Backbone Database for Understanding the Biological Systems

用于了解生物系统的骨干数据库

• 批准号: 17020005
• 负责人: KANEHISA Minoru
• 金额: $ 227.9万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17020005/
• 关键词: ゲノム; プロテオーム; バイオインフォマティクス; パスウェイ・ネットワーク; ケミカルゲノム; ケモインフォマティクス; システム生物学; ゲノムデータベース; パスウェイデータベース; ネットワーク解析; 相互作用解析; 反応予測; バイオィンフォマティクス; パスウェィデータベース

We have expanded KEGG, an integrated database resource for understanding higher-level systemic functions and utilities of the cell, the organism, and the ecosystem from genomic and metagenomic information. Specifically, we have developed the genome annotation methods to predict molecular networks from genome sequences for deciphering the biological systems and the chemical annotation methods to predict chemical reactions from chemical compound structures for uncovering microbial degradation pathways of environmental compounds and biosynthetic pathways of plant secondary metabolites.

我们扩展了 KEGG，这是一个综合数据库资源，用于从基因组和宏基因组信息中了解细胞、生物体和生态系统的更高级别的系统功能和效用。具体来说，我们开发了基因组注释方法，从基因组序列预测分子网络，以破译生物系统；以及化学注释方法，从化合物结构预测化学反应，以揭示环境化合物的微生物降解途径和植物次生代谢物的生物合成途径。

项目成果

PathPred: an enzyme-catalyzed metabolic pathway prediction server.

• DOI: 10.1093/nar/gkq318
• 发表时间: 2010-07
• 期刊: Nucleic acids research
• 影响因子: 14.9
• 作者: Moriya Y;Shigemizu D;Hattori M;Tokimatsu T;Kotera M;Goto S;Kanehisa M
• 通讯作者: Kanehisa M

KEGG for linking genomes t0 life and the environment.

KEGG 用于将基因组与生命和环境联系起来。

• 发表时间: 2008
• 期刊: Nucleic Acids Res. 6
• 作者: Kanehisa;M.;Araki;M.;Goto;S.;Hattori;M.;Hirakawa;M.;Itoh;M.;Katayama;T.;Kawashima;S.;Okuda;S.;Tokimatsu;T.;and yamanishi;Y.
• 通讯作者: Y.

Extremely Short 5' Untranslated Region in Entamoeba genes

内阿米巴基因中极短的 5 非翻译区

• 发表时间: 2009
• 作者: Niijima;S.;(Kuhara;S.);Akihiro Mori;平糠和志
• 通讯作者: 平糠和志

Network analysis of adverse drug interactions

药物不良相互作用的网络分析

• 发表时间: 2008
• 期刊: Genome Informatics 20
• 作者: Takarabe;M.;Okuda;S.;Itoh;M.;Tokimatsu;T.;Goto;S.;and Kariphisa;M
• 通讯作者: M

Prediction of missing enzyme genes in bacterial metabolic network : A reconstruction of lysine degradation pathway of Pseudomonas aeruginosa

细菌代谢网络中缺失酶基因的预测：铜绿假单胞菌赖氨酸降解途径的重建

• 发表时间: 2007
• 期刊: FEBS Journal 274
• 作者: Yamanishi;Y.;Mihara;H.;Osaki;M.;Muramatsu;H.;Esaki;N.;Sato;T.;Hizukuri;Y.;Goto;S.;Kanehisa;M.
• 通讯作者: M.