ホヤ遺伝子発現調節領域の構造と機能の網羅的解析

海鞘基因表达调控区结构与功能综合分析

• 批准号: 13202057
• 负责人: 日下部 岳広
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Himeji Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13202057/
• 关键词: ホヤ; 神経特異的遺伝子; 転写調節領域; プロモーター解析; シスエレメント; 発生生物学

1.研究の当初計画:(1)ホヤ幼生の神経系に特異的に発現する多数の遺伝子の5'上流領域を単離し、塩基配列を決定する。(2)上流領域をレポーター遺伝子につないでホヤ胚に導入し、転写調節機能の解析を行なう。(3)各遺伝子の上流領域の塩基配列の比較解析(遺伝子間で保存されたシス調節配列、既知転写因子の結合コンセンサス配列の検索)を行なう。2.研究の成果:(1)幼生ESTの1,013個の独立クラスターの空間的発現パターンを解析し、神経系で発現するクラスターが245個みいだされ、うち60個は神経系のみで発現した(データweb公開および論文発表済み)。(2)ゲノムDNAからPCR法により遺伝子上流の未知領域を単離する方法を確立した。(3)ホヤゲノムプロジェクトの公開データを用いて各遺伝子の近傍のゲノム配列データを収集した。(4)(2)と(3)の結果をもとに6個の遺伝子の上流領域(2kb〜4kb)を単離して塩基配列を決定し、各々をGFPにつないだプラスミドを作製した。(5)これらのGFP融合プラスミドを胚に導入し、中枢神経系特異的なレポーター遺伝子の発現が得られた。(6)視細胞特異的遺伝子の解析により、脳胞全体での発現を活性化するシス配列と視細胞以外での発現を抑制するシス配列の存在が示された。(7)脳胞で特異的に発現する2つの遺伝子Ci-arrとCi-opsin3の上流領域間で非常によく保存された配列がみいだされた。

1。原始研究计划：（1）分离出在喷幼虫的神经系统中特异性基因的5'上游区域，并确定碱基序列。 （2）上游区域连接到报告基因基因并引入喷水胚，并分析了转录调节功能。 （3）对每个基因上游区域的基础序列进行比较分析（搜索已知转录因子的保守顺式调节序列和结合共识序列）。 2。研究结果：（1）分析了1,013个独立的幼虫EST簇的空间表达模式，并发现了在神经系统中表达的245个簇，其中60个仅在神经系统中表达（数据在Web上发表并发表论文）。 （2）已建立了一种从基因组DNA上游分离基因上游的未知区域的方法。 （3）使用Hoya基因组项目的公共数据收集了每个基因附近的基因组序列数据。根据（4）（2）和（3）的结果，分离了六个基因（2-4 kb）的上游区域以确定碱序列，并制备质粒，每个质粒连接到GFP。 （5）将这些GFP融合质粒引入胚胎中，并表达中枢神经系统特异性报告基因。 （6）对感光细胞特异性基因的分析显示了在整个脑囊泡和顺式序列中激活表达的CIS序列，这些序列抑制了光感受器细胞之外的表达。 （7）在CI-ARR和CI-OPPIN3的上游区域之间发现了一个非常保存的序列，这是在脑囊泡中特异性表达的两个基因。

项目成果

Takehiro Kusakabe: "A cis-regulatory element essential for photoreceptor-specific expression of a medaka retinal guanylyl cyclase gene"Development Genes and Evolution. 211・3. 145-149 (2001)

Takehiro Kusakabe：“青鳉视网膜鸟苷酸环化酶基因的光感受器特异性表达所必需的顺式调节元件”，Development Genes and Evolution 211・3（2001）。

Yutaka Satou: "Ciona intestinalis cDNA projects:EST analyses and gene expression profiles during embryogenesis"Gene. (in press). (2002)

Yutaka Satou：“海鞘 cDNA 项目：胚胎发生过程中的 EST 分析和基因表达谱”基因。

Takehiro Kusakabe: "Gene expression profiles in tadpole larvae of ciona intestinalis"Developmental Biology. 242・2. 188-203 (2002)

Takehiro Kusakabe：“海鞘蝌蚪幼虫的基因表达谱”发育生物学242・2（2002）。