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ホヤゲノムにおける5'スプライスリーダー配列をもつmRNAの網羅的解析

海鞘基因组中 5 剪接前导序列 mRNA 的综合分析

基本信息

批准号：
17017020
负责人：
佐藤ゆたか
金额：
$ 3.2万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ホヤのmRNAの一部はその5'末端にトランススプライシングによってスプライスリーダー配列をもつことが明らかにされている。そこで、オリゴキャッピング法によって完全長cDNAライブラリーを作製し、そこから5000個あまりの5' ESTを得て、約50%の遺伝子がトランススプライシングを受けることを明らかにした。また、実際にホヤの遺伝子の一部はポリシストロニックな転写産物を生成し、トランススプライシングによってモノシストロニックなmRNAとなることを確認した。このような現象は線虫など他のトランススプライシングを行う動物でも知られている。他の動物ではポリシストロン内の遺伝子間距離は100塩基程度であることが多いが、ホヤの場合遺伝子間距離が0であることを見いだした。われわれを含め、いくつかの遺伝子モデルセットが公開されているが、どれもその精度は十分ではない。遺伝子間距離が0の遺伝子群の存在はこれまで想定されておらず、既存の遺伝子予測プログラムでは対応できないことが一つの大きな要因である。したがって本研究で明らかになるEST情報をもちいることによってその精度は飛躍的にあがることが期待できる。一方、それにともない、既存の遺伝子予測プログラムにこのEST情報を反映させる情報学的な解決方法を探る必要が生じている。ゲノムワイドな遺伝子機能の解析は正確な遺伝子のカタログ化が前提であり、その意味でも本研究の果たす役割は大きい。また、冒頭でも述べたように発生における転写制御のメカニズムをゲノムワイドに考える上では遺伝子の5'末端を正確に知ることが不可欠であるが、ホヤの遺伝子の約半数がトランススプライシング遺伝子であることから本研究をさらに推進していくことがホヤの発生における発生システムの理解に重要であることが明らかである。

A part of the mRNA is located at the 5'-terminal end of the gene. The full length cDNA sequence was produced by the method, and 5000 5'ESTs were obtained. About 50% of the cDNA sequences were obtained by the method. Part of the gene sequence was identified as the product of transcription and transcription. This phenomenon is not only the phenomenon of animal behavior, but also the phenomenon of animal behavior. The distance between the animals is 100 degrees. The distance between the animals is 0 degrees. This is the first time I've ever seen a woman who's been in a relationship with someone else. The distance between vectors is 0 and the existence of a vector subgroup is determined by the hypothesis, and the existence of a vector prediction is determined by the hypothesis. This study is aimed at improving the accuracy of EST information. A method of informatics to solve the problem of EST information reflection is needed. The analysis of the function of the gene is based on the premise that the gene is transformed into a gene. About half of the genes in this study were identified by the 5'end of the gene.