ホヤ遺伝子発現調節領域の構造と機能の網羅的解析

海鞘基因表达调控区结构与功能综合分析

• 批准号: 16011252
• 负责人: 日下部 岳広
• 金额: $ 4.67万
• 依托单位: University of Hyogo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16011252/
• 关键词: 遺伝子発現調節; ホヤ; 神経特異的遺伝子; 転写調節領域; プロモーター解析; シスエレメント; 発生生物学; バイオインフォマティクス

1.計算機による共通モチーフの発見・比較ゲノム解析・転写因子の推定:約100個の神経系特異的遺伝子の近傍のゲノム配列を比較し、同じ発現調節をうける遺伝子間で共有される配列を検索するとともに、既知の転写因子の結合コンセンサス配列を検索した。近縁種Ciona savignyiのオーソログとのゲノム配列の比較を行ない、シス調節領域を推定した。みいだされた配列に結合する転写因子を推定した。2.ホヤ胚への遺伝子導入実験による転写調節領域の機能解析:レポーター遺伝子をつないだ融合遺伝子をエレクトロポレーション法によりホヤ胚に導入し、転写調節領域の機能解析を行った。およそ100個の遺伝子の上流領域にEGFPレポーターを繋いだものを作製済みで、新たにグルタミン酸作動性ニューロン、色素細胞などに特異的なプロモーターが得られた。上記1でみいだされたシス配列の候補に変異を導入した調節領域の機能を同様にして解析し、計算機によりみいだされた配列モチーフが筋肉特異的遺伝子発現に重要であることを証明した。1、2で得られた結果の一部を論文発表により公表した。3.実験結果のデータベース化・ゲノムワイドな発生遺伝子プログラムの解析:遺伝子情報、遺伝子上流領域の塩基配列、シス調節配列および共通モチーフに関する情報、上流領域の機能解析結果などをデータベース化した。データに基づいて、筋肉特異的遺伝子のプロモーターの構造モデルを構築した。

1. Computer に よ る common モ チ ー フ の 発 see, compare ゲ ノ ム analytical, planning to write factor の presumption: about 100 の god 経 system specific heritage 伝 の son nearly alongside の ゲ ノ ム match column を し, with じ 発 now adjust を う け る posthumous son 伝 で between mutual さ れ る match column を 検 cable す る と と も に, both known の planning write factor の combining コ ン セ ン サ ス match column を 検 cable し た. About try species Ciona savignyi の オ ー ソ ロ グ と の ゲ ノ ム match column line の is を な い, シ ス presumption regulation field を し た. Youdaoplaceholder0 だされた list に in combination with する転 write the factor を to infer た. 2. ホ ヤ embryo へ の posthumous son 伝 import be 験 に よ る planning, regulating field の function resolution: レ ポ ー タ ー posthumous son 伝 を つ な い だ fusion heritage 伝 son を エ レ ク ト ロ ポ レ ー シ ョ ン method に よ り ホ ヤ embryo に import し, planning, regulating field analytical を の function line っ た. お よ そ 100 の posthumous son 伝 の upper field に EGFP レ ポ ー タ ー を 繋 い だ も の を cropping 済 み で, new た に グ ル タ ミ ン acid actuation sex ニ ュ ー ロ ン, pigment cells な ど に specific な プ ロ モ ー タ ー が must ら れ た. Written 1 で み い だ さ れ た シ ス match column の alternate に - different を import し の た adjust field function を with others に し て parsing し, computer に よ り み い だ さ れ た match column モ チ ー フ が brawn specific heritage 伝 son 発 に now important で あ る こ と を prove し た. 1. 2で obtained られた result で a を paper publication table によ られた public table た た. 3. Be 験 results の デ ー タ ベ ー ス change · ゲ ノ ム ワ イ ド な 発 living heritage 伝 son プ ロ グ ラ ム の analytic: heritage 伝 child intelligence, but 伝 upper field の salt base columns, シ ス adjustment with column お よ び common モ チ ー フ に masato す る intelligence, upper field の functional analytic results な ど を デ ー タ ベ ー ス change し た. デ ー タ に base づ い て, brawn specific but 伝 の プ ロ モ ー タ ー の tectonic モ デ ル を build し た.

项目成果

Nephrocystin-5, a ciliary IQ domain protein, is mutated in Senior-Loken syndrome and interacts with RPGR and calmodulin

• DOI: 10.1038/ng1520
• 发表时间: 2005-03-01
• 期刊: NATURE GENETICS
• 影响因子: 30.8
• 作者: Otto, EA;Loeys, B;Hildebrandt, F
• 通讯作者: Hildebrandt, F

Computational discovery of DNA motifs associated with cell type-specific transcription in Ciona

与 Ciona 细胞类型特异性转录相关的 DNA 基序的计算发现

• 发表时间: 2004
• 期刊: Developmental Biology 276・2
• 作者: Yoshii;T.;Funada;Y.;Ibuki;T.;Matsumoto;A.;Tanimura;T.;Tomioka;K.;Takehiro Kusakabe;Edgar A.Otto;Reiko Yoshida;Takehiro Kusakabe
• 通讯作者: Takehiro Kusakabe

Decoding cis-regulatory systems in ascidians

解码海鞘中的顺式调控系统

• 发表时间: 2005
• 期刊: Zool.Sci. 22
• 作者: Kusakabe;T.
• 通讯作者: T.

Localization of mRNAs encoding a and β subunits of soluble guanylyl cyclase in the brain of rainbow trout

编码可溶性鸟苷酸环化酶α和β亚基的mRNA在虹鳟鱼大脑中的定位

• 发表时间: 2004
• 期刊: Brain Research 1013・1
• 作者: Yoshii;T.;Funada;Y.;Ibuki;T.;Matsumoto;A.;Tanimura;T.;Tomioka;K.;Takehiro Kusakabe;Edgar A.Otto;Reiko Yoshida;Takehiro Kusakabe;Hironori Ando
• 通讯作者: Hironori Ando

ホヤの光受容システム

海鞘感光系统

• 发表时间: 2004
• 期刊: 生化学 76・4
• 作者: Yoshii;T.;Funada;Y.;Ibuki;T.;Matsumoto;A.;Tanimura;T.;Tomioka;K.;Takehiro Kusakabe;Edgar A.Otto;Reiko Yoshida;Takehiro Kusakabe;Hironori Ando;日下部 岳広
• 通讯作者: 日下部 岳広