金属イオン-非イオン界面活性剤によるRNAの位置特異的切断反応

金属离子-非离子表面活性剂对RNA的位置特异性切割反应

基本信息

  • 批准号:
    09235229
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.09万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    1997
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    1997 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

pre-tRNAの自己切断活性が見い出され、pre-tRNAのイントロン切除が起こっていることが明らかにされている。特にイントロンをもつArabidopsis tRNA^<Tyr>では非イオン界面活性剤の系でもスプライシングエンドヌクレース依存性切断が起こると考えられることから、RNA酵素とともに生命の進化に大きな関係があるものと考え、これら切断反応の作用機序を詳細にすることも目的とする。イントロンを含むpre-tRNA^<Tyr>に対するイントロン切除を確認するために、まずモデル反応としてピリミジン-A間で切断が起こるようなRNA13mer(GUUUCGUACAAAC)を用いてスプライシング反応に必須であるMg^<++>の存在下、切断反応に要求される最適条件を検討した。そしてMg^<++>濃度、5μM、pH7.8、反応温度37℃の条件下で最高の切断活性を示した。そこで実際にArabidopsis thaliana tRNA^<Tyr>をT7転写により構築し、上記で述べた条件下でイントロンの切除を試みたところ、主にtRNA^<Tyr>のU_<49>-A_<50>、U_<38>-A_<39>間で切断が起り、5'-_<39>AGACGCAGAUU_<49>-3'のイントロン部位が切除されることがわかった。しかし、スプライシング反応にはMg^<++>が必須であることから、Mg^<++>の存在下で反応を進行させているために、逆にtRNA^<Tyr>の構造を安定化させ、切断活性が低下するといった結果が得られた。この切断反応をMg^<++>のかわりにNH_4^+の存在下で行った場合にはその切断活性も向上した。特にtRNA^<Phe>の結晶構造中には4個のMg^<++>が配位し、その安定性に寄与していることからも、Mg^<++>が切断活性に強く影響を与えているものと思われる。現在Mg^<++>-Briji58の濃度を変化させることでその切断活性の向上にもつとめている。また、通常スプライシング反応は低温で進行しやすいとの説もあり、この点についても検討中である。しかし、Mg^<++>-非イオン界面活性剤の系でtRNA^<Tyr>のイントロン切除が起こるといった事実は初めての例となる。
Pre-tRNA self-cleavage activity is observed in the middle, pre-tRNA self-cleavage activity is observed in the In particular, Arabidopsis tRNA^<Tyr>is a non-enzyme interface active agent system, which is dependent on RNA enzyme activity. The mechanism of RNA enzyme activity is described in detail. The <Tyr>optimal conditions for RNA13mer(GUUCGUACAAAC) to be cut off in the presence of Mg^++&gt; are discussed. The highest cleavage activity was observed at Mg^++&gt; concentration, 5μM, pH 7.8 and reaction temperature of 37℃. In this case, Arabidopsis thaliana tRNA <Tyr>^T7 was constructed under the conditions described above, and the main tRNA <Tyr>^U_<49>-A_<50>, U_<38>-A_<39>was cut off from the 5'-<39>AGACGCAGAUU_<49>-3' site. In the presence of Mg^++&gt;, the structure of tRNA^was stabilized and the activity of tRNA was cut off<Tyr>. In the presence of NH_4^+, the activity of Mg^++ was cut off. In <Phe>the crystal structure of tRNA, there are four Mg^++&gt; complexes, which are stable and strongly affected by Mg^++&gt;. Now Mg^++&gt;-Briji58 concentration changes to cut off activity and upward to cut off activity. In general, it is difficult to find a solution to the problem of low temperature. Mg &lt;++&gt;-non-ionic interface active agent <Tyr>system

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Insil Kim: "NMR analysis of the hydrogen bonding interactions of the RNA-binding domains of the Drosophila Sex-lethal protein with target RNA fragments with site-specific [3-^<15>N]uridine substitutions." Nucleic Acids Res.25. 1565-1569 (1997)
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  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Kazumi Hosono: "Cleavage effect of oligonucleotides substituted at the cleavage sites with modified pyrimidine-and purine-nucleosides" Biochim.Biophys.Acta. 1354. 211-218 (1997)
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  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Hidefumi Yamakawa: "Anti-influenza virus activities of nicked and circular dumbbell RNA/DNA chimeric oligonucleotides" Nucleosi es and Nucleotides. 16. 1713-1316 (1997)
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  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Hiromi Shirakura: "Study on site specific cleavage of RNA" Nucleic Acids Res.Symp.Ser.37. 217-218 (1997)
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  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Kaoru Ushijima: "Site specific cleavage of tRNA by imidazole and/or primary amine groups bound at the 5'-end of oligodeoxyribonucleotides" Biochim.Biophys.Acta. (in press).
Kaoru Ushijima:“寡脱氧核糖核苷酸 5 端结合的咪唑和/或伯胺基团对 tRNA 进行位点特异性切割”Biochim.Biophys.Acta。
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  • 发表时间:
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  • 作者:
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  • 作者:
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知道了