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ホモロジーのないアミノ酸配列からのタンパク質構造・機能情報の抽出

从无同源性的氨基酸序列中提取蛋白质结构和功能信息

基本信息

批准号：
10168208
负责人：
美宅成樹
金额：
$ 1.92万
依托单位：
Tokyo University of Agriculture and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1998
资助国家：
日本
起止时间：
1998 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ゲノム計画の結果、ひとつの生物体の持つすべてのDNA塩基配列が報告されるようになってきている。これによって、それらの生物体の持つすべてのタンパク質のアミノ酸配列が得られるようになっている。それらのアミノ酸配列の中には、分子構造や機能がすでに分かっているタンパク質と類似性の高いものがかなりある一方、ホモロジーが全くないアミノ酸配列もまた多く存在している。ホモロジーのあるアミノ酸配列の場合は、アライメントによる機能や立体構造の推定が主な情報処理の手法として用いることができる。しかし、ホモロジーのないアミノ酸配列に対する情報処理はほとんど手がついておらず、その重要性にもかかわらず今後の課題に残されている。そこで本研究では、ホモロジーのないアミノ酸配列に対して、そのタンパク質のタイプを分類し、二次構造を予測することを目的とする。ホモロジーのないアミノ酸配列の判別と二次構造予測を行うために、すでに立体構造の分かったタンパク質を用いて、タンパク質の特徴とアミノ酸配列の持つ物理的な性質との間の関係を詳細に調べる。タンパク質の判別については、結合相手による判別を行う。代表的な結合相手は生体膜であり、最も疎水性の高い膜貫通ヘリックスの性質を調べることによって、膜タンパク質の判別はほとんど99%の精度で出来ることが分かった。さらに、膜タンパク質の二次構造である膜貫通ヘリックスも96%の精度で予測でき、。それらをwwwホームページで公開した。

The results of the project and the DNA sequence of the organism are reported. This is the first time that a chemical has been used in the preparation of a compound. The molecular structure and function of the acid sequence are different, and the similarity of the acid sequence is high. In the case of acid alignment, function and estimation of three-dimensional structure, the method of main information processing is used The information processing system is designed to handle the problems of the future. This study aims at the classification and prediction of secondary structures. A detailed study of the relationship between the physical properties of acid alignment and the characteristics of three-dimensional structure was conducted. The quality of the product is determined by the combination of the quality and quality of the product. Representative of the combined phase of the biological film, the most water content of the film through the high quality of the property of the adjustment, the film quality of the discrimination, the accuracy of 99% The secondary structure of the film structure is 96% accurate.それらをwwwホームページで公开した。