小型魚類を利用した網羅的な転写制御カスケード同定法の開発
利用小鱼开发综合转录调控级联鉴定方法
基本信息
- 批准号:16013228
- 负责人:
- 金额:$ 2.24万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:2004
- 资助国家:日本
- 起止时间:2004 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
遺伝子発現ネットワークの主要なステップである「転写因子→標的配列→標的遺伝子の発現」という転写制御カスケードを効率的に解析していくことが、今後のゲノム生物学における重要な課題の一つである。転写因子の標的配列を含むゲノムDNAは、多くの場合エンハンサーとしての活性を持つと考えられる。本研究は、クロマチン免疫沈降法により転写因子のin vivo結合配列を回収する手法にくわえて、トランスポゾンによる遺伝子導入法と小型魚類の利点をいかして、トランスジェニック法でありながらエンハンサー活性の可視化を効率的におこなう手法を取り入れ、制御標的配列を生体内での機能に基づいて選別するシステムを構築することにより、網羅的な転写制御カスケード同定法の開発を目指して実施した。本研究では転写因子の具体例として、HMGドメイン転写因子SOXを取り上げる。このうち、グループB1に属するSOXは、神経系と感覚器の発生に重要な役割を果たしていると考えられるが、その標的遺伝子の多くは明らかになっておらず、その同定が急がれている。まず、ゼブラフィッシュB1グループsox遺伝子のcDNAを網羅的にクローニングし、その発現パターンの解析を行った。sox19とsox31が神経系原基のほぼ全体で発現されるとともに、グループB1の他のsox遺伝子が、神経系の様々な領域で重なりをもちながら発現されることがわかった。次に、クロマチン免疫沈降法に必要な抗体の調製をおこない、免役沈降法に使用できることを既知のターゲットを用いて確認した。さらに、エンハンサー活性を検出するためのSleeping Beautyトランスポゾンベクターの構築をおこない、エンハンサー活性の検出に使用できることを確かめた。また、トランスポゾンによる遺伝子導入法の改良をおこない、導入効率をたかめる事ができ、基本的な条件設定が終了した。
The main reasons for the occurrence of genetic mutations are: "writing factors → target arrangement → target gene occurrence","writing control factors → analysis of efficiency", and "important issues in biology" in the future. The target sequence of the writing factor contains the following information: DNA, activity, etc. In this study, the immunoprecipitation method was used to detect the binding and alignment of factors in vivo, and the method of introducing genes into small fish was used to detect the activity of small fish. The purpose of the development of the system design method is to implement the system design method based on the function of the system design in the organism. In this study, the specific example of writing factor is given, and the HMG's writing factor SOX is selected. This is the first time that a person has ever been involved in an activity that is important to the development of a sensor. The analysis of the cDNA sequence of the gene B1, B2, B3, B4, B5, B6, B7, B8, B9, B SOX19 and SOX31 form the basis of the nervous system, and all of them are developed in the field of nervous system. Second, the immune sedimentation method is necessary for the modulation of antibodies, and the immune sedimentation method is used to confirm the use of known antibodies. The activity of Sleeping Beauty is detected by the activity of sleeping Beauty. The improvement of gene introduction method, introduction efficiency and basic condition setting are completed.
项目成果
期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Interplay of SOX and POU factors in regulation of the Nestin gene in neural primordial cells
- DOI:10.1128/mcb.24.20.8834-8846.2004
- 发表时间:2004-10-01
- 期刊:
- 影响因子:5.3
- 作者:Tanaka, S;Kamachi, Y;Kondoh, H
- 通讯作者:Kondoh, H
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- DOI:10.1387/ijdb.041868hk
- 发表时间:2004-01-01
- 期刊:
- 影响因子:0.7
- 作者:Kondoh, H;Uchikawa, M;Kamachi, Y
- 通讯作者:Kamachi, Y
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- 发表时间:
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- 影响因子:0
- 作者:
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