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線虫の発生分化過程におけるRNA結合蛋白質機能の網羅的解析

综合分析秀丽隐杆线虫发育和分化过程中RNA结合蛋白的功能

基本信息

批准号：
12202026
负责人：
坂本博
金额：
--
依托单位：
Kobe University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12202026/
关键词：
線虫 RNA結合蛋白質 RNAi 発生分化

项目摘要

本研究では、ほぼ完全にゲノム配列が決定された線虫C.elegansのRNA結合蛋白質遺伝子を検索・同定し、それらの発生分化過程における機能を網羅的に解明することをめざした。線虫RNA結合蛋白質遺伝子の同定と、RNAi法による遺伝子発現抑制が誘起する表現型の解析系の確立を進めた。同定したRNA結合蛋白質遺伝子は172個あり、このうち約51%がスプライシング因子などによく見られるRRM型のRNA結合ドメインをもっている。次に多いのがKH型のドメインをもつもので、約14%を占める。このような多数の遺伝子について効率よくRNAi解析を行うために、従来のマイクロインジェクション法にかえて、soaking RNAi法を採用した。また、当面は個別にcDNAを分離することは避けて、遺伝研で作製されたyk cDNAクローンを利用し、主にRNAi後の致死性と発生分化段階の特別な表現型に着目して解析を進めた。これまでに解析した遺伝子総数は32個であり、顕著な表現型を示さなかったものが25個、胚致死表現型を示したものが5個、成長遅滞を示したものが1個あった。また、排出器官canalの形成不全を示すものを1個見いだした。さらに、比較的詳細に解析したSR蛋白質ファミリーについては、組合せによって合成致死や合成不稔の表現型を示した。この合成不稔の場合については、精子の形態異常を見いだすことができた。現在国外で線虫染色体レベルの網羅的RNAi解析が進行していることを考慮し、今後はSR蛋白質遺伝子のように単独RNAiでは表現型を示さない遺伝子について、多重RNAi解析を重点的に進める必要があると考える。また、エピトープタグとの融合遺伝子を発現する線虫株の作製を進めて、その発現様式と結合RNA配列の解析を行い、単なる表現型解析にとどまらないデータベース構築を行う必要がある。

This study is aimed to determine the RNA binding protein gene expression, identity, and differentiation of C.elegans. The identification of RNA-binding protein genes and the establishment of phenotypic analysis systems for gene expression inhibition and induction by RNAi have been advanced. At the same time, 172 RNA binding proteins were identified, and about 51% of them were identified. In addition, about 14% of the total number of KH-type models were selected. Most of these techniques are applied to RNAi analysis. In order to isolate the specific RNAi cDNA, we need to analyze the specific RNAi phenotypes in order to make use of the specific RNAi cDNA, and to develop the lethal RNAi phenotype. The total number of genes analyzed was 32, 25, 5, and 1. The formation of an efflux organ canal is incomplete. In addition, the detailed analysis of SR protein is shown in the phenotype of synthetic death and synthetic failure. In the case of synthetic infertility, abnormal sperm morphology can be seen. At present, RNAi analysis of chromosome diversity of foreign worms is under consideration. In the future, it is necessary to further develop the RNAi phenotype of SR protein gene, single RNAi phenotype and multiple RNAi analysis. It is necessary to analyze the phenotype of the recombinant strain and to construct the expression pattern of the recombinant strain.