疾患関連変異探索のための遺伝統計学的解析法の開発とデング出血熱関連解析への応用

开发寻找疾病相关突变的遗传统计分析方法及其在登革出血热相关分析中的应用

• 批准号: 18018006
• 负责人: 大橋 順
• 金额: $ 4.54万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18018006/
• 关键词: デング熱; 遺伝統計; 最尤法; 連鎖不平衡マッピング; 関連解析; デング出血熱; タイ; 尤度比検定; 候補遺伝子

1.遺伝統計学的解析法の開発(1)解析対象ゲノム領域の連鎖不平衡の程度をSNPマーカーに基づいて計算し、それに基づいて疾患感受性変異が存在するゲノム領域を最尤法によって予測する新規統計学的手法の開発を行った。シミュレーションによって最尤法による予測の信頼性を検証したところ、組換えホットスポットが関連変異の近傍に存在する場合には、関連変異の位置推定がうまくいかない場合が多いが、ホットスポットがない領域であれば、位置推定が信頼できることが判明した。(2)Affymetrix社のDNAチップのタイピングコールアルゴリズムに関して、ケースとコントロールを分けてBRLMMで解析した場合に、正確なクラスター中心を事前に推定できなかった一方の群において、ヘテロ接合と判定されるサンプルが極端に増える可能性があることが分かった。2.デング出血熱関連遺伝子研究(1)タイ国の病院で治療を受けたデング熱患者(デング熱患者およびデング出血熱患者を合計した約1100名)を対象とし、5q31領域を候補領域として47個のSNPにおける関連を評価したところ、インターロイキン遺伝子が含まれる領域のSNPが有意にデング出血熱と関連していた。(2)タイ・バンコクに居住する健常タイ人96名を対象に、5q31-33領域(522kb)に存在する77個のSNPを調べ、タイ人集団における当該ゲノム領域のハプロタイプブロック構造を解明した。さらに、HapMap集団におけるハプロタイプブロック構造と比較し、HapMap集団のデータをもとに選択したタグSNPのタイ人集団(東南アジア人集団)への転用可能性を検討し、HapMap東アジア人集団のタグSNPがタイ人に転用可能であることが判明した。

1. Development of analytical methods for genetic statistics (1) Development of analytical methods for SNP, base calculations, and disease susceptibility variations in target domains, especially for prediction of new statistical methods. In the case of the existence of a correlation difference, the position estimation of the correlation difference is determined in the case of a plurality of cases, and the position estimation is determined in the case of a plurality of cases. (2) Affytrix's DNA chip is divided into three parts: BRLMM analysis, accurate detection of the center of the chip is estimated in advance, and the probability of increasing the extreme value of the chip is determined. 2. Study on the association of SNPs with hemorrhagic fever (1) The association of SNPs with hemorrhagic fever in 47 candidate domains was evaluated in 5q31 domains. (2)There are 77 SNPs in the 5q31 -33 domain (522kb), and the structure of the SNPs in the 5q31 -33 domain is clarified. The HapMap Group was selected for the purpose of identifying the possible use of SNPs in HapMap Group.

项目成果

Monocyte chemoattractant protein 1 (MCP-1) gene polymorphism is not associated with severe and cerebral malaria in Thailand.

• DOI: 10.7883/yoken.jjid.2006.239
• 发表时间: 2006-08
• 期刊: Japanese journal of infectious diseases
• 影响因子: 2.2
• 作者: N. Dechkum;H. Hananantachai;J. Patarapotikul;J. Ohashi;S. Krudsood;S. Looareesuwan;K. Tokunaga

A scan for genetic determinants of human hair morphology:: EDAR is associated with Asian hair thickness

• DOI: 10.1093/hmg/ddm355
• 发表时间: 2008-03-15
• 期刊: HUMAN MOLECULAR GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Fujimoto, Akihiro;Kimura, Ryosuke;Tokunaga, Katsushi
• 通讯作者: Tokunaga, Katsushi

Significant association between TNF-□ (TNF)promoter allele(-1031C,-863C, and-857C)and cerebral malaria in Thailand

泰国 TNF-□ (TNF) 启动子等位基因（-1031C、-863C 和 -857C）与脑型疟疾之间存在显着关联

• 发表时间: 2007
• 期刊: Tissue Antigens 69
• 作者: Hananantachai;et. al.
• 通讯作者: et. al.

FTO polymorphisms in oceanic populations

• DOI: 10.1007/s10038-007-0198-2
• 发表时间: 2007-12-01
• 期刊: JOURNAL OF HUMAN GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Ohashi, Jun;Naka, Izumi;Ohtsuka, Ryutaro
• 通讯作者: Ohtsuka, Ryutaro

Evidence for natural selection on leukocyte immunoglobulin-like receptors for HLA class I in Northeast Asians

• DOI: 10.1016/j.ajhg.2008.03.012
• 发表时间: 2008-05-01
• 期刊: AMERICAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS
• 影响因子: 9.8
• 作者: Hirayasu, Kouyuki;Ohashi, Jun;Yabe, Toshio
• 通讯作者: Yabe, Toshio