な点があげられる。このことは、100～150塩基対という短い配列（リード）を読み取るショートリードNGSは、リード長内に収まらない大きな欠失や繰り返し配列の検出精度が低いことに起因する。本課題の第一段階として、ロングリードNGSによるRNAシーケンス、全ゲノム解析の対象となる未診断PID患者の募集を行った。ゲノム解析では診断に至らなかったPID患者で、ショートリードNGSによるターゲットRNAシーケンスとプロテオーム解析との統合解析で新規に診断された患者は約8%であった。一連の解析では診断に至らず、ロングリードNGSによる解析の対象となると考えられるPID患者が80例抽出されており、次年度以降に解析を予定している。また、ロングリードNGSを用いた全ゲノム解析を2例に対して実施し、保有している全エクソーム解析のデータとの比較検討を行った。得られたデータは、現在解析中である。