次世代DNAバーコーディングによる近縁生物混合試料の構成解析

使用下一代 DNA 条形码对密切相关的生物体的混合样本进行成分分析

• 批准号: 21K19103
• 负责人: 陶山 佳久
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-07-09 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K19103/
• 关键词: 次世代DNAシーケンシング; MIG-seq法; DNA品種識別; 古代DNA; MPM-seq法; 環境DNA; 次世代シーケンシング; メタゲノム; 品種鑑定; ゲノムワイドSNP分析

本研究では、近縁な生物組織の混合試料の構成を明らかにする技術開発を実施している。その第一歩として、2021年度には１）加工食品における混入品種の識別技術開発を中心に実施したほか、２）古代遺跡の堆積土壌を対象とした古代植生解析のため試料採取に着手した。このうち、１）についてはすでに21年度までに開発した技術で一応の技術開発の目処がたったため、本年度（2022年度）は２）の課題に注力した。古代遺跡の堆積土壌を対象とした古代植生解析として、奄美諸島の徳之島に所在する縄文時代の遺跡から堆積土壌を採取し、古代DNA分析用の試料として予備的な分析を試みた。まず、分析環境の整備として簡易クリーンルームを新たに構築し、現生サンプルとは物理的に隔離して古代DNA分析ができる環境を整えた。用いる手法としては、本研究代表者らが開発した次世代シーケンシング技術であるMultiplexed ISSR Genotyping by sequencing（MIG-seq）法（Suyama & Matsuki, 2015）と、そのコンビネーション技術であるMultiplexed phylogenetic marker sequencing（MPM-seq）法（Suyama et al. 2022）を応用した新規の手法を発案している。本年度の研究では、まずは予備的な分析として、MPM-seq法によって古代DNAの残存およびその分析の可否を確かめることとした。予備分析の材料としては、徳之島における2ヶ所の縄文時代遺跡から採取した古代土壌試料とし、MPM-seq法によって複数の植物DNAバーコード領域を増幅させ、次世代DNAシーケンシングによってそれらの配列データを取得した。その結果、深さの浅い古代土壌試料の一部からは、徳之島に分布している植物に一致する配列が検出された。

In this study, the mixed materials of recent biological organizations were used to demonstrate the effectiveness of the technology development program. For the first time, in 2021, 1) processed food products were mixed with different kinds of technology, and 2) ancient plants were piled up and soil samples were collected from ancient plant analysis materials. In the first half of this year, 1) in the first half of the year, we will start the first round of technical training in the first half of the year, and this year (2022). 2) focus on the project. The ancient mound of soil is like an analytical experiment of ancient plant analysis, the location of the computer of the United States and the United States, and the use of materials for ancient DNA analysis. The quarantine of physics, the ancient DNA analysis, the environmental protection, the environmental protection and the environmental protection. In this study, the representative of this study began to use the Multiplexed ISSR Genotyping by sequencing (MIG-seq) method (Suyama & Matsuki, 2015) and the Multiplexed phylogenetic marker sequencing (MPM-seq) method (Suyama et al.) 2022) the use of new rules and methods to solve the case. This year's research, research and preparation of the analysis, the MPM-seq method, the remains of the ancient DNA, the analysis of whether it is possible to determine whether it is possible to make sure that it is possible to make sure that it is possible to analyze the remains of the ancient DNA. In order to analyze the data of the materials, the data of the ancient materials, the MPM-seq method and the complex data of the plant DNA system, the next-generation DNA system is used to analyze the data in the field of the data, and the data of the next-generation DNA system is used to obtain the data. The results of the experiment, the results of the study, the results of the study, the results of the results, the results and the results.

项目成果

Next-generation biodiversity monitoring using genome-wide SNPs and eDNA analysis

使用全基因组 SNP 和 eDNA 分析进行下一代生物多样性监测

• 发表时间: 2023
• 作者: Sakoda Kazuma;Adachi Shunsuke;Yamori Wataru;Tanaka Yu;谷吉和貴・関佳彬・平松将真・田牧陸男・浅木直美・松岡信・田中佑・安達俊輔;谷吉和貴・宮本愛梨・浅木直美・松岡信・田中佑・安達俊輔;Yoshihisa Suyama
• 通讯作者: Yoshihisa Suyama

Development of plant environmental DNA analysis method for forest soil

森林土壤植物环境DNA分析方法的开发

• 发表时间: 2022
• 作者: Kodai Hamatsu;Hiroya Taguchi;Daiki Takahashi;Yoshihisa Suyama
• 通讯作者: Yoshihisa Suyama

MIG-seq法：DNA品種識別のための新しい手法の有効性

MIG-seq方法：DNA品种鉴定新方法的有效性

• 发表时间: 2022
• 作者: Kodai Hamatsu;Hiroya Taguchi;Daiki Takahashi;Yoshihisa Suyama;陶山佳久
• 通讯作者: 陶山佳久

Current and future application of the MIG-seq and MPM-seq methods for eDNA study

MIG-seq 和 MPM-seq 方法在 eDNA 研究中的当前和未来应用

• 发表时间: 2023
• 作者: Sakoda Kazuma;Adachi Shunsuke;Yamori Wataru;Tanaka Yu;谷吉和貴・関佳彬・平松将真・田牧陸男・浅木直美・松岡信・田中佑・安達俊輔;谷吉和貴・宮本愛梨・浅木直美・松岡信・田中佑・安達俊輔;Yoshihisa Suyama;Yoshihisa Suyama
• 通讯作者: Yoshihisa Suyama

Forest genetic studies using genome-wide SNP data by MIG-seq analysis

通过 MIG-seq 分析使用全基因组 SNP 数据进行森林遗传研究

• 发表时间: 2022
• 作者: Sakoda Kazuma;Adachi Shunsuke;Yamori Wataru;Tanaka Yu;谷吉和貴・関佳彬・平松将真・田牧陸男・浅木直美・松岡信・田中佑・安達俊輔;谷吉和貴・宮本愛梨・浅木直美・松岡信・田中佑・安達俊輔;Yoshihisa Suyama;Yoshihisa Suyama;Yoshihisa Suyama
• 通讯作者: Yoshihisa Suyama