Virtuelle molekulare Bibliotheken zum geometriebasierten Auffinden potentieller neuer Proteinliganden

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Nachdem in einer Reihe von theoretischen Analysen und experimentellen Untersuchungen die Tragfähigkeit des Konzeptes des geometriebasierten Ligandendesign gezeigt werden konnte, soll im vorgelegten Folgeprojekt der Suchraum einerseits auf virtuelle molekulare Bibliotheken erweitert und neben neuen Möglichkeiten der Ligandenvorhersage auch die Grenzen des Verfahrens abgeschätzt werden. Das in-silico-screening soll in virtuellen Librarys, die von der Datenbank "Dictionary of Interfaces in Proteins" (DIP, Preißner et al., 1998) durch verschiedene geometrische Verfahren (wie ganze oder teilweise Spiegelung der Molekülstrukturen, virtuelle Flexibilität ds Liganden als auch des Targetmoleküls) abgeleitet wurden, geschehen. Diese Suche nach virtuellen Datenbanken erscheint als ein erfolgversprechender Ansatz im Rahmen des Drug Design und soll eine fokussierte' (eingegrenzte) Synthesechemie ermöglichen. Da eine wesentliche Grundlage der hier vorgestellten Untersuchungen weiterhin das Konzept 'Molekularer Mimikry' ist, soll geprüft werden, inwieweit diese molekulare Nachahmung eine hinreichende und notwendige Bedingung bei der Bindung von Liganden an Proteinen ist.