ホモロジーのないアミノ酸配列からのタンパク質構造・機能情報の抽出

ゲノム計画の成果として、多くの生物体の持つすべてのタンパク質アミノ酸配列が得られるようになってきている。そこで本研究では、ホモロジーのないアミノ酸配列に対して、そのタンパク質のタイプを分類し、二次構造を予測することを目的としている。このため本研究では、物理化学的なパラメーターを用いて、タンパク質のタイプの分類と二次構造予測を高精度、高速に行うシステムを作る。そして実験研究者に対してインターネットでインタラクティブに結果を返すことを検討した。まず膜タンパク質と水溶性タンパク質の分類と膜貫通ヘリックスの領域予測ができるようなシステムを構築した。そして、全ゲノムからのアミノ酸配列に対する膜タンパク質判別・膜貫通ヘリックス予測を行い、各生物の生物的意味を明らかにすることを検討した。単細胞生物と多細胞生物の間に大きな違いが見出された。もう一つの問題として、アミノ酸配列のターゲッティングがあるが、そのために最も基本的な情報がシグナルペプチドの存在である。そこで、シグナルペプチドと切断されないタイプのシグナルアンカーのアミノ酸配列を詳細に調べてみると、従来に言われていたN端側ではなくC端側に、統計的には非常にはっきりとした傾向があることがわかった、それを用いて、高精度予測を行うシステムを検討しつつある。

ゲノム計画の成果として、多くの生物体の持つすべてのタンパク質アミノ酸配列が得られるようになってきている。そこで本研究では、ホモロジーのないアミノ酸配列に対して、そのタンパク質のタイプを分類し、二次構造を予測することを目的としている。このため本研究では、物理化学的なパラメーターを用いて、タンパク質のタイプの分類と二次構造予測を高精度、高速に行うシステムを作る。そして実験研究者に対してインターネットでインタラクティブに結果を返すことを検討した。まず膜タンパク質と水溶性タンパク質の分類と膜貫通ヘリックスの領域予測ができるようなシステムを構築した。そして、全ゲノムからのアミノ酸配列に対する膜タンパク質判別・膜貫通ヘリックス予測を行い、各生物の生物的意味を明らかにすることを検討した。単細胞生物と多細胞生物の間に大きな違いが見出された。もう一つの問題として、アミノ酸配列のターゲッティングがあるが、そのために最も基本的な情報がシグナルペプチドの存在である。そこで、シグナルペプチドと切断されないタイプのシグナルアンカーのアミノ酸配列を詳細に調べてみると、従来に言われていたN端側ではなくC端側に、統計的には非常にはっきりとした傾向があることがわかった、それを用いて、高精度予測を行うシステムを検討しつつある。