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ゲノム情報解析のためのUNIXシェルの開発

用于基因组信息分析的 UNIX shell 的开发

基本信息

批准号：
04261203
负责人：
陶山明
金额：
$ 2.24万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1992
资助国家：
日本
起止时间：
1992 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-04261203/
关键词：
ゲノム情報コンピュータ UNIX

项目摘要

柔軟性・拡張性に富むユーザ志向型のゲノム情報解析の環境をUNIX上で構築するひとつの方法は、ゲノム情報解析のためのツール群をディスク上のコマンドファイルとして作成することである。しかし、このような方法で構築された環境では、柔軟性を実現するために解析ツール・コマンドの再利用性・汎用性を高めると、プロセス間通信によるツール・プロセス間のデータの受渡しが増加するために、解析の処理速度が大幅に低下する問題がある。さらに、ネットワークへの対応も困難である。本研究で開発を行ったgshでは、これらの問題を解決するためにクライアント/サーバ・モデルを採用し、データの受渡しの多い解析ツールをひとつのサーバプロセスのサービスとして提供するようにした。さらに、サーバ上にUNIX型のファイルシステムを構築し、解析にもちいるデータの管理も同時にできるようにした。サーバ上に実現した、標準入出力機能、リダイレクション機能、パイプライン機能、ファイルシステムを利用すれば、サーバがサポートする解析ツール間のデータの受渡しを同一のプロセス内で行なうことができる。したがって、単純な解析ツールを組み合わせて複雑な解析を行なう場合でも、プロセス間通信により繰り返しデータの受渡しを行なうことがないので、高速な処理が可能である。このような方法は確かに処理速度を落さず柔軟性の高い解析環境を実現するのに適している。しかし、反面、実現可能な解析処理がサーバがサポートするツールにより制限されてしまうために、解析環境の拡張性が損なわれる欠点がある。この問題点を解決するために、gshではサーバに新しい解析ツールを追加したりサーバから不必要なツールを削除する作業をユーザが簡単に行なえる機能を用意した。この機能を利用することにより、ユーザは高速で柔軟性の高い解析環境を自由に拡張することができる。

Softness, elasticity, richness, ambition, information analysis, environment, and how to build a system on UNIXは、ゲノムInformation Analysisのためのツール群をディスク上のコマンドファイルとしてすることである.しかし、このような method でConstructing されたenvironment では、softness をappearするためにanalyticsツール・コマンドのrecyclability・universalityを高めると、Communication between プロセスによるツール・プロセス间のデータのReceived crossing しがThere are also problems with the increase in processing speed and the significant decrease in analysis processing speed.さらに、ネットワークへの対応もdifficultyである. This study adopts the method of opening and closing the problem and solving the problem and solving the problem.し、データのReceived crossing しの多いanalytics ツールをひとつのサーバプロセスのサービスとして provides するようにした.さらに、サーバ上にUNIX type のファイルシステムをConstruction , analysis and management of the same time.サーバ上に実成した, standard input and output function, リダイレクション function, パイプライン function, ファイルシステムを利Use すれば, サーバがサポートする to analyze the ツール间のデーThe same as the のプロセス内で行なうことができる.したがって、単正なanalytic ツールを组み合わせてFU雑なanalytic を行なうoccasion でも、プロセス间Communication is easy and fast, and high-speed processing is possible.このような method ははかに processing speed を fall さず softness の high い analysis environment を実 appeared するのに Adaptable している.しかし, reverse side, real possibility analysis processing がサーバがサポートするツールによされてしまうために, analysis environment の拡tension nature がloss なわれる owe points がある.このproblem solution するために、gshではサーバに新しいanalysis ツールをadd したりサーバから Unnecessary なツールを Cut off する work をユーザが simplistic に row なえる function を intention した. The function is based on the use of high-speed, high-speed, flexible, high-analytical environment, and free and easy-to-use features.