化石花粉中のDNA分析による古植生の復元

本研究ではマツ科樹木の化石花粉を対象として、化石花粉中DNAのPCR増幅および塩基配列分析を行った。前年度の研究において1065粒中14粒の化石花粉について目的部位のDNA増幅が見られ、これらのサンプルについてその塩基配列を調べた。しかしながら、本年度にそれらの塩基配列を詳細に検討した結果、少なくとも一部のサンプルについては現生花粉の混入による増幅であると結論づけざるを得なかった。この結果を重大に受けとめ、すべての分析手順を見直した。その結果、コンタミネーションの原因を特定することができ、本分析手法の改善を行うことができた。そこで、新しい手法に従ってあらためて化石花粉からのDNA増幅を試みた。材料として、3カ所の湿原堆積物、深層湖底堆積物および表層湖底堆積物の様々な層から採取した化石花粉を用いた。合計840粒の化石花粉についてDNA増幅を試みたが、すべてのサンプルで増幅は見られなかった。すなわち、今回分析に用いた化石花粉についてはDNAの保存性が極めて低いと考えられた。そこで化石花粉内部の保存性を左右する堆積条件等について検討し、化石花粉中のDNA分析に適した材料の条件を推定した。現在、現段階でこの分析に最も適したと考えられる材料を用いてDNA増幅を試みている。本研究の補助金交付期間内では、残念ながら最終目的である「古植生の復元」までたどり着くことはできなかったが、目的の一つであった「分析方法の確立」については大きな成果が得られた。これらの成果をふまえ、今後も研究を継続する予定である。

本研究ではマツ科樹木の化石花粉を対象として、化石花粉中DNAのPCR増幅および塩基配列分析を行った。前年度の研究において1065粒中14粒の化石花粉について目的部位のDNA増幅が見られ、これらのサンプルについてその塩基配列を調べた。しかしながら、本年度にそれらの塩基配列を詳細に検討した結果、少なくとも一部のサンプルについては現生花粉の混入による増幅であると結論づけざるを得なかった。この結果を重大に受けとめ、すべての分析手順を見直した。その結果、コンタミネーションの原因を特定することができ、本分析手法の改善を行うことができた。そこで、新しい手法に従ってあらためて化石花粉からのDNA増幅を試みた。材料として、3カ所の湿原堆積物、深層湖底堆積物および表層湖底堆積物の様々な層から採取した化石花粉を用いた。合計840粒の化石花粉についてDNA増幅を試みたが、すべてのサンプルで増幅は見られなかった。すなわち、今回分析に用いた化石花粉についてはDNAの保存性が極めて低いと考えられた。そこで化石花粉内部の保存性を左右する堆積条件等について検討し、化石花粉中のDNA分析に適した材料の条件を推定した。現在、現段階でこの分析に最も適したと考えられる材料を用いてDNA増幅を試みている。本研究の補助金交付期間内では、残念ながら最終目的である「古植生の復元」までたどり着くことはできなかったが、目的の一つであった「分析方法の確立」については大きな成果が得られた。これらの成果をふまえ、今後も研究を継続する予定である。