ホモロジーのないアミノ酸配列からのタンパク質構造・機能情報の抽出

从无同源性的氨基酸序列中提取蛋白质结构和功能信息

• 批准号: 12024208
• 负责人: 美宅 成樹
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Tokyo University of Agriculture and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12024208/
• 关键词: 膜タンパク質; 構造・機能予測; プロテオーム; ゲノム; 物理化学的予測; バイオインフォマティックス; 膜タンパク質判別; 膜貫通ヘリックス

この5年間に数10種類の生物ゲノムが解析され、各遺伝子のアノテーションが進められてきた。しかし、ゲノム解析から得られるアミノ酸配列は、既知配列とのホモロジーがなく、実験的な情報もない未知配列が少なくない。したがって、ゲノム時代のタンパク質構造・機能予測では、補足的な情報がほとんどないみなしご配列の解析が求められている。このような研究状況の変化に対応して、アミノ酸配列の情報処理に対する要求も当然変わってきている。それを簡単にまとめると、以下のとおりである。(1)すべてのタンパク質について均質の情報が得られることが望ましい。(2)分類を行う場合、得られた情報はできる限り高精度でなければならない。(3)ゲノム全体の生物的な特徴を知るには、各遺伝子の情報が得られる必要がある。私たちは上記の要求を満たす情報処理を目指して、タンパク質の構造形成のプロセスをほぼたどりながら予測を行うシステムを構築しつつある。モジュールの流れは次のようなものである。(1)膜タンパク質か水溶性タンパク質科の判別、(2)シグナルペプチドの予測、(3)膜タンパク質のトポロジー予測、(4)膜貫通ヘリックス配置予測。今までに1番目のモジュールはほぼ完成しており、99%の制度で膜タンパク質と水溶性タンパク質が判別でき、膜貫通ヘリックスも高精度のシステムができた。そして、多くの遺伝子の解析で標準的な解析ツールとなってきている。私達は、この解析ツールを用いて計算し、ゲノム比較を試みた。計算の結果、線虫ゲノムを除くと、膜タンパク質の割合が20〜25%とほぼ一定であるが、線虫のゲノムでは30〜35%であることが分かった。また、膜貫通ヘリックスの本数で分類してみると、生物種によって特徴的な分布が見出された。

In the past five years, there have been more than 10 species of organisms analyzed, and the evolution of each species has been improved. For example, if you want to analyze the information, you need to analyze the information. The information of the time, the quality, the function, the complement, the analysis of the arrangement, the analysis of the time, the structure, the function, the complement, the analysis of the time, the analysis of the time, the time, the analysis of the time, the analysis of the time, the time, the analysis of the The research status of this paper is changed according to the requirements of the information processing of the acid allocation.それを简単にまとめると、以下のとおりである。(1)Homogeneous information can be obtained from a variety of sources. (2)Classification, information, high precision, etc. (3)The characteristics of all living things are known, and the information of each individual is obtained. Information processing is required to predict the quality of information. The flow of water is very slow. (1)(2) prediction of film quality;(3) prediction of film quality;(4) prediction of film penetration. Now, the first step of the process is to complete the process, and 99% of the system is to determine the film quality and water solubility, and the film penetration is to determine the system with high precision. The analysis of the multi-component is standard. For example, if you want to use the software, you can use the software to compare the software. The calculation results show that the number of threads is divided by 20 ~ 25% and the number of threads is divided by 30 ~ 35%. The distribution of biological species and characteristics can be seen in the classification and classification of membrane penetration.

项目成果

石川孝 ら: "概念階層と探索バイアスを用いた・LP手法によるタンパク質機能モデルの発見"人工機能学会誌. 151. 169 (2000)

Takashi Ishikawa 等人：“使用概念层次和搜索偏差通过 LP 方法发现蛋白质功能模型”人工功能学会杂志 151. 169 (2000)。

H.Sakai et al.: "Effect of Carbonic Anhydrase II in the Molten Globule State on Physical Properties of Dimyristoyl Phosphatidylcholine Liposome."Jpn.J.Appl.Phys.. (印刷中).

H.Sakai 等人：“熔球状态下碳酸酐酶 II 对二肉豆蔻酰磷脂酰胆碱脂质体物理性质的影响”。Jpn.J.Appl.Phys.（出版中）。

H.Sakai et al.: "Ultrasonic Properties of a Binary System of a Soluble Proein, α-Lactalbumin and Dimyristoyl Phosphatidylcholine Membrane."Jpn.J.Appl.Phys.. 39. 2948 (2000)

H.Sakai 等：“可溶性蛋白、α-乳白蛋白和二肉豆蔻酰磷脂酰胆碱膜的二元系统的超声特性。”Jpn.J.Appl.Phys.. 39. 2948 (2000)

M.Suwa et al.: "A novel measure characterized by a polar energy surface approximation for recognition and classification of transmembrane protein structures."Proteins. 41・4. 504 (2000)

M.Suwa 等人：“一种以极性能量表面近似为特征的跨膜蛋白质结构识别和分类的新方法。”蛋白质 41・4 (2000)。

美宅成樹: "生体とエネルギーの物理"裳華房. 239 (2000)

三宅茂树：“生物体和能量的物理学”Shokabo 239 (2000)。