局所ホモロジー探索による蛋白質の構造・機能ドメイン解析

通过局部同源搜索进行蛋白质结构和功能域分析

• 批准号: 62580212
• 负责人: 橘 秀樹
• 金额: $ 0.58万
• 依托单位: Kobe University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
• 财政年份: 1987
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1987 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-62580212/
• 关键词: 蛋白質構造; 相同性解析; データベース; 機能予測

一次構造のみ, あるいはそれに加えて主な機能のみが知られている蛋白質について, その未知の構造や機能を知るため, 従来の相同性解析手法を改良して,より微視的かつ包括的なものにした.1.対象とする蛋白質ならびにデータベース中の全蛋白質から15〜30残基長の分節をとってきて, その間の類似性をアミノ酸間類似度行列を用いてスコアづける. この際, スコア分布の平均値と標準偏差をデータベース中の全蛋白についてのアミノ酸組成から求め, それによってスコアを規格化する. 次に個々の相手蛋白を, それに含まれる全類似分節のスコア値の総和をもってランクづける. これにより, 蛋白間のファミリー, スーパーファミリー, それ以外の蛋白の序列が明確に定量づけられた.2.次にそれら類似性を示す核分節が, 対象蛋白内のどこに存在するかを包括的に知るためのグラフィックプロットを考案した. 縦軸方向に一度に50個程度の蛋白質をランク順にとり, 横軸にとった対象蛋白残基位置上, 類似性の見られる部位にプロットしてゆく. これにより, ファミリー, スーパーファミリー内で, どの部分領域が類似性を保っているのか, さらにそれ以外の蛋白が, 対象蛋白のどの局所領域と類似性をもつのかが明らかとなる. これを三次元構造既知のリゾチームやモリンプロテアーゼに適用した結果, 全蛋白群に対し, 類似性が高頻度に見られる領域が, 従来言われている構造ドメインに対応すること, 別の構造ユニットとして知られているモジュール構造との一致は少ないことがわかった.3.この手法を, 組み換えに関与する大腸菌rec A蛋白質に適用した所, それが大きく3つの部分領域にわかれること, ATPaseやプロテアーゼ, 核酸結合蛋白との局所的類似性が, 特にC末の第3の領域に見出されることがわかった. この他, RNAポリメラーゼやがん蛋白質への適用を進めつつある.

The identity analysis method of the primary structure is improved, and the structure and function of the protein are unknown. The analysis method of the identity of the protein is improved. The analysis method of the Weishi app includes the analysis method of the protein in the protein in the protein. The similarity between the two groups is very high. In this case, the mean value of the distribution of protein and the standard deviation of the distribution of protein and acid in the whole protein are normalized. The second phase of the protein, including the protein, contains the protein and protein. 2. The similarity between the two proteins is shown in the nuclear sub-section, and the existence of the protein in the protein is investigated. 50 degrees of protein in the horizontal axis direction, and 50 degrees of protein in the horizontal axis direction. The similarity of some domains is preserved, and the similarity of other proteins is preserved. 3. This method is suitable for all kinds of protein groups, and the similarity is high frequency. The similarity between the rec A protein of E. coli and the protein of DNA binding protein of E. coli was found in the third domain of E. coli. For this reason, RNA may be used to detect protein.

项目成果

橘秀樹: 生物物理. 27. S244- (1987)

橘秀树：生物物理学。27.S244-（1987）