新しいゲノム・サブトラクション法を用いたがん抑制遺伝子の探索

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本研究の目的は新しいゲノムサブトラクション法であるIn-gel competitive reassociation(IGCR)法を用いてがん抑制遺伝子の単離・同定を行なうものである。本年度は、計画として当初予定していた様に腎がん組織のDNAを用いてIGCR法によりLOH部位の濃縮を検討した。腎がん患者2例より腎がん組織と正常組織を得、ゲノムDNAを抽出した後、IGCR法を用いてサブトラクションを行なった後、両組織間で異なるDNA断片を含むクローンのライブラリーを構築した。それぞれのライブラリーについてクローンを用いてサザンハイブリダイゼーションを行ったところ、確かに両者で異なるパターンを示すクローンが得られていた。約800個のクローンについてさらに詳しく解析を行なった結果、これらのライブラリーのcomplexityは約3×10^4であり、クローンの35〜77%がLOHを示した。また、LOHは反復配列を含むクローンでも見られ、本方法が反復配列を含む多くのDNA断片に適用可能であることが改めて確認された。また、正常組織由来のDNAの混入率をマイクロサテライトDNAの多型を利用して調べたところ、混入はほぼ無いことが確認できた。以上の結果より我々の構築したライブラリーが有用であるとの確証を得たので、それぞれのクローンについてヒト/マウス雑種細胞由来のDNAを用いて染色体マッピングを行ないクローンの由来したDNA断片について染色体座位に特異性がないかを検討している。