リガンド結合にともなうDNAの変形伝達距離とその塩基配列依存性

DNA分子を通しての変形の伝達距離を測定するために、マイコン制御のインジェクターを装備した吸収分光光度計による滴定実験により、特異的結合部位を2箇所もちしかも結合部位間の距離が異なるDNA、d(A_4GCA_nGCA_4)・d(T_4GCT_nGCT_4)(n=2、6、10、14)へのアクチノマイツンD(AMD)の結合曲線の測定をおこなった。測定を行う過程で以下の問題点が発生したため、装置の改良と新たな測定ソフトの製作を行った。昨年度製作したインジェクターは死体積が大きいために高価なDNA試料がかなり無駄になってしまった。そのままでは条件を変えて多数の実験を行うことが不可能なため、インジェクターの改良を行い、死体積が0.5ml以下になるようにした。また、昨年度製作した滴定実験ソフトでは特定波長での吸収値の変化しか測定することが出来なかったために、AMDの結合状態の測定が不十分であった。そこで、滴定実験にともなう吸収スペクトルの変化を精密に測定するためのソフトを新たに製作した。これらの改良などを行って結合曲線の測定を行ったところ、値が10%程度変動して再現性のよい結果が得られなかった。いろいろと調べた結果、再現性がよくない原因が溶液の計量に使用していたピペッターのポリプロピレン性チップにAMDが不可逆的に吸着されるためであることが判明した。ガラスを使用した場合にはそのような問題がほとんどないことが判ったので、出来るだけガラス性を使用し、やむなくポリプロピレン性のものを使用する場合はあらかじめAMDの溶液で処理してから使用するようにした。この結果1〜2%の精度で再現性の良い結果が得られるようになった。現在、こられの点に注意して再び結合曲線の測定を行い、そのデータを解析中である。

DNA分子を通しての変形の伝達距離を測定するために、マイコン制御のインジェクターを装備した吸収分光光度計による滴定実験により、特異的結合部位を2箇所もちしかも結合部位間の距離が異なるDNA、d(A_4GCA_nGCA_4)・d(T_4GCT_nGCT_4)(n=2、6、10、14)へのアクチノマイツンD(AMD)の結合曲線の測定をおこなった。測定を行う過程で以下の問題点が発生したため、装置の改良と新たな測定ソフトの製作を行った。昨年度製作したインジェクターは死体積が大きいために高価なDNA試料がかなり無駄になってしまった。そのままでは条件を変えて多数の実験を行うことが不可能なため、インジェクターの改良を行い、死体積が0.5ml以下になるようにした。また、昨年度製作した滴定実験ソフトでは特定波長での吸収値の変化しか測定することが出来なかったために、AMDの結合状態の測定が不十分であった。そこで、滴定実験にともなう吸収スペクトルの変化を精密に測定するためのソフトを新たに製作した。これらの改良などを行って結合曲線の測定を行ったところ、値が10%程度変動して再現性のよい結果が得られなかった。いろいろと調べた結果、再現性がよくない原因が溶液の計量に使用していたピペッターのポリプロピレン性チップにAMDが不可逆的に吸着されるためであることが判明した。ガラスを使用した場合にはそのような問題がほとんどないことが判ったので、出来るだけガラス性を使用し、やむなくポリプロピレン性のものを使用する場合はあらかじめAMDの溶液で処理してから使用するようにした。この結果1〜2%の精度で再現性の良い結果が得られるようになった。現在、こられの点に注意して再び結合曲線の測定を行い、そのデータを解析中である。