金属錯体の関与する酵素反応過程の理論的研究
金属配合物酶促反应过程的理论研究
基本信息
- 批准号:06219220
- 负责人:
- 金额:$ 0.64万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:1994
- 资助国家:日本
- 起止时间:1994 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
平成6年度の成果は次の通りである。(1)タンパク質の全電子波動関数を計算する密度汎関数法プログラムの開発開発したプログラムは以下のA〜Dの特徴を持つ。A.オブジェクト指向言語C_<++>によるコーディング。オブジェクト指向技術の導入により手続き型言語による開発で見られる弊害が改善され、7万行のプログラムが設計半年・コーディング半年で開発できた。B.ガウス型基底関数を用いた密度汎関数法。多くの経験が培われているan initio HF法の手法を取り入れることができるとともに、本質的に計算を補助関数の数の3乗以下のステップで行なえるプログラムとなった(an initio HF法では総軌道数の4乗)。C.解析的X_α法の採用。従来の方法では交換相関ポテンシャルの値はグリッド上で数値計算的に求められてきたが、この方法を採取することで全てのステップを解析的に計算することができるようになった。D.タンパク質の電子状態計算のための初期電子密度作成。アミノ酸残基単位で密度補助関数と交換相関ポテンシャル補助関数のフィッティング係数をデータベース化した。現在、数十残基以上のタンパク質を計算するために、並列計算機の利用を検討している。(2)タンパク質内の酸化還元過程における状態遷移の予測チトクロムc_3の16個の酸化状態において実験データと適合するように状態間の遷移確率をパラメータとして割り振り、確率オートマトンの方法を用いて数値シミュレーションを行なった。(3)これらを高機能ワークステーション上で実行し、結果を可視化する統合環境の構築独自のグラフィカル・ユーザ・インターフェース(GUI)をグラフィックスツールAVS(Application Visual System)とツールキットOSF/Motifを用いて作成し、密度汎関数法の入力データの作成や計算結果の画像表示などがマウス操作で行なえるようになった。
The results of Heisei 6 years are reversed. (1)Calculation of total electron ratio correlation of mass, density function method, and development of the following A ~ D characteristics A. The introduction of technology in the field of communication and communication has improved the efficiency of communication and communication. B. The density correlation method is used to calculate the basic correlation number of the model. There are many ways to incorporate the techniques of an initio HF method. However, the essential calculation can be carried out in a space with a number of sub-orbital parameters below 3 (an initio HF method has a total orbital number of 4). C. The X_α method for analysis. The method of exchange is to calculate the value of the data on the basis of the method of exchange. D. Calculation of electron state of mass and initial electron density. The density of acid residues is dependent on the number of exchange correlations. At present, tens of residues or more in the quality of the calculation, parallel computer use of the discussion (2)The prediction of the state transition in the acidification process in the mass is carried out by the method of numerical simulation. (3)This is a high-level function, which allows you to create an integrated environment and visualize the results. This is a unique environment. AVS(Application Visual System) allows you to create an OSF/Motif with the help of the density function, which allows you to create a graphical representation of the results.
项目成果
期刊论文数量(1)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Y.Morita,M.Okamoto: "Development of Biosimulator for Analyzing Nonlinear Reaction Network" Proceeding of the 5th.Intl.Symp.of Process System Engng.1. 641-647 (1994)
Y.Morita,M.Okamoto:“用于分析非线性反应网络的生物模拟器的开发”第五届国际过程系统工程会议录1。
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