フーグスティン塩基対形成型DNA蛍光プローブに基づく点突然変異遺伝子分析法の開発

基于Hoogstin碱基配对DNA荧光探针的点突变基因分析方法的研制

基本信息

  • 批准号:
    13740417
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.6万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
  • 财政年份:
    2001
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2001 至 2002
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

本研究は,SNPs(Single Nucleotide Polymorphisms)蛍光検出法の開発を目的とする。本研究では,特に,DNAがフーグスティン型の水素結合形成により三重らせん構造をとることに着目し,フーグスティン型塩基対形成部位を有する蛍光性水素結合型レセプター分子の合成を行うとともに、DNA脱塩基部位を利用する核酸中一塩基認識法を開発した。つまり,脱塩基型合成DNAをハイブリダゼーションさせることで標的塩基周辺に意図的に疎水場空間を構築させた後,同空間中において水素結合型レセプターとの錯形成を行うというものである。水素結合型レセプターとして二つの芳香環を持つナフチリジン,キノリン誘導体を合成し,各レセプター分子添加前後におけるDNA二重鎖の融解温度(Tm)を測定した。その結果,Tmの著しい増加が観測されることから,レセプター分子が脱塩基部位中において核酸塩基を認識し得ることが示唆された。さらに興味深いことは,Gと相補的な3点の水素結合部位を持つナフチリジン誘導体が,CやTのピリミジン塩基に対して高い選択性を示す点である。このようなバルク溶液系とは異なる反応性は,本系における核酸認識が水素結合形成と脱塩基部位の空間的な規制による協同的な効果により達成されているためで,特に同空間の上下に位置する核酸塩基とのスタッキング相互作用が大きな役割を果たしていると考察している。CDスペクトル測定およびMacroModelを用いた分子力場計算の結果も上記考察を支持するものであった。また、ナフチリジン誘導体を用いることで、C特異的な蛍光検出を達成した。以上のように本研究では,DNA脱塩基部位(AP site)を利用することにより、水素結合型レセプターによる点突然変異蛍光検出法の開発に成功した。本研究で提案する脱塩基型合成DNAを用いる核酸塩基認識法は,脱塩基部位やレセプター分子を適切に設計・合成することで種々の塩基配列に適用可能であり,簡易且つ迅速な遺伝子診断法としての展開が期待できる。
This study aimed to develop a novel method for SNPs(Single Nucleotide Polymorphisms) detection. In this study, we developed a method for understanding the formation of DNA triple-binding sites and the use of DNA de-binding sites in the synthesis of DNA triple-binding sites. After the construction of the water field space, the formation of the water element binding type in the same space The melting temperature (Tm) of DNA double locks was measured before and after the addition of each molecule. As a result,Tm increased in size and size. The water binding sites of the three complementary sites of interest and G are shown in the following points: This system is characterized by the interaction of nucleic acids in the upper and lower positions of the same space, and the interaction of nucleic acids in the lower and upper positions of the same space. The results of molecular force field calculation for CD and MacroModel were recorded. A special light source can be used to induce light emission. In this study, we successfully developed a novel method for detecting DNA AP sites by using the AP site. This study proposes a method for the recognition of DNA bases in the use of apotype synthetic DNA. It is possible to design and synthesize apotype synthetic DNA molecules appropriately, and it is expected to develop a simple and rapid method for the diagnosis of DNA bases.

项目成果

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