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寄生植物のゲノム進化学

寄生植物的基因组进化

基本信息

批准号：
13J01729
负责人：
市橋泰範
金额：
$ 0.7万
依托单位：
Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2013
资助国家：
日本
起止时间：
2013 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は寄生を進化させた遺伝的背景を明らかにすることを目的とし、寄生メカニズムの本質の理解、ひいては寄生植物による被害を解消することを目指している。本年度の研究計画では、所属研究室および共同研究室で蓄積するネナシカズラ科およびハマウツボ科植物のトランスクリプトーム(RNA-seq)データを用いてより詳細な解析を行うため、最先端のバイオインフォマティクス技術を習得し遂行することを目的とした。そのため、本研究の特別研究員奨励費を使って、関連するバイオインフォマティクス技術を開発しているカリフォルニア大学に留学した。その成果として、大規模なサンプル間の比較解析(Generahzed linear modelを用いたDifferential expression解析やoverrepresentation解析)、複雑なデータセットを単純化する解析(Self-organized maps clusteringと組み合わせた主成分分析)、及び遺伝子間のモジュール構造を明らかにする解析(共発現ネットワーク解析)の技術を取得した。これらの解析技術に関する知見と留学先での研究分野を総括する総説論文を第一著者として発表した。これらの解析技術を使って、本研究の対象植物であるネナシカズラ科植物のRNA-seqデータを解析し、原著論文を発表した。さらにもう一つの対象植物であるハマウツボ科植物のRNA-seqデータも同様に解析し、国際学会でポスター発表をした。留学中の技術習得の過程で、共発現ネットワーク解析に関する新しい解析アプローチを確立するに至り、国内学会で口頭およびポスター発表を計3回行った(うち1回は発表予定)。また留学先の大型プロジェクトに参加しRNA-seqの実験及び解析に貢献することで、原著論文を発表した。

This study aims to clarify the background of parasitic evolution, understand the nature of parasitism, and explain the harm caused by parasitism. This year's research plan includes the accumulation of research materials in affiliated laboratories and co-laboratories, detailed analysis of the use of RNA-seq, and the acquisition and implementation of cutting-edge technologies. Special researcher of this study, Mr. Fei, is responsible for the development of the technology. The results of this research include Differential expression analysis and overrepresentation analysis for large-scale cluster analysis, principal component analysis for Self-organized maps clustering, and co-generation analysis for cluster structure analysis. The first author of this paper is the author of the research on the relationship between knowledge and technology. The RNA-seq analysis of the target plants in this study is presented in this paper. The RNA-seq analysis of the corresponding plants and the development of the corresponding plants by the International Academy of Sciences Study in the process of technology acquisition, co-occurrence of new analysis related to the establishment of the Chinese Academy of oral and social development table to calculate 3 loop (1 loop back to the table predetermined) A large number of advanced students participated in the development and analysis of RNA-seq, and the original papers were published.

项目成果

期刊论文数量（7）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

A Quantitative Genetic Basis for Leaf Morphology in a Set of Precisely Defined Tomato Introgression Lines

DOI：
10.1105/tpc.113.112391
发表时间：
2013-07-01
期刊：
PLANT CELL
影响因子：
11.6
作者：
Chitwood, Daniel H.;Kumar, Ravi;Sinha, Neelima R.
通讯作者：
Sinha, Neelima R.

葉の形における進化発生学的トランスクリプトーム解析

叶形状的进化胚胎学转录组分析

DOI：
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
0
作者：
市橋泰範;Neelima Sinha
通讯作者：
Neelima Sinha

葉の複雑性を多様化させた遺伝子制御ネットワーク

使叶子复杂性多样化的基因调控网络

DOI：
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
0
作者：
市橋泰範;Neelima Sinha
通讯作者：
Neelima Sinha

Transcriptomics in parasite development of Striga hermonthica

独脚金寄生虫发育的转录组学

DOI：
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yasunori Ichihashi;Satoko Yoshida;Ri-ichiroh Manabe;Ken Shirasu
通讯作者：
Ken Shirasu

DOI：
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作者：
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市橋泰範其他文献

植物と線虫の戦いを分子レベルで紐解く

在分子水平上揭开植物和线虫之间的斗争

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
門田　康弘,佐藤一輝;Pamela Gan;植原健人;尾納隆大;山口勝司;市橋泰範;岩堀英晶;槇紀子;鈴木孝征;重信秀治;白須賢;門田　康弘,佐藤一輝・植原健人・Pamela Gan・尾納隆大・山口勝司・市橋泰範・岩堀英晶・槇紀子・鈴木孝征・重信秀治・白須賢
通讯作者：
門田　康弘,佐藤一輝・植原健人・Pamela Gan・尾納隆大・山口勝司・市橋泰範・岩堀英晶・槇紀子・鈴木孝征・重信秀治・白須賢