SNPの数理解析とSNP利用研究のための新規統計解析手法の開発

开发用于SNP数学分析和SNP利用研究的新统计分析方法

• 批准号: 16012212
• 负责人: 大橋 順
• 金额: $ 3.84万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16012212/
• 关键词: SNP; 統計解析; ゲノムワイド; 関連解析; 伝達不平衡検定; 連鎖不平衡検定; タイピングコスト

本研究の第一の目的は、ゲノムワイド関連解析において、研究コストを勘案した上で、最も効率よく疾患感受性遺伝子を同定しうる(検出力の高い)SNPマーカー数とサンプルサイズを求めるアルゴリズムを開発することであった。以下に成果内容を要約する。Saito and Kamatani(2002)が開発した2段階による段階的絞込み法を応用した。第1段階で必要なサンプルサイズと有意水準をN_1およびa_1とし、第2段階で必要なサンプルサイズと有意水準をN_2およびa_2とした。また、ゲノム中の候補SNP総数をnとし、実際に調べるSNP数をmと仮定した。第1段階の検出力をP_1、第2段階の検出力をP_2とし、遺伝子タイピングコスト、サンプル収集コスト、研究の総資金を、それぞれC_g、C_p、Bとおいた。このような状況下では、Q=mP_1P_2/nを最大化することが研究の最大効率となる。そこで、研究全体の有意水準を0.05に保ち、Qが最大となるように、0.05/m=a_1a_2 (1)mC_g(N_1+α_1N_2)+C_p(N_1+N_2)【less than or equal】B (2)を満たすパラメタ範囲で、マーカー数およびサンプルサイズを求めるアルゴリズム開発を行った。サンプルサイズは整数であるので、グリッドサーチを用いてサンプルサイズを決定した。本研究の第二の目的は、SNPによって規定される連鎖不平衡の程度を計算し、その結果に基づいて疾患感受性変異が存在するゲノム領域を最尤法によって予測する新規統計学的手法の開発を行うことであった。解析手法の開発は現在も継続中であるが、実在集団を対象とする連鎖不平衡解析およびVisual Basicによるシミュレーションプログラムの開発は完了した。

The purpose of this study first の の は, ゲ ノ ム ワ イ ド masato even parsing に お い て, research コ ス ト を in shenzheng し た で, most も sharper rate よ く disease susceptibility heritage 伝 を son be し う る (検 output の い) SNP マ ー カ ー number と サ ン プ ル サ イ ズ を o め る ア ル ゴ リ ズ ム を open 発 す る こ と で あ っ た. The following に results を offer する. Saito and Kamatani(2002)が developed た two-stage による stage twisting 込み method を応 used た た. Paragraph 1 order で necessary な サ ン プ ル サ イ ズ と intentionally level を N_1 お よ び a_1 と し, paragraph 2 で necessary な サ ン プ ル サ イ ズ と intentionally level を N_2 お よ び a_2 と し た. ま た, ゲ ノ ム の alternate in SNP 総 number を n と し, the event be に べ る SNP number を m と 仮 set し た. Paragraph 1 order の 検 output を P_1, paragraph 2 の 検 output を P_2 と し, but 伝 タ イ ピ ン グ コ ス ト, サ ン プ ル 収 set コ ス ト, research の 総 fund を, そ れ ぞ れ C_g, C_p and B と お い た. Under the condition of <s:1> ような ような, で で and Q=mP_1P_2/nを maximize the <s:1> maximum efficiency となる of the する <s:1> とが とが study. そ こ で, research all the の intentionally level を に ち, 0.05 Q が biggest と な る よ う に, 0.05 / m = a_1a_2 (1) mC_g (N_1 + alpha _1N_2) + C_p (N_1 + N_2) [less than or equal 】 B (2) を against た す パ ラ メ タ van 囲 で, マ ー カ ー number お よ び サ ン プ ル サ イ ズ を o め る ア ル ゴ リ ズ ム open 発 を line っ た. サ ン プ ル サ イ ズ は integer で あ る の で, グ リ ッ ド サ ー チ を with い て サ ン プ ル サ イ ズ を decided し た. The purpose of this study the second の の は, SNP に よ っ て rules さ れ る linkage disequilibrium を の degree calculation し, そ の results に づ い て disease susceptibility variations exist different が す る ゲ ノ を ム field most especially method に よ っ て in measuring す る new rules statistical technique の open 発 を line う こ と で あ っ た. Parsing technique の open 発 は now も 継 続 in で あ る が, be in the set 団 を like と seaborne す る linkage disequilibrium analytical お よ び Visual Basic に よ る シ ミ ュ レ ー シ ョ ン プ ロ グ ラ ム の open 発 は finished し た.

项目成果

Application of the stepwise focusing method to optimization of the cost-effectiveness of genome-wide association stuwith limited research budget for genotyping and phenotyping

在有限的基因分型和表型研究预算下，应用逐步聚焦方法优化全基因组关联研究的成本效益

• 发表时间: 2005
• 期刊: Annals of Human Genetics In press
• 作者: Ohashi;Clark
• 通讯作者: Clark

Application of discordant sib-pair linkage analysis for mapping minor histocompatibility antigen loci in a novel graft-versus-host-disease model

应用不一致同胞对连锁分析在新型移植物抗宿主疾病模型中绘制次要组织相容性抗原位点

• 发表时间: 2004
• 期刊: Tissue Antigens 64
• 作者: Ohashi;Clark;Ohashi et al.;Ohashi et al.;Araki et al.
• 通讯作者: Araki et al.

Comparative study of the haplotype structure and linkage disequilibrium of chromosome 1p36.2 region in the Korean and Japanese populations

韩国和日本人群染色体1p36.2区域单倍型结构和连锁不平衡的比较研究

• 发表时间: 2004
• 期刊: Journal of Human Genetics 49
• 作者: Ohashi;Clark;Ohashi et al.;Ohashi et al.;Araki et al.;Ohashi et al.;Akesaka et al.
• 通讯作者: Akesaka et al.

Strong linkage disequilibrium of a HbE variant with the (AT)_9(T)_5 repeat in the BP1 binding site upstream of the β-globin gene in Thai population.

泰国人群中，HbE 变体与 β-珠蛋白基因上游 BP1 结合位点中的 (AT)_9(T)_5 重复序列存在强连锁不平衡。

• 发表时间: 2005
• 期刊: J.Hum.Genet. 50・1
• 作者: Ohashi J;et al.
• 通讯作者: et al.

Molecular polymorphism of ABO blood group gene in Austronesian and Non-Austronesian populations in Oceania.

大洋洲南岛人和非南岛人群体 ABO 血型基因的分子多态性。

• 发表时间: 2004
• 期刊: Tissue Antigens 63
• 作者: Ohashi;J.;I.Naka;R.Ohtsuka;T.Inaoka;Y.Ataka;M.Nakazawa;K.Tokunaga;Y.Matsumura
• 通讯作者: Y.Matsumura