細胞性粘菌ゲノムのESTによる解析

使用 EST 分析盘基网柄菌基因组

• 批准号: 08283107
• 负责人: 竹内 郁夫
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Okazaki National Research Institutes
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08283107/
• 关键词: 細胞性粘菌; ゲノムプロジェクト; cDNA; グリッド化ライブラリー; Dictyostelium; genome project; gridded cDNA library

(I)cDNAライブラリーの作成1.Dictyostelium discoideum AX4株を用い、発現遺伝子種がもっとも多い移動体期の細胞より調製したpoly(A)+RNAに対してcDNAを合成し、size fractionationの後pBluescript IIへdirectional cloningすることによりライブラリーを作成した。3.ライブラリーの一部を用い、インサートの長さ、cfu、クローンの重複の程度について検討し、ゲノム解析を行うに充分なqualityをもつライブラリーであることを確認した。(i)cfu/6x10E4(ii)インサートの長さの推定(平均長0.9kb)移動体細胞より調整したpoly(A)+RNAに対するcDNAの1st strandをprobeにして行ったコロニー・ハイブリダイゼーション実験の結果は,85%以上が弱または中程度の強さのシグナルを示した。(iii)一部クローンを塩基配列を決定し、98%がpolyA tailをもつRNA由来であること、また72%のクローンは全長または比較的長い塩基配列を含むことが分かった。(iv)重複クローンの確率はおよそ10%であると推定された。4.さらに、短いcDNAおよび長いcDNA用に、それぞれ0.5-1kbと1-21kbののcDNAを用いたライブラリーを作成した。(II)データベースおよびホームページを構築し、インターネットで公開した。また、細胞性粘菌・研究者の情報ネットにこれをリンクさせた。http : //csmnetj.biol.tsukuba.ac.jp/cDNAproject.html(III)20000クローンの高密度グリッド化(IIII)国際的なアッピ-ルと協力関係の樹立細胞性粘菌の研究者のネットワークを通じて、日本が初の本格的なプロジェクトを開始したことをアッピ-ルした。また、仙台で開催された国際会議Dicty96では、ゲノムプロジェクトに関するワークショップを開いた。英国の2グループとは、我がグループが作成するcDNAの高密度化フィルターを用いて、細胞分化・形態形成異常の突然変異株を利用して、遺伝子の発現ネットを解明するプロジェクトを推進することにした。

1. Dictyostelium discoideum AX4 strain was used to produce cDNA fragments. The cDNA fragments were synthesized by poly(A)+RNA and synthesized by pBluescript II. 3. The length of service, cfu, and repetition of one part of the service are checked and analyzed to ensure sufficient quality. (i)cfu/6x10E4 (ii) The estimated length of the protein (average length 0.9kb) was adjusted by the 1st strand probe of the cDNA for poly(A)+RNA. The results showed that more than 85% of the samples were weak and moderate. (iii)A part of the base alignment is determined, 98% of the polyA tail is derived from RNA, 72% of the total length of the base alignment is compared to the length of the base alignment. (iv)The accuracy rate of repetition is 10%. 4. Short and long cDNA sequences are used in the production of cDNA sequences ranging from 0.5-1kb to 1-21kb. (II)The structure of the project is open. Information for researchers, cellular myxomycetes, etc. http://csmnetj.biol.tsukuba.ac.jp/cDNAproject.html (III)20000 high-density classification of Internet (IIII) international cooperation and research on the establishment of cellular slime molds, Japan's first national Internet research began. The International Conference Dicty96 was opened in Sendai. 2. The use of high-density cDNA for cell differentiation and morphogenetic abnormalities, and the development of cDNA for the purpose of elucidating the development of DNA

项目成果

Ochiai,H.,Hata,K.,Saito,T.,Funamoto,S.and Nakata,N.: "Dimer Formation of a Cell-Cell Adhesion Protein,gp64 of the Cellular Slime Mold,Polysphondylium pallidum." Plant and Cell Physiology. 37巻. 135-139 (1996)

Ochiai, H.、Hata, K.、Saito, T.、Funamoto, S. 和 Nakata, N.：“细胞-细胞粘附蛋白的二聚体形成，细胞粘菌、苍白多毛虫植物和细胞的 gp64”。生理学。37。135-139（1996）

Fukuzawa,M.and Ochiai,H.: "Molecular Cloning and Characterization of the cDNA for Discoidin II of Dictyostelium discoideum." Plant and Cell Physiology. 37巻. 505-514 (1996)

Fukuzawa, M. 和 Ochiai, H.：“盘基网柄菌盘基蛋白 II 的 cDNA 的分子克隆和表征。植物和细胞生理学”37. 505-514 (1996)。

Urushihara,H.: "Choice of Partners : Sexual cell interactions in Dictyostelium discoideum." Cell Structure and Function. 21巻. 1-6 (1996)

Urushihara, H.：“伴侣的选择：盘基网柄菌的性细胞相互作用”，第 21 卷，1-6 (1996)。

Funamoto,and Ochiai,H.: "Antisence RNA inactivation of gene expression of a cell-cell adhesion protein (gp64) in the cellular slime mold Polysphondylium pallidum." Journal of Cell Science. 109巻. 1009-1016 (1996)

Funamoto 和 Ochiai, H.：“细胞粘菌苍白球菌中细胞-细胞粘附蛋白 (gp64) 基因表达的反 RNA 失活。细胞科学杂志”109。1009-1016。

Meada,M.,Aubry,L.,Insall,R.,Gaskins,C.,Devreotes,P.N.and Firtel,R.A.: "Seven helix chemoattractant receptors transiently stimulate MAP kinase in Dictyostelium. Role of heterotrimeric G-proteins." Journal of Biological Chemistry. 271巻7号. 3351-3354 (1996)

Meada, M.、Aubry, L.、Insall, R.、Gaskins, C.、Devreotes, P.N. 和 Firtel, R.A.：“七螺旋趋化剂受体短暂刺激盘基网柄菌中的 MAP 激酶。异三聚体 G 蛋白的作用”。生物化学。第 271 卷，第 7 期。3351-3354 (1996)