ヒトゲノム情報に基づく系統的メチル化解析によるがん関連インプリント遺伝子の検索

基于人类基因组信息，通过系统甲基化分析寻找癌症相关印记基因

基本信息

批准号：
14026015
负责人：
太田一寿
金额：
$ 2.05万
依托单位：
Kanazawa University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14026015/
关键词：
メチル化 CpGアイランド HpaII McrBC ヒト21番染色体出芽酵母 1ハイブリッド M.SssI

项目摘要

1)ヒト21番染色体配列情報から一定基準に基づいてin silicoで抽出した全CpGアイランド(CGI)149個について、新規に開発したHpaII-McrBC PCR法を駆使して、正常人末梢血由来DNAでのアレル別メチル化状態を検討した。その結果、70%のCGIはメチル化を受けていなかったが、意外なことに20%ものCGIが両アレルともにメチル化されていることが判明した。更に7つのCGIは片側アレルのみがメチル化をされていた。これらのうち3つのCGIに関しては、SNP情報と家系を利用した解析が可能であった。2つのCGIは母性アレルがメチル化を受けていたが、残るひとつは由来する親の性にはよらない、つまり非インプリンティング型の片アレルメチル化、という新しいタイプを示すことが判明した。ヒト21番染色体と相同なマウス16番染色体領域やチンパンジー22番染色体の解析にも着手し、これらのメチル化の持つ意味を探っている。2)メチル化CGIを認識してこれにトランスに作用する因子をin vivoのクロマチン状態で解析・検索する目的で、出芽酵母内で特定の配列をメチル化する実験系を構築した。具体的には、LexAオペレータを介してLexA融合蛋白質として発現させた細菌由来de novo CpGメチレースM.SssIを標的配列近傍にリクルートして、そのメチル化を行わせることを試みた。その結果、この方法で標的配列をメチル化し得ることが示された。更に、これと1ハイブリッドシステムを組み合わせた系で、メチル化標的配列とメチルDNA結合蛋白質との相互作用を検出することに成功した。これはin vivoのクロマチン状態でのメチル化DNAとメチル化DNA結合蛋白質の相互作用を解析した最初の例である。現在、この系を用いた新規結合蛋白質の検索を進めている。

1）我们根据人类21层序列信息中的某些标准，研究了149个CpG岛（CGI）在正常人外周血上衍生出的DNA的等位基因甲基化状态。结果表明，在两个等位基因中，有70％的CGI未甲基化，但令人惊讶的是，多达20％的CGI甲基化。此外，七个CGI中只有一侧等位基因是甲基化的。这些CGI中的三个能够使用SNP信息和家庭分析。发现这两个CGI表现出一种新型的母体等位基因甲基化，但其余的CGI并不依赖于起源的父母性别，即未标记，单个等位基因甲基化。我们还开始分析小鼠染色体16和黑猩猩染色体22，它们与人类21同源，并正在探索这些甲基化的含义。 2）构建了一个实验系统，以分析和搜索识别甲基化CGI并在体内染色质状态下对其作用的因素，以分析和寻找识别甲基化CGI的因素。具体而言，我们试图募集新的CpG甲基酸M.SSSI，该M.SSSI通过Lexa操作符表示为Lexa融合蛋白，并将其作为目标序列的附近及其甲基化。结果表明，目标序列可以通过这种方式被甲基化。此外，在将其与一个杂交系统结合使用的系统中，我们成功地检测了甲基化靶序列与甲基DNA结合蛋白之间的相互作用。这是分析体内染色质状态中甲基化DNA和甲基化DNA结合蛋白相互作用的第一个例子。目前，我们正在使用该系统进行搜索对新型结合蛋白的搜索。