ホヤ遺伝子発現調節領域の構造と機能の網羅的解析

海鞘基因表达调控区结构与功能综合分析

• 批准号: 13202057
• 负责人: 日下部 岳広
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Himeji Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13202057/
• 关键词: ホヤ; 神経特異的遺伝子; 転写調節領域; プロモーター解析; シスエレメント; 発生生物学

1.研究の当初計画:(1)ホヤ幼生の神経系に特異的に発現する多数の遺伝子の5'上流領域を単離し、塩基配列を決定する。(2)上流領域をレポーター遺伝子につないでホヤ胚に導入し、転写調節機能の解析を行なう。(3)各遺伝子の上流領域の塩基配列の比較解析(遺伝子間で保存されたシス調節配列、既知転写因子の結合コンセンサス配列の検索)を行なう。2.研究の成果:(1)幼生ESTの1,013個の独立クラスターの空間的発現パターンを解析し、神経系で発現するクラスターが245個みいだされ、うち60個は神経系のみで発現した(データweb公開および論文発表済み)。(2)ゲノムDNAからPCR法により遺伝子上流の未知領域を単離する方法を確立した。(3)ホヤゲノムプロジェクトの公開データを用いて各遺伝子の近傍のゲノム配列データを収集した。(4)(2)と(3)の結果をもとに6個の遺伝子の上流領域(2kb〜4kb)を単離して塩基配列を決定し、各々をGFPにつないだプラスミドを作製した。(5)これらのGFP融合プラスミドを胚に導入し、中枢神経系特異的なレポーター遺伝子の発現が得られた。(6)視細胞特異的遺伝子の解析により、脳胞全体での発現を活性化するシス配列と視細胞以外での発現を抑制するシス配列の存在が示された。(7)脳胞で特異的に発現する2つの遺伝子Ci-arrとCi-opsin3の上流領域間で非常によく保存された配列がみいだされた。

1. The research plan is as follows:(1) The specific occurrence of most of the genes in the 5'upstream region of the juvenile nervous system is determined by the separation and gene alignment. (2)The upper domain is composed of the following components: introduction, analysis and adjustment. (3)Comparative analysis of the base arrangement in the upstream domain of each gene (the reservation of base adjustment arrangement between genes, the combination of known base factors) was carried out. 2. Results:(1) The spatial occurrence of 1,013 juvenile ESTs was analyzed, and 245 of them were found in the nervous system, and 60 of them were found in the nervous system. (2)The DNA sequencing method was established in the unknown domain of DNA sequencing. (3)The public information of the website is used to collect the information of the website. (4) As a result of (2) and (3), the upstream domain of 6 vectors (2kb ~ 4kb) was determined by the base alignment and the control of each GFP vector. (5)The GFP fusion protein was introduced into the embryo, and the central nervous system-specific protein was developed. (6)The presence of a protein sequence that is specific to the optic cell and that is active in the entire optic cell and that is inhibited outside the optic cell is demonstrated. (7)The cell is unique in its appearance, and its descendants Ci-arr and Ci-opsin3 are very well preserved in their upstream fields.

项目成果

Takehiro Kusakabe: "A cis-regulatory element essential for photoreceptor-specific expression of a medaka retinal guanylyl cyclase gene"Development Genes and Evolution. 211・3. 145-149 (2001)

Takehiro Kusakabe：“青鳉视网膜鸟苷酸环化酶基因的光感受器特异性表达所必需的顺式调节元件”，Development Genes and Evolution 211・3（2001）。

Yutaka Satou: "Ciona intestinalis cDNA projects:EST analyses and gene expression profiles during embryogenesis"Gene. (in press). (2002)

Yutaka Satou：“海鞘 cDNA 项目：胚胎发生过程中的 EST 分析和基因表达谱”基因。

Takehiro Kusakabe: "Ci-opsin1, a vertebrate-type opsin gene, expressed in the larval ocellus of the ascidian Ciona intestinalis"FEBS Letters. 506・1. 69-72 (2001)

Takehiro Kusakabe：“Ci-opsin1，一种脊椎动物型视蛋白基因，在海鞘幼虫眼中表达”FEBS Letters 506・1（2001）。

Takehiro Kusakabe: "Gene expression profiles in tadpole larvae of ciona intestinalis"Developmental Biology. 242・2. 188-203 (2002)

Takehiro Kusakabe：“海鞘蝌蚪幼虫的基因表达谱”发育生物学242・2（2002）。