Molecular studies of mammalian evolution around Wallacea

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今井と寺井、糸井川は、研究員のYanと共に2022年10月にインドネシアを訪問し、ボゴール農科大学でRNA抽出とライブラリ作成の系の構築を行った。特に糸井川とYanは、ボゴール農大にてRNA抽出システムの構築並びに抽出方法の最適化を実施した。スラウェシ島南東部にてM. ochreataとM. brunnescensのサンプリングを行った。また、糸井川は公共データベースに登録されている全ゲノムアセンブリから有袋類MC1R配列を取得し、PCR増幅用のプライマーを設計した。また同手法と設計したプライマー配列をインドネシア側の研究者・学生に共有した。辻は2023年2-3月にインドネシアを訪問し、１）ボゴール農科大学との共同研究、２）西ジャワ州パガンダラン自然保護区でのジャワルトン、カニクイザルの調査並びに研究連絡、３）西ジャワ州テラガワルナ自然保護区でのカニクイザルの調査と研究連絡を行った。これらの海外での活動をもとに、帰国後は合成DNAライブラリについてexon capturingを行い、exon領域だけを抽出した。すべてのライブラリの配列を均等に決定できるように混合し、Illumina社のHiseqXシークエンサーにより配列を合計120 Gb決定した。決定した配列をアカゲザルの参照ゲノム配列にマッピングし、スラウェシマカクのexon由来の配列の比率を算出した。その結果マカク由来の配列は70-90%とexon由来の配列が濃縮されていることが確認された。実際の配列の総量は、個体ごとに7 -13 Gb であり、カバレージ(exon配列を何回決定したかの指標)を求めると40-60xとなり、解析に十分な量の配列が決定されていることが確認できた。