ゲノム情報解析のためのUNIXシェルの開発

用于基因组信息分析的 UNIX shell 的开发

• 批准号: 05254201
• 负责人: 陶山 明
• 金额: $ 0.9万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05254201/
• 关键词: ゲノム; 情報; コンピュータ; UNIX; 塩基配列

柔軟性・拡張性に富むユーザ志向型のゲノム情報解析の環境をUNIX上で構築するひとつの方法は、ゲノム情報解析のためのツール群をディスク上のコマンドファイルとして作成することである。しかし、このような方法で構築された環境では、柔軟性を実現するために解析ツール・コマンドの再利用性・汎用性を高めると、プロセス間通信によるツール・プロセス間のデータの受渡しが増加するために、解析の処理速度が大幅に低下する問題がある。さらに、ネットワークへの対応も困難である。本研究で開発を行なったgshでは、これらの問題を解決するためにクライアント/サーバ・モデルを採用し、データの受渡しの多い解析ツールをひとつのサーバプロセスのサービスとして提供するようにした。さらに、サーバ上にUNIX型のファイルシステムを構築し、解析にもちいるデータの管理も同時にできるようにした。サーバ上に実現した、標準入出力機能、リダイレクション機能、パイプライン機能、ファイルシステムを利用すれば、サーバがサポートする解析ツール間のデータの受渡しを同一のプロセス内で行なうことができる。したがって、単純な解析ツールを組み合わせて複雑な解析を行なう場合でも、プロセス間通信により繰り返しデータの受渡しを行なうことがないので、高速な処理が可能である。本年度は、ゲノムのマッピング解析の研究の中でこの環境を実際に使用し、ゲノムの情報解析で広く利用できるシステムとして完成させた。

Softness, company, extensional に rich む ユ ー ザ ambition type の ゲ ノ ム intelligence parsing を の environment on UNIX で build す る ひ と つ の way は, ゲ ノ ム intelligence parsing の た め の ツ ー ル group を デ ィ ス ク on の コ マ ン ド フ ァ イ ル と し て made す る こ と で あ る. し か し, こ の よ う で な method to construct さ れ た environment で は, softness を be presently す る た め に parsing ツ ー ル · コ マ ン ド の recycled high sex, domestic sex を め る と, プ ロ セ ス communication between に よ る ツ ー ル · プ ロ セ ス between の デ ー タ の by crossing the し が raised plus す る た め に, parse の 処 Richard low speed が に substantially す る problem が あ る. Youdaoplaceholder0, ネットワ さらに へ へ へ 応 である difficulties である. This research で open 発 を line な っ た GSH で は, こ れ ら の を solve す る た め に ク ラ イ ア ン ト / サ ー バ · モ デ ル を し, デ ー タ の by crossing the し の い more analytical ツ ー ル を ひ と つ の サ ー バ プ ロ セ ス の サ ー ビ ス と し て provide す る よ う に し た. さ ら に, サ ー バ に on UNIX type の フ ァ イ ル シ ス テ ム を build し, parse に も ち い る デ ー タ も の management at the same time に で き る よ う に し た. On サ ー バ に be presently し た, standard into the output function, リ ダ イ レ ク シ ョ ン function, パ イ プ ラ イ ン function, フ ァ イ ル シ ス テ ム を using す れ ば, サ ー バ が サ ポ ー ト す る parsing ツ ー ル between の デ ー タ の by crossing the し を same の プ ロ セ ス で line within な う こ と が で き る. し た が っ て, pure な 単 analytic ツ ー ル を group み close わ せ て complex 雑 な parsing line を な う occasions で も, プ ロ セ ス communication between に よ り Qiao り return し デ ー タ の by crossing the し を line な う こ と が な い の で, high-speed な 処 Richard が may で あ る. This year は, ゲ ノ ム の マ ッ ピ ン グ parsing の research の で こ を の environment be interstate に use し, ゲ ノ ム の intelligence parsing で hiroo く using で き る シ ス テ ム と し て complete さ せ た.

项目成果

Akira Suyama et al.: "Contig Maker:Softwave to DI forcontig snap constraction" Proc.Genome Informatics WorkshopIV. 376-384 (1993)

Akira Suyama 等人：“Contig Maker：Softwave to DI forcontig snap constraction”Proc.Genome Informatics WorkshopIV。

陶山 明: "ゲノムマッピング" 数理科学. 359. 74-81 (1993)

Akira Suyama：“基因组图谱”数学科学。 359. 74-81 (1993)