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新規蛍光プローブを用いたRNA検出法の開発

新型荧光探针RNA检测方法的开发

基本信息

批准号：
18038027
负责人：
小堀哲生
金额：
$ 1.02万
依托单位：
Kyoto Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18038027/
关键词：
SNPs 核酸プローブナフチリジン DNA RNA

项目摘要

生きた細胞内で、時間軸・空間軸の観点からRNAを解析し、細胞におけるRNA発現プロファイリング(トランスクリプトーム解析)を行うためには、標的RNAを選択的に直接可視化する技術が必要不可欠である。そこで我々は、RNAのセンシング法の開発を目指し、本研究期間においてRNAのセンシングにおいて最も重要である発色団のデザインと相補鎖との結合時における配列識別能に関する評価を行った。「蛍光発色団のデザイン」「蛍光発色団の発光特性の調査」については前年度までに完了しており、ジアミノナフチリジンが発色団として適した性質を持っていることがわかっている。本年度の研究の第一段階として、DNAを検出対象として、ナフチリジン-核酸ハイブリッドの構造最適化を行った。アミノヘキシルジアミノナフチリジン、アミノエチルジアミノナフチリジン、ビスアミノエチルジアミノナフチリジンを合成し、プローブ核酸へ導入することにより3種類のナフチリジン-核酸ハイブリッドを合成した。ジアミノナフチリジン誘導体の導入方法としては、プローブ核酸の5'末端にウレタン結合を介して導入する方法が最も簡便であることが明らかとなった。蛍光法を用いて相補鎖DNAの検出感度について評価した結果、20倍のS/N比で相補鎖DNAを検出することに成功した。また、ナフチリジンの相補的な位置の塩基の種類によっても大きく蛍光強度が異なるため、SNP検出にも応用できることが明らかとなった。これらの結果は、生体機能関連化学シンポジウム、日本化学会春季年会において発表を行った。さらに、ナフチリジン-核酸ハイブリッドのRNA検出における有用性についての評価を行った。その結果、ナフチリジン-核酸ハイブリッドはRNAを検出対象とした場合においても有効なプローブとなることが明らかとなった。

A technique for direct visualization of RNA production within cells, Timeline and Spatial Axis is essential. In this study, we evaluated the importance of RNA sequence identification in the development of RNA sequence identification. "Light emission characteristics" Investigation of light emission characteristics "in the previous year, the completion of the first year, the completion of the first year, the second year, the completion of the first year, the first The first phase of this year's research is to optimize the structure of DNA detection and analysis. The three types of nucleic acid derivatives are: nucleic acid derivatives, nucleic acid derivatives, and nucleic acid derivatives. The method for introducing the gene inducer is the simplest. The detection sensitivity of phase-locked DNA by light method was evaluated. The detection of phase-locked DNA by 20 times S/N ratio was successful. The position of the base and the type of the base are different, and the SNP detection is different. The results showed that the biological functional relationship chemistry was developed at the spring annual meeting of the Japanese Chemical Society. In addition, the detection of RNA from nucleic acid fragments and the evaluation of its usefulness were also carried out. The result is that there is no such thing as a DNA fragment.