Japan-U.S. collaboration to find novel biomarkers of CDK4/6 inhibitor using explainable deep learning and spatial genetic analysis.

日美合作利用可解释的深度学习和空间遗传分析寻找 CDK4/6 抑制剂的新型生物标志物。

• 批准号: 22KK0118
• 负责人: 谷岡 真樹
• 金额: $ 12.9万
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-10-07 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KK0118/
• 关键词: 説明可能な深層学習; 空間的遺伝子発現; 乳癌; GeoMx; ＣＤＫ４／６阻害薬

CDK4/6阻害薬パルボシクリブを受けた300名の日本人乳癌病理標本に、Attention機構、Grad-CAM等を適用して、CDK4/6阻害薬感受性・抵抗性に関する“説明可能な”深層学習モデルを複数構築し、米国人300名の乳癌病理標本を用いて精度を検証する。そして最も高精度の感受性・抵抗性モデルが特定した腫瘍内または周囲環境部位1000か所についてGeoMxを用いた空間的遺伝子発現解析を行い、腫瘍内特定部位には変異・コピー数解析を追加する。遺伝子研究の大家であるノースカロライナ大学のPerouと共同で、新規のCDK4/6阻害薬感受性・抵抗性規定因子を同定する。これまでに岡山大学病院・姫路赤十字病院において研究の倫理承認を得た。そして岡山大学病院・姫路赤十字病院において１次治療としてCDK4/6阻害薬パルボシクリブを受けた100名の奏効、無増悪生存期間を含む臨床情報を取得した。さらに岡山大学病院のサンプルについてはHE標本、ER,Ki67, p１６の免疫組織染色、各標本のデジタル化を開始した。さらに福山市民病院、広島市民病院、四国がんセンターのサンプルの使用につき、各病院と交渉している。このサンプル集積は、CDK4/6阻害薬の効果を予測するAIモデルを構築する上で、重要な過程である。有害事象によりCDK4/6阻害薬を中止した患者、病理組織ブロックを入手することができない患者を除外する必要がある。今後はさらに福山市民病院、広島市民病院、四国がんセンターの臨床情報、サンプルを取得し、HE標本、ER,Ki67, p１６の免疫組織染色標本を用いてCDK4/6阻害薬感受性・抵抗性の深層学習モデルを複数作成する。

CDK4/6 resistance against 薬 パ ル ボ シ ク リ ブ を by け た 300 の Japanese breast cancer pathology specimen に, Attention を applicable authority and Grad, CAM し て, CDK4/6 resistance against 薬 sensitivity, resistance に masato す る "instructions may な" deep learning モ デ ル を plural constructing し, 300 to americans の を with breast cancer pathology specimen Youdaoplaceholder0 precision を検 proof する. そ し て も most high-precision の sensitivity, resistance モ デ ル が specific し た swollen sores in ま た は weeks 囲 environment part 1000 か に つ い て GeoMx を with い た space heritage 伝 発 now line analytical を い, swollen sores in particular part に は - vision, コ ピ ー number parsing を additional す る. Heritage 伝 child study の で あ る ノ ー ス カ ロ ラ イ ナ university の Perou と で together, new rules の CDK4/6 resistance against 薬 sensitivity, resistance regulation factor を with fixed す る. Youdaoplaceholder5 れまでに okayama University Hospital · Himeji Akashi-ji hospital にお て て research <s:1> ethical recognition を た. そ し て okayama university hospital, himeji Red Cross hospital に お い て once treatment と し て CDK4/6 resistance against 薬 パ ル ボ シ ク リ ブ を by け た 100 の played sharper, no rights 悪 を contain む clinical intelligence を obtained during the existence し た. さ ら に okayama university hospital の サ ン プ ル に つ い て は HE specimens, ER, Ki67, p16 の immunohistochemical staining, the specimens の デ ジ タ ル change を began し た. さ ら に fukuyama public hospitals, public hospitals, hiroo island が ん セ ン タ ー の サ ン プ ル の use に つ き, each hospital と involved し て い る. こ の サ ン プ ル set product は, CDK4/6 resistance against 薬 の unseen fruit を be す る AI モ デ ル を build す る で, important な process で あ る. Harmful things like に よ り CDK4/6 resistance against 薬 を suspended し た patients, pathology organization ブ ロ ッ ク を of す る こ と が で き な い patients except を す る necessary が あ る. Future は さ ら に fukuyama public hospitals, public hospitals, hiroo island が ん セ ン タ ー の clinical information, サ ン プ ル を し, HE specimens, ER, Ki67, p16 の immunohistochemical stained specimens を with い て CDK4/6 resistance against 薬 sensitivity, resistance の deep learning モ デ ル を plural made す る.

项目成果

CDK4/6阻害薬の有害事象中止に関する年齢の影響についての検討

检查年龄对 CDK4/6 抑制剂不良事件停药的影响

• 发表时间: 2023
• 作者: 仁科卓也;谷岡真樹;高田健二;突沖貴宏;高橋侑子;岩本高行;岩谷胤生;枝園忠彦
• 通讯作者: 枝園忠彦