リガンド結合にともなうDNAの変形伝達距離とその塩基配列依存性

配体结合引起的DNA变形的传输距离及其碱基序列依赖性

• 批准号: 62580217
• 负责人: 陶山 明
• 金额: $ 1.02万
• 依托单位: Nagaoka University of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
• 财政年份: 1987
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1987 至 1988
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-62580217/
• 关键词: DNA; リガンド; アクチノマイシン; 相互作用; 構造変化; 結合; 塩基配列依存性

DNA分子を通しての変形の伝達距離を測定するために、マイコン制御のインジェクターを装備した吸収分光光度計による滴定実験により、特異的結合部位を2箇所もちしかも結合部位間の距離が異なるDNA、d(A_4GCA_nGCA_4)・d(T_4GCT_nGCT_4)(n=2、6、10、14)へのアクチノマイツンD(AMD)の結合曲線の測定をおこなった。測定を行う過程で以下の問題点が発生したため、装置の改良と新たな測定ソフトの製作を行った。昨年度製作したインジェクターは死体積が大きいために高価なDNA試料がかなり無駄になってしまった。そのままでは条件を変えて多数の実験を行うことが不可能なため、インジェクターの改良を行い、死体積が0.5ml以下になるようにした。また、昨年度製作した滴定実験ソフトでは特定波長での吸収値の変化しか測定することが出来なかったために、AMDの結合状態の測定が不十分であった。そこで、滴定実験にともなう吸収スペクトルの変化を精密に測定するためのソフトを新たに製作した。これらの改良などを行って結合曲線の測定を行ったところ、値が10%程度変動して再現性のよい結果が得られなかった。いろいろと調べた結果、再現性がよくない原因が溶液の計量に使用していたピペッターのポリプロピレン性チップにAMDが不可逆的に吸着されるためであることが判明した。ガラスを使用した場合にはそのような問題がほとんどないことが判ったので、出来るだけガラス性を使用し、やむなくポリプロピレン性のものを使用する場合はあらかじめAMDの溶液で処理してから使用するようにした。この結果1〜2%の精度で再現性の良い結果が得られるようになった。現在、こられの点に注意して再び結合曲線の測定を行い、そのデータを解析中である。

DNA molecule を tong し て の - shaped の を 伝 of distance measurement す る た め に, マ イ コ ン suppression の イ ン ジ ェ ク タ ー を equipment し た 収 absorption spectrophotometer に よ る titration be 験 に よ を り, a combination of specific parts by two も ち し か も combining site が の distance between different な る DNA, d (A_4GCA_nGCA_4), d (T_4GCT _nGCT_4) (n = 2, 6, 10, 14) へ の ア ク チ ノ マ イ ツ ン D (AMD) の を combination with the determination of the curve の お こ な っ た. Measuring the processes of line を う で の problem under some が 発 raw し た た め, improved device の と new た な determination ソ フ ト の production line を っ た. Yesterday's annual production し た イ ン ジ ェ ク タ ー は dead volume が big き い た め に high 価 な DNA sample が か な り no 駄 に な っ て し ま っ た. を そ の ま ま で は conditions - え て most の be 験 を line う こ と が impossible な た め, イ ン ジ ェ ク タ ー の improved を い, dead volume が below 0.5 ml に な る よ う に し た. ま た, yesterday's annual production し た titration be 験 ソ フ ト で は specific wavelength で の suction 収 numerical の variations change し か determination す る こ と が out な か っ た た め に, AMD の が combination with the determination of the state の not quite で あ っ た. そ こ で, titration be 験 に と も な う suction 収 ス ペ ク ト ル の variations change を precise determination of に す る た め の ソ フ ト を new た に making し た. Line こ れ ら の improved な ど を っ て を line combination with the determination of the curve の っ た と こ ろ, degree of numerical が 10% - move し て reproducibility の よ い results ら が れ な か っ た. い ろ い ろ と adjustable べ た results, reproducibility が よ く な い reason の measurement に が solution using し て い た ピ ペ ッ タ ー の ポ リ プ ロ ピ レ ン sex チ ッ プ に AMD が irreversible に sorption さ れ る た め で あ る こ と が.at し た. ガ ラ ス を use し た occasions に は そ の よ う な problem が ほ と ん ど な い こ と が convicted っ た の で, out る だ け ガ ラ ス を use し, や む な く ポ リ プ ロ ピ レ ン sex の も の を use す る occasions は あ ら か じ め AMD の solution で 処 Richard し て か ら use す る よ う に し た. The <s:1> result is 1-2% <s:1> accuracy で reproducibility <s:1> good が result が is られるようになった. Now, こ ら れ の point に note し て again び を い, combination with the determination of the curve の そ の デ ー タ を parsing で あ る.

项目成果

中村春木, 陶山明: "コンピューターグラフィックで描いた生体高分子の世界" 東京化学同人, (1988)

Haruki Nakamura、Akira Suyama：“用计算机图形绘制的生物聚合物的世界”东京化学同人，（1988）

樋口一郎, 陶山明: 長岡技術科学大学計算機センターニュース. 5. (1988)

樋口一郎、须山彰：长冈工业大学计算机中心新闻 5。（1988 年）

陶山明,巣瀬善弘,Suyama,A;Suse,Y.: J.Mol.Biol.(1989)

Suyama，A.；Suse，Y.：《分子生物学》（1989）

中村春木、陶山明: "CGでバイオ分子をみる" 東京化学同人, 1-153 (1988)

Haruki Nakamura、Akira Suyama：“用 CG 观察生物分子”东京化学同人，1-153 (1988)