ホヤ遺伝子発現調節領域の構造と機能の網羅的解析

海鞘基因表达调控区结构与功能综合分析

• 批准号: 14011244
• 负责人: 日下部 岳広
• 金额: $ 3.26万
• 依托单位: Himeji Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14011244/
• 关键词: 遺伝子発現調節; ホヤ; 神経特異的遺伝子; 転写調節領域; プロモーター解析; シスエレメント; 発生生物学

1.ホヤ幼生の神経系に特異的に発現する遺伝子の上流領域のクローニング:カタユウレイボヤのEST配列およびゲノムプロジェクトのデータを用い、約60個の神経系特異的遺伝子の上流領域を含むゲノム配列を収集した。各遺伝子の上流領域(2kb〜4kb)を単離し、それぞれをレポーター遺伝子(GFPとlacZ)につないだプラスミドを順次作製した。2.遺伝子上流領域-レポーター融合遺伝子のホヤ胚における発現解析:1で得られた上流領域にレポーター遺伝子をつないだ融合遺伝子を電気穿孔法によりホヤ胚に導入して、レポーター遺伝子の発現を調べた。神経系特異的な発現が得られ、細胞タイプ特異的な発現に関わる調節領域をみいだした。3.遺伝子上流領域の塩基配列の比較解析:単離・同定した各神経系遺伝子のオーソログを近縁種Ciona savignyiで同定し、ゲノム配列の種間比較を行った。その結果、2種は同じ属に分類される近縁種であるにも関わらず、翻訳領域以外の配列は非常に異なっていることが明らかになった。イントロンや上流領域にも種間で部分的に保存された領域がみつかり、これらは重要な転写調節配列と推定される。またこの比較により、これまで困難だった既知遺伝子との相同性がない遺伝子の5'末端の同定が容易になった。発現パターンの共通な遺伝子間で上流領域の配列を比較することにより、神経系特異的な転写に関与するシスエレメントの候補を発見した。遺伝子情報、遺伝子上流領域の塩基配列、シスエレメントの情報、上流領域の機能解析結果のデータベース化を進めた。

1。在喷出幼虫的神经系统中特异性表达的基因的上游区域：使用Terranean幼虫的EST序列和基因组项目的数据，收集了包含大约60个神经系统特异性基因上游区域的基因组序列。分离每个基因的上游区域（2KB-4KB），并顺序产生与报告基因（GFP和LACZ）相关的质粒。 2。在喷水胚胎中的基因 - 报告基因融合基因上游区域的表达分析：通过电穿孔通过电穿孔引入报告基因与1在1中获得的上游区域相连的融合基因，以检查报告基因的表达。获得了神经系统特异性表达，发现与细胞类型特异性表达有关的调节区域。 3。对基因上游区域的基础序列的比较分析：使用近距相对的ciona savignyi鉴定了每个分离和鉴定出的神经系统基因的直系同源物，并比较物种之间的基因组序列。结果表明，尽管这两个物种是紧密相关的物种分类为同一属，但翻译区域以外的序列却大不相同。在内含子和上游区域中也发现了物种之间部分保守的区域，这些区域被认为是重要的转录调节序列。这种比较还促进了与已知基因没有同源性基因的5'末端的鉴定，直到现在一直很难做到这一点。通过比较与表达模式共同的基因之间的上游区域的序列，我们发现了候选的CIS元素涉及神经系统特异性转录。我们已经继续使用数据库的遗传信息，基因上游区域的核苷酸序列，有关CIS元素的信息以及上游区域的功能分析结果。

项目成果

Takehiro Kusakabe: "Phototransduction and visual cycle in the ascidian tadpole larva"Journal of Photoscience. 9・2. 37-40 (2002)

Takehiro Kusakabe：“海鞘蝌蚪幼虫的光转导和视觉周期”《光科学杂志》9・2（2002）。

Yutaka Satou: "Ciona intestinalis cDNA projects : EST analyses and gene expression profiles during embryogenesis"Gene. 287・1-2. 83-96 (2002)

佐藤裕：“海鞘cDNA计划：胚胎发生过程中的EST分析和基因表达谱”基因287・1-96。

Reiko Yoshida: "Central nervous system-specific expression of G protein alpha subnits in the ascidian Ciona intestinalis"Zoological Science. 19・10. 1079-1088 (2002)

Reiko Yoshida：“海鞘中 G 蛋白 α 亚基的中枢神经系统特异性表达”动物学科学 19・10（2002）。

Takehiro Kusakabe: "Gene expression profiles in tadpole larvae of ciona intestinalis"Developmental Biology. 242・2. 188-203 (2002)

Takehiro Kusakabe：“海鞘蝌蚪幼虫的基因表达谱”发育生物学242・2（2002）。