Thermodynamische Vorhersage konservierter Ribonukleinsäure-Strukturen

构建Ein Computer-Werkzeug zur Vorhersage von Konsensus-Sekundärstrukturen für Familien einzelsträngier RNAs。Es basiert auf einem algulmus(L等人，1996年)，der die vorteile von热力学软件和系统发育学，kombiniert sage kombiniert and ihre nachteile vermeidet；insbeondere wen nur wenige Sequenzen für Quitatiativ Vorhersagen Benötigt.构建一种可吸入的GRAFCHE Benutzeroberfläche，die es auf Einfache Weise DEM Benutzer erlabt，ein Sequenz-Basiertes aline Bezüglich einer Konsensus-Strukturzu Optimieren(L等人，1999年)。构建一个新的功能模块：1.Ausgabe von subOptimalen Strukturen，is is be sesiondhere für RNAs Mit mehreren Funktionalen zuständen wichtig ist；2.Automatisierte te the Optimierte Kleerung Kleiner Strukturelemente，um zu objektiven Aussagen an kritischen Strukturstellen zu glangen；3.Erweiterung der Korweitung der分析auiti das Grundlage vur Vorshersage von Terrstrukrelementen；4.Einbung zung zlicer Enlicher Enlicher-Minimererungi Strukturelemente，um zu objektiven Aussagen an kritischen Strukturstellen zu elangen；3.Erweiterung der Korweitung der分析auditi das Grundlage Grundlage Vorhersage von Terstrukrelen von Terstrturelen；4.Einbung zungöther Enlicher Encesher-Minimererungiungisrelemente，um diesjektiven Strukturstellen Sagen，um diesjektiven an kritischen en Strukturschen Sellen zu；4.Einbung zung zung zlicher Enlicher-Minimererungi Struktusrelemente，um diesjektiven an Krititischen Strukturschen Suchitchen

ConStruct ist ein Computer-Werkzeug zur Vorhersage von Konsensus-Sekundärstrukturen für Familien einzelsträngiger RNAs. Es basiert auf einem Algorithmus (Lück et al., 1996), der die Vorteile von thermodynamischer mit denen phylogenetischer, komparativer Strukturvorhersage kombiniert und ihre Nachteile vermeidet; insbesondere werden nur wenige Sequenzen für qualitativ hochwertige Vorhersagen benötigt. ConStruct beinhaltet eine grafische Benutzeroberfläche, die es auf einfache Weise dem Benutzer erlaubt, ein Sequenz-basiertes Alignment bezüglich einer Konsensus-Struktur zu optimieren (Lück et al., 1999). ConStruct soll im Antragszeitraum abschließend um mehrere Module mit folgenden Funktionen erweitert werden: 1. Ausgabe von suboptimalen Strukturen, was insbesondere für RNAs mit mehreren funktionalen Zuständen wichtig ist; 2. automatisierte Optimierung kleiner Strukturelemente, um zu objektiven Aussagen an kritischen Strukturstellen zu gelangen; 3. Erweiterung der Korrelationsanalyse auf das komplette Alignment als Grundlage zur Vorhersage von Teritiärstrukturelementen; 4. Einbindung zusätzlicher Energie-Minimierungsprogramme, um bei diesem elementaren Teil Auswahlmöglichkeiten zu haben.