DNA上での蛋白質間相互作用を促進するHMGによるDNA変形の構造解析

HMG 促进 DNA 上蛋白质-蛋白质相互作用的 DNA 变形结构分析

• 批准号: 11160215
• 负责人: 楯 真一
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Japan Advanced Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 1999
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1999 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11160215/
• 关键词: HMG蛋白質; NMR; 安定同位体標識; DNA構造

1.HMG2蛋白質C末端DNA結合ドメイン(B-ドメイン)の精密立体構造解析:NOEと2面角情報に基づく立体構造解析に加えて、磁場配向により誘導された残余双極子効果とバイセルにより誘導された残余双極子効果を取り入れることにより、精密な立体構造を得た。構造解析の結果、HMG2Bドメインを構成する第2、第3ヘリックスの形成する角度がHMG1の対応するドメインと有意に異なり、この違いが両蛋白質のDNAに対する親和性の違いおよび機能上の役割の違いを説明しえるものと示唆された。2.エンハンスソーム形成因子HMG-Iの高次構造解析を目的としたサンプル調製: HMG-Iのもつ3つのDNA結合ドメインのうちN末端の2つのDNA結合ドメインとC末端側2つの結合ドメインは、それぞれ異なるエンハンサーDNA領域に結合する。本年度は、それぞれ2つのDNA結合ドメインを持つHMG-Iフラグメントの大腸菌による大量発現系の構築と、その精製法の確立を行った。いずれのDNA結合フラグメントも1literの最小培地から約10mg程度のサンプルを高純度に得ることができる。3.HMG-I結合配列を含むDNAフラグメントの作成: HMG-IのそれぞれのDNA結合フラグメントは、異なる23bp程度のDNA領域に結合する。これまでに、23bpのエンハンサーDNA領域に相当するPRDII-NRDIの合成を行い、^<15>N標識したHMG-IのC末端側DNA結合フラグメントとの相互作用をNMRにより確認した。

1. Analysis of precise stereostructure of HMG2 protein C-terminal DNA binding site (B-site):NOE and 2-surface angle information were added to the stereostructure analysis, magnetic field alignment was induced, residual dipole was induced, and precise stereostructure was obtained. The results of structural analysis, HMG2B gene composition, the second and third gene formation angles, HMG1 gene expression, DNA affinity, and functional functional affinity were explained. 2. HMG-I higher-order structural analysis of HMG-I modulation: HMG-I 3 DNA binding sites 2 DNA binding sites 3 DNA binding sites 2 DNA binding sites 3 DNA binding sites 3 DNA binding sites 4 DNA binding sites 5 DNA binding sites 6 DNA binding sites 7 DNA binding sites 8 DNA binding sites 9 DNA binding sites 9 DNA binding sites This year, the construction and purification of a large number of HMG-I DNA binding proteins were established. DNA binding in the medium is from 1liter to about 10mg, and the purity is high. 3.HMG-I binding sequence includes DNA binding sequence. HMG-I binding sequence includes DNA binding sequence and DNA binding sequence at 23bp level. The synthesis of PRDII-NRDI and the interaction between PRDII-NRDI and HMG-I in the 23bp DNA <15>domain were confirmed by NMR.

项目成果

K. Ogura: "Solution structure of human acidic fibroblast growth factor and interaction with heparin-derived hexasaccharide"J. Bimol. NMR. 13. 11-24 (1999)

K. Ogura：“人酸性成纤维细胞生长因子的溶液结构及其与肝素衍生六糖的相互作用”J。

S. Mine: "Analysis of the relationship between enzyme and its internal motion using nuclear magnetic resonance"J. Mol. Biol.. 286. 1547-1565 (1999)

S. Mine：“利用核磁共振分析酶及其内部运动之间的关系”J。

K. Hiraga: "Mutational analysis of the reactive site loop of Streptomyces metalloproteinases inhibitor, SMPI"J. Biochem. (Tokyo). 125. 202-209 (1999)

K. Hiraga：“链霉菌金属蛋白酶抑制剂 SMPI 反应位点环的突变分析”J。