質量分析法による核酸の構造解析とそのDNAシークエンシングへの応用

质谱法核酸结构分析及其在DNA测序中的应用

• 批准号: 09272222
• 负责人: 谷口 寿章
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Fujita Health University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09272222/
• 关键词: ゲノム解析; 質量分析; 核酸; DNA; 構造解析; シークエンス

本年度は、エレクトロスプレー質量分析計(PESciex社API-III)を用い、tRNA、nboymne、PCR産物、合成オリゴDNAなどの低分子量の各種核酸をモデル試料として、溶媒や、電場、効率良いイオン化を得られるその他の条件など、核酸の質量分析に必要な基礎的実験法の確立を行うと共に、キャピラリーHPLCと質量分析計を直結したLC/MS法を用いた核酸解析に適したカラム、溶媒条件等の検討を行った。また、プラスミドを制限酵素で処理して得られたフラグメントの混合物のLC/MS法による分離分析法の確立、遺伝子の変異、特にガン遺伝子のそれをPCR産物の質量分析による直接分析により検出する遺伝子変異の検出法の確立、さらにdideoxy法により作成したラダー試料の測定によるDNAシークエンシング法の確立に向けた予備実験などを行った。既に核酸を効率良くイオン化し測定することに成功し、200塩基程度までの試料なら現在の装置で充分高精度な質量分析を可能とした。DNAシークエンシングへの応用においては、質量分析に適したラダー試料作成法の確立が必要であるが、試料の測定そのものに関しては既に殆どのバリアーを越えたと考えられる。核酸の質量分析がもたらすもう一つの大きなメリットは、長いDNAを適当に断片化し、それぞれの断片の質量を正確に測定することで、全体のシークエンスの確認が容易に、かつ短時間に達成できることである。この事はゲノム解析において、得られたシークエンスの精度を高めるためにシークエンシングを繰返し行う必要をなくし、ゲノムデータベースの高精度化を低コストで可能とする事を意味する。また、通常のシークエンサーで読取りミスが起こりがちな、或はシークエンスの解釈が困難なシークエンスに対して、バンドコンプレッションの影響を全く受けないシークエンシング手段を提供するという点も見逃せない。

This year's quality analysis meter (PESciex API-III) Other conditions necessary for the preparation of samples, solvents, electric fields, and efficiency for the synthesis of low molecular weight nucleic acids using tRNA, nboymne, PCR products, and nucleic acid quality analysis HPLC and mass spectrometry were used to analyze nucleic acids, and solvent conditions were discussed. The LC/MS method for the determination of PCR products, the direct analysis of PCR products, the determination of PCR products. Both the nucleic acid yield and the quality of the sample were determined successfully and accurately at a 200-degree level. The quality analysis of DNA samples is necessary for the establishment of sample preparation methods. The quality analysis of nucleic acid is easy to achieve in a short time, and the quality of DNA fragments is determined correctly. This means that the accuracy of the analysis is high, and the accuracy of the analysis is low. In general, the solution of the problem is difficult to solve, and the solution is fully affected by the means of solution.

项目成果

Yamauchi,E.,et al.: "The C-terminal conserved domain of marcks is phosphorylated in vivo by proline-directed protein kinase:application of ion trap mass spectrometry to the determination of protein phosphorylation sites." J.Biol.Chem.273. 4367-4371 (1998)

Yamauchi,E.,et al.：“marcks 的 C 端保守结构域在体内被脯氨酸定向蛋白激酶磷酸化：应用离子阱质谱法测定蛋白质磷酸化位点。”

Taniguchi, H., and Hayashi, N.: "A liquid chromatography/electrospray mass spectrometric study on the posttranscriptional modification of tRNA." Nucleic Acids Res.26. 1481-1486 (1998)

Taniguchi, H. 和 Hayashi, N.：“关于 tRNA 转录后修饰的液相色谱/电喷雾质谱研究。”