幾何構造を利用したクラスタリングによるcDNAの組織別発現パターン解析
使用几何结构聚类分析组织的 cDNA 表达模式
基本信息
- 批准号:13780590
- 负责人:
- 金额:$ 1.09万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- 财政年份:2001
- 资助国家:日本
- 起止时间:2001 至 2002
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
DNAマイクロアレイ,DNAチップ等の生物工学上の技術の発展により,生物種や組織細胞等,実験条件の異なる様々な遺伝子発現プロファイルが大量に蓄積されつつある.そして,これらの膨大なデータから生物学的な情報を得るために,遺伝子の機能が類似しているもの毎に遺伝子発現プロファイルを分類することが求められている.本研究では,カーネル関数を用いて遺伝子発現プロファイルをユークリッド超空間上の座標に変換することによる遺伝子の機能解析を行った.手法の有効性を検証するために,理化学研究所が作製したマウスの完全長cDNAに対応した発現プロファイル(49サンプルにおける約20000個の遺伝子の発現量)に対する解析を行った.その結果を,マウスの完全長cDNAを用いて遺伝子に機能注釈を行う国際共同研究であるFANTOM2(Functional Annotation of Mouse)の会議 1.Typhoon Meeting(2001/10/15〜10/19)及び2.Cherry Blossom Meeting(2002/4/29〜5/5)での発表を行った.また,注釈実務を行う遠隔会議3.FANTOM2 MATRICS (Mouse Annotation Teleconference for RIKEN cDNA Sequences)(2001/10/20〜2002/4/28)において本研究結果を利用した遺伝子の機能アノテーションを行った.これらの成果は,FANTOM Consortiumの業績として2002年12月のNatureに掲載されている.
DNA, DNA, etc., biotechnological development, biological species, tissue cells, etc., under different conditions, DNA, etc., are accumulated in large quantities. The function of the gene is similar to that of the gene development and classification. In this study, we aim to analyze the function of the gene in the hyperspace coordinate transformation by using the gene expression vector. The full length cDNA of the gene was produced and analyzed by the Institute of Physical Chemistry (RIPC). FANTOM2(Functional Annotation of Mouse) Conference 1. Typhoon Meeting(October 15 ~ 19, 2001) and 2. Cherry Blossom Meeting(April 29 ~ 5, 2002). FANTOM2 MATRICS (Mouse Annotation Teleconference for RIKEN cDNA Sequences)(October 20, 2001 ~ April 28, 2002). FANTOM Consortium's results were published in Nature in December 2002.
项目成果
期刊论文数量(7)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
坊垣 恭右, 竹中 要一, 松田 秀雄, 橋本 昭洋: "遺伝子発現プロファイル解析のための分類木比較アルゴリズム"第24回日本分子生物学会講演予稿集. 101-101 (2001)
Kyosuke Bogaki、Yoichi Takenaka、Hideo Matsuda、Akihiro Hashimoto:“基因表达谱分析的分类树比较算法”日本分子生物学会第 24 届年会记录 101-101 (2001)。
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- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
The FANTOM consortium and the RIKEN genome exploration research group Phase I & II team: "Analysis of the mouse transcriptome based upon functional annotation of 60,770 full length cDNAs"Nature. 420. 563-573 (2002)
FANTOM联盟和RIKEN基因组探索研究小组第一阶段
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- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Yoichi Takenaka: "A proposal of DNA computing on beads with application to SAT problems"Lecture note on computer science. 2340. 182-190 (2002)
Yoichi Takenaka:“珠子 DNA 计算提案及其应用于 SAT 问题”计算机科学讲义。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Yoichi Takenaka: "DNA computing by competitive hybridization for maximum satisfiability problem"The 2002 IEEE world congress on computational intelligence, congress on evolutionary computation. 2002. 472-476 (2002)
Yoichi Takenaka:“通过竞争杂交进行DNA计算以解决最大可满足性问题”2002年IEEE世界计算智能大会,进化计算大会。
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- 发表时间:
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- 作者:
- 通讯作者:
Yoichi Takenaka, Nobuo Funabiki, Teruo Higashino: "Relaxation of coefficient sensitiveness to performance for neural networks using neuron filter through total coloring problems"IEICE Transactions of Fundamentals of Electronics, Communications and Compute
Yoichi Takenaka、Nobuo Funabiki、Teruo Higashino:“通过总着色问题使用神经元滤波器来放松神经网络性能的系数敏感性”IEICE Transactions of Fundamentals of Electronics, Communications and Compute
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