Development of plant conservation genetics by discovering hidden linages in New Caledonia using population genomics analysis

利用群体基因组学分析发现新喀里多尼亚隐藏的谱系，发展植物保护遗传学

• 批准号: 21KK0104
• 负责人: 陶山 佳久
• 金额: $ 12.06万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-10-07 至 2027-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21KK0104/
• 关键词: 分子系統解析; MIG-seq法; Acropogon属; ゲノムワイドSNP分析; 次世代シーケンシング; 生物多様性ホットスポット; 分子系統地理; 集団遺伝; MIG-seq; 絶滅危惧植物

生物多様性ホットスポットとして知られるニューカレドニアにおいて、急速に失われつつある自然植生を構成する固有植物の１群であるAcropogon属の現地分布調査およびDNA分析用試料の採取を行い、それらを対象としたゲノムワイドDNA分析による分子系統解析を実施した。初年度（R3, 2021年度）は新型コロナウイルス感染症の影響を考慮して渡航の計画は立てず、海外共同研究者がすでに保有している乾燥標本等を利用し、予備データとしてのDNA分析およびデータ解析を実施した。令和4（2022）年度は、渡航制限等がほぼなくなった年度末に渡航をすることができ、現地分布調査およびDNA分析用試料の採取を実施することができた。具体的には、ニューカレドニア南部の6箇所において合計6種（および種同定困難な2サンプル）を対象とした集団サンプリングを実施し、合計92サンプルを採取した。また、それとは別に海外共同研究者がすでに採取したサンプルの提供を受けた。これらのサンプルについて、分子系統解析用のMultiplexed ISSR Genotyping by sequencing（MIG-seq）法（Suyama & Matsuki, 2015）を用いたゲノムワイドDNA分析によってデータ取得を行うことができた。データ解析の結果、全体として既知の分類知見にほぼ合致した系統関係が得られたとともに、いくつかの新知見が得られた。現在、この解析結果を形態情報と合わせ、詳細な検討を進めている。なお、このデータ取得は日本側の若手研究者が担当し、対応した海外共同研究者も新たに加わった若手研究者であったため、この分野の未来を担う若手研究者の養成という視点においても十分な成果が得られた。

Biodiversity, diversity In the first year (R3, 2021), the impact of new types of HIV infection was considered, and the project of overseas co-investigators was established to maintain the use of dry samples, prepare for DNA analysis and analysis. For the year 2022, we will conduct survey and sample collection for DNA analysis at the end of the year. The six locations in the south of the country have a total of six locations (two locations with the same difficulty), and a total of 92 locations have been selected. We are looking forward to working with overseas co-investigators. Multiplexed ISSR Genotyping by Sequencing (MIG-seq) for Molecular System Analysis (Suyama & Matsuki, 2015) The result of the analysis, the whole and the classification of the existing knowledge, the system relationship, the new knowledge, the new knowledge. Now, the analysis results, morphological information, detailed information and discussion. If you are a Japanese researcher, you will be a Japanese researcher. If you are a Japanese researcher, you will be a Japanese researcher. If you are a Japanese researcher, you will be a Japanese researcher.

项目成果

INRAE/Herbier de Nouvelle-Caledonia(フランス)

IRAE/Herbier de Nouvelle-Caledonia（法国）

Institut Agronomique neo-Caledonien(フランス)

新喀里多尼亚农业研究所（法国）