疾患関連変異探索のための遺伝統計学的解析法の開発とデング出血熱関連解析への応用

开发寻找疾病相关突变的遗传统计分析方法及其在登革出血热相关分析中的应用

• 批准号: 20018004
• 负责人: 大橋 順
• 金额: $ 4.74万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20018004/
• 关键词: デング出血熱; 遺伝統計; 最尤法; 関連解; 連鎖不平衡マッピング; デング熱; 関連解析

(1)ゲノムワイド関連解析または候補遺伝子アプローチによって、あるSNPマーカーにおいて有意な関連が検出された場合に、そのSNPマーカーおよび周辺の連鎖不平衡情報をHapMapデータベースより取得する。実際にタイピングしたSNPの情報とHapMapデータベースの情報とを組み合わせることで、実際にはタイピングしていないSNPでの関連検定の結果を予測するアルゴリズムを開発した。(2)系統樹理論に基づき、ハプロタイプブロック中に存在するハプロタイプの中から、系統発生的に感受性変異を共有しうるハプロタイプの組合せをまず検出する。ハプロタイプの系統樹を作成し、未知のSNPを共有しうるハプロタイプの組合せをもとめ、それらのハプロタイプの組合せについてのみ検定を行う。検定するハプロタイプの組合せを絞ることで、分子系統進化上起こり得ない組合せから生じる偽陽性率を計算し、当該手法の有効性を評価した。(3)SNP頻度情報などをデータベースから抽出し、有害な変異の頻度スペクトラムをもとめる。有害変異の対立遺伝子頻度は中立なものより低いが、疾患と関連している可能性は高いので、得られた頻度スペクトラムをもとに、有害変異のスクリーニングに必要な患者検体数、関連解析のサンプル数などを算出するアルゴリズムを開発した。(4)トール様受容体遺伝子(TLR)ファミリー(TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR7、TLR8、TLR9)、各種サイトカイン(IL3、IL4、IL13)を候補遺伝子群として、デング出血熱関連解析を行った。

(1) ゲ ノ ム ワ イ ド masato even parsing ま た は alternate heritage 伝 son ア プ ロ ー チ に よ っ て, あ る SNP マ ー カ ー に お い て intentionally な masato even が 検 out さ れ た に, そ の SNP マ ー カ ー お よ び weeks 辺 の linkage disequilibrium intelligence を HapMap デ ー タ ベ ー ス よ り obtain す る. Be interstate に タ イ ピ ン グ し た SNP の intelligence と HapMap デ ー タ ベ ー ス の intelligence と を group み close わ せ る こ と で, be interstate に は タ イ ピ ン グ し て い な い SNP で の masato even 検 を の results to measure す る ア ル ゴ リ ズ ム を open 発 し た. (2) に tree theory づ き, ハ プ ロ タ イ プ ブ ロ ッ ク に exist す る ハ プ ロ タ イ プ の in か ら, system 発 raw に sensibility - different を mutual し う る ハ プ ロ タ イ プ の combination せ を ま ず 検 out す る. ハ プ ロ タ イ プ の system tree を make し, unknown の SNP を mutual し う る ハ プ ロ タ イ プ の combination せ を も と め, そ れ ら の ハ プ ロ タ イ プ の combination せ に つ い て の み 検 を line う. 検 set す る ハ プ ロ タ イ プ の combination せ を ground る こ と で, molecular system evolutionary こ り must な い combination せ か ら raw じ る false positive rate を し, when the gimmick の have sharper sex を review 価 し た. (3) the SNP frequency intelligence な ど を デ ー タ ベ ー ス か ら spare し, harmful な - different の frequency ス ペ ク ト ラ ム を も と め る. Harmful - different の state heritage seaborne 伝 sub frequency は neutral な も の よ り low い が, sickness, と masato even し て い likely は る い の で, ら れ た frequency ス ペ ク ト ラ ム を も と に, harmful - different の ス ク リ ー ニ ン グ に necessary 検 body number, masato な patients even parsing の サ ン プ ル number な ど を calculate す る ア ル ゴ リ ズ ム を open 発 し た. (4) ト ー ル others in the capacity of body heritage 伝 child (TLR) フ ァ ミ リ ー (TLR1, TLR2, TLR3, TLR4, TLR7, TLR8, TLR9), various サ イ ト カ イ ン (IL3, IL4, IL13) を alternate heritage 伝 subgroup と し て, デ ン グ haemorrhagic fever masato even line analytical を っ た.

项目成果

A practical case-control association test for detecting a susceptibility allele at a copy number variation locus

• DOI: 10.1038/jhg.2009.8
• 发表时间: 2009-03-01
• 期刊: JOURNAL OF HUMAN GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Ohashi, Jun

A replication study of the association between the IL12B promoter allele CTCTAA and susceptibility to cerebral malaria in Thai population.

• DOI: 10.1186/1475-2875-8-290
• 发表时间: 2009-12-11
• 期刊: Malaria journal
• 影响因子: 3
• 作者: Naka I;Patarapotikul J;Tokunaga K;Hananantachai H;Tsuchiya N;Ohashi J
• 通讯作者: Ohashi J

Identification of a haplotype block in the 5q31 cytokine gene cluster associated with the susceptibility to severe malaria

• DOI: 10.1186/1475-2875-8-232
• 发表时间: 2009-10-19
• 期刊: MALARIA JOURNAL
• 影响因子: 3
• 作者: Naka, Izumi;Nishida, Nao;Ohashi, Jun
• 通讯作者: Ohashi, Jun

Linkage Disequilibrium Structure of the 5q31-33 Region in a Thai Population

泰国人群 5q31-33 区域连锁不平衡结构

• 发表时间: 2008
• 期刊: Journal of Human Genetics 53
• 作者: Nuchnoi;et.al.
• 通讯作者: et.al.

A practical case-control association test for detecting a susceptibility allele at a copy number variation locus. Journal of Human Genetics

用于检测拷贝数变异位点处的易感性等位基因的实用病例对照关联测试。

• 期刊: Journal of Human Genetics (印刷中(掲載確定))
• 作者: J.Mifune;S.Nakamura;T.Fukui;Ohashi
• 通讯作者: Ohashi