デ-タベ-スと人工知能を用いたRNAスプライス部位選択に関する研究
利用数据库和人工智能进行RNA剪接位点选择的研究
基本信息
- 批准号:03266208
- 负责人:
- 金额:$ 1.79万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:1991
- 资助国家:日本
- 起止时间:1991 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
RNAスプライシングは、真核生物の遺伝子発現研究の分野だけではなく、ゲノム解析においても重要な位置を占めているが、後者にとって一番肝心なスプライス部位選択の機構については依然として不明な点が多い。そこで本研究では、実験.理論両面から基礎的なデ-タと知識を収集し、スプライス部位選択を支配する要因を探るとともに、最終的にはその成果をル-ルベ-スの予測法としてまとめあげることを目標とした。なお、今年度は2年計画の前半部分にあたる。まず、ヒトmRNA前駆体デ-タベ-スを構築し、そのエキソン.イントロン構造をスプライス部位やブランチ部位のコンセンサススコアとともに図示した。その結果、長大なイントロン中にはスプライス部位類似配列が数多く存在し、それだけでは根本的な解決が望めないことが改めて確認された。これはブランチ部位のコンセンサス配列を同時に考慮しても同様であった。また、知識ベ-スシステムのプロトタイプとして、与えられた前駆体配列から、コンセンサススコアと予測エキソン長の制限をもとにエキソン部分を予測するものを試作した。いわゆる「知識」の組み込みについては、現状では“if then"の形式に乗りやすいものとそうでないものがみられた。次に、スプライス部位選択に関与する因子の有力候補であるRNAの二次構造の影響を調べるために、予測二次構造とコンセンサススコア分布との相関を検討した。既存の方法をスプライス部位予測に組み入れるためには、いくつかの新たに考慮しなければならない点がみられた。最後に、文献検索から異常スプライシングに関するデ-タを収集して、そのデ-タベ-スを現在構築中である。点変異などに伴うスプライシングパタ-ンの変化は、今後の有力な手掛かりになるものと思われる。以上の結果は、第12回日本分子生物学会年会で発表した。
The research on gene development in eukaryotic organisms is divided into two parts: the important position of RNA analysis and the important position of RNA analysis.そこで本研究では、実験. The theory is based on the theory of knowledge collection, the theory of knowledge selection, the theory of knowledge selection, and the theory of knowledge selection. The first half of this year's plan. The expression of mRNA in the precursor of the gene is very important for the construction of the gene. The structure of the film is very simple. There are a lot of similar positions in the results, growth and development, and there are a lot of fundamental solutions. For example, if you want to buy a car, you can buy a car. For example, if you want to make a prediction, you should try to make a prediction. "Knowledge" in the form of "if then" in the form of " A study of the correlation between the secondary structure of RNA and the selection of the secondary structure. Existing methods include the following: Finally, the literature search for abnormal information related to the collection of information, information related to the construction of information The first step is to change your mind, and the next step is to change your mind. These results were presented at the 12th Annual Meeting of the Japanese Molecular Biology Society.
项目成果
期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Nakai,K.: "Expert system for predicting protein localization sites in gramーnegative bacteria." PROTEINS. 11. 95-110 (1991)
Nakai, K.:“预测革兰氏阴性细菌蛋白质定位位点的专家系统。”11. 95-110 (1991)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Nakai,K.: "Predicting various targeting signals in amino acid sequences." Bull.Inst.Chem.Res.Kyoto Univ.69. 269-291 (1991)
Nakai,K.:“预测氨基酸序列中的各种靶向信号。”
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