Genomic instability and immunology of hepato-biliary cancer

これまでshort-read WGSを行いHBV組み込み検出した肝癌のDNAについて、Nanopore sequencing を行い、HBV組み込みを介して染色体転座を検出した。これらの転座によって、TP53やARID1Aといった腫瘍抑制遺伝子の染色体欠損がおきていた。また、long-readでの肝がんのRNAの全長シークエンス解析も行い、HBVや内因性ウイルスHERVとの融合遺伝子を同定した。胆道胆道がんの合計50例の全ゲノムシークエンス解析を行い、SNV/indel およびＳＶの情報を鑑みて、機械学習法によりHRD解析を行った。BRCA1/2およびPLAB2のgermline variants を保有する患者においては、LOHなどのsecond hit が入ることで、ゲノム不安定が生じ、HRD陽性の腫瘍が発生することを実証した (J Hepatol. 78:333-342, 2023)。B型肝炎、C型肝炎、アルコール性肝炎、およびNASHの凍結保存してある肝組織について、合計8例の空間的RNA発現解析（Visium）のデータ取得を行った。さらには、ウイルス感染や背景肝炎のない肝臓から発生した肝がん組織について、20例の全ゲノムシークエンス解析およびＲNAシークエンス解析を行い、その網羅的変異プロファイルを作成して、これまでのウイルス性肝癌との比較を行った。変異遺伝子には大きな差異はなかったが、ゲノム全体での変異Signatureや非腫瘍肝臓の遺伝子発現に差異が認められ、それらが肝炎を介さない肝発癌に寄与しているものと考えられる。胆道がんおよび膵臓がんの切除標本より、exome およびRNAseq、そして小腸組織のRNAseqを行った。

これまでshort-read WGSを行いHBV組み込み検出した肝癌のDNAについて、Nanopore sequencing を行い、HBV組み込みを介して染色体転座を検出した。これらの転座によって、TP53やARID1Aといった腫瘍抑制遺伝子の染色体欠損がおきていた。また、long-readでの肝がんのRNAの全長シークエンス解析も行い、HBVや内因性ウイルスHERVとの融合遺伝子を同定した。胆道胆道がんの合計50例の全ゲノムシークエンス解析を行い、SNV/indel およびＳＶの情報を鑑みて、機械学習法によりHRD解析を行った。BRCA1/2およびPLAB2のgermline variants を保有する患者においては、LOHなどのsecond hit が入ることで、ゲノム不安定が生じ、HRD陽性の腫瘍が発生することを実証した (J Hepatol. 78:333-342, 2023)。B型肝炎、C型肝炎、アルコール性肝炎、およびNASHの凍結保存してある肝組織について、合計8例の空間的RNA発現解析（Visium）のデータ取得を行った。さらには、ウイルス感染や背景肝炎のない肝臓から発生した肝がん組織について、20例の全ゲノムシークエンス解析およびＲNAシークエンス解析を行い、その網羅的変異プロファイルを作成して、これまでのウイルス性肝癌との比較を行った。変異遺伝子には大きな差異はなかったが、ゲノム全体での変異Signatureや非腫瘍肝臓の遺伝子発現に差異が認められ、それらが肝炎を介さない肝発癌に寄与しているものと考えられる。胆道がんおよび膵臓がんの切除標本より、exome およびRNAseq、そして小腸組織のRNAseqを行った。