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ゲノム情報解析のためのUNIXシェルの開発

用于基因组信息分析的 UNIX shell 的开发

基本信息

批准号：
03266205
负责人：
陶山明
金额：
$ 1.28万
依托单位：
Nagaoka University of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1991
资助国家：
日本
起止时间：
1991 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-03266205/
关键词：
ゲノム情報 UNIX 情報解析

项目摘要

本研究では、UNIXで実証されたソフトウェア技術、思想を基に、非定型ゲノム情報解析を効率よく進めるために適した環境であるGenomic Shell(gsh)の設計・開発を行った。複雑なゲノム情報解析を複数の処理プロセスに分割して実行するためには、プロセス間通信により相互にデ-タをやり取りすることが必要である。gshでは、ソケット・システムコ-ルによりプロセス間通信を行うクライアント-サ-バ・モデルを採用した。開発したサ-バは、メモリ上に配置されたデ-タ管理する機能とゲノム情報解析を高速に行う機能を有する。デ-タの集まりであるオブジェクトは階層化された構造をとり、その操作・管理はUNIXのファイルシステムと同様に行われる。情報解析機能としては、特に高速処理が必要な解析などをサ-バ側でサポ-トした。標準のクライアント・プロセスとしては、gshサ-バの操作、基本的なゲノム情報解析、デ-タ・オブジェクトの表示を行うためのプロセスライブラリを設計・開発した。情報解析処理操作の一貫性を保つために、基本プロセス・ライブラリの解析処理は、全てデ-タ・オブジェクトへの操作という形で実現されている。gshでの標準的なゲノム情報解析は、これらの基本プロセスライブラリ、UNIXがサポ-トしている豊富なツ-ル、様々な解析処理を行うためにユ-ザ-が拡張したプロセス・ライブラリとを、UNIXのパイプ、リダイレクション、シェルスクリプトなどの機能を利用して組み合せ制御することにより実行される。ユ-ザ-は、新しく作成した解析処理をユ-ザ-拡張プロセス・ライブラリとして登録したり、Glibプログラミング機能、gshサ-バ拡張機能GSETを利用することにより、gshの機能を容易に拡張することが出来る。

This study demonstrates the design and development of Genomic Shell(gsh) based on UNIX technology, idea-based, and non-stereotyped information analysis. It is necessary to analyze the complex information and to divide it into two parts. gsh is used for communication between users. The functions of open source, remote control, configuration, remote control, information analysis, and high-speed operation are available. The system is structured in a hierarchical manner, and is operated and managed in a UNIX hierarchy. Information analysis function is necessary for high-speed processing. Standard design, development, operation, basic information analysis, presentation, etc. The consistency of the information analysis processing operation is guaranteed, and the basic information analysis processing operation is realized. gsh's standard application information analysis is performed by using the basic application information processing, UNIX application information processing, and UNIX application information processing functions. GSET is an easy way to use the Glib function and the gsh function.