線虫新規低分子非翻訳RNA分子種の同定と発現解析

秀丽隐杆线虫中新型小非翻译 RNA 的鉴定和表达分析

• 批准号: 15770104
• 负责人: 牛田 千里
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Hirosaki University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15770104/
• 关键词: ncRNA; 非翻訳RNA; H; ACA snoRNA; C; D snoRNA; 核小体; in situ hybridization; 線虫; RNA遺伝子; 低分子RNA; D snoRNAゲノム; イントロン; 二次元電気泳動; 発現制御; snoRNA; RNomics

1.本年度は,7種類の線虫新規ncRNA(CeR-2,CeR-4,CeR-5,CeR-6,CeR-7,CeR-8 RNA)について,L1-L4の幼虫期および成虫期での発現様式をin situハイブリダイゼーション法により調べた。この結果,いずれも幼虫期以降すべての時期に,ほとんどすべての細胞で発現しており,核小体に局在することを明らかにした。CeR-6,CeR-7 RNAについては,昨年度報告したCeR-9 RNAと同様,配列からH/ACA snoRNAであることが予想されていたので,期待通りの結果だった。CeR-4 RNAとCeR-8 RNAについては,H/ACA型の構造を呈するRNAと予想されたので,核小体への局在はこの予想を裏付ける結果といえる。既知RNAとの類似性が配列状は認められなかったCeR-2 RNAやCeR-5 RNAについても核小体に局在することが明らかになった点は,これらのRNAの機能解析に進む上での貴重な情報となった。CeR-2 RNAについてはさらに胚発生の段階での発現,局在についても調べ,かなり初期から核小体に存在することがわかった。2.ゲルシフトアッセイにより,CeR-2 RNAコード領域上流に存在する保存配列に結合する因子の存在を示唆するデータを得た。3.RT-PCRにより,ゲノム上でCeR-9 RNA遺伝子が重なって存在するWO8G11.3遺伝子が少なくともL1から成虫に至るまで発現していることを示すデータを得た。CeR-9 RNA,WO8G11.3のmRNAとも幼虫期以降の全発生ステージで発現していることを示している。4.線虫から新たに同定した50nt以下のncRNA候補について論文にまとめた。5.新たに同定した50nt以下のncRNA候補の単離についての成果やCeR-2 RNAの発現に関する成果を国内外の学会で発表した。

1. This year's は, 7 species の nematodes new rules ncRNA (CeR - 2, CeR - 4, CeR - 5, CeR - 6, CeR - 7, CeR - 8 RNA) に つ い て, BMD at l1-l4 の larval stage お よ び adult period で の 発 presently others type を in situ ハ イ ブ リ ダ イ ゼ ー シ ョ ン method に よ り adjustable べ た. こ の results, い ず れ も larval stage in す べ て に の period, ほ と ん ど す べ て の cells で 発 now し て お り, nucleosome に bureau in す る こ と を Ming ら か に し た. CeR - 6, CeR - 7 RNA に つ い て は, annual report yesterday し た CeR - 9 RNA と with others, with columns か ら H/ACA snoRNA で あ る こ と が to think さ れ て い た の で, looking forward to pass り の results だ っ た. CeR - 4 RNA と CeR - 8 RNA に つ い て は, H type/ACA を の structure is す と る RNA to think さ れ た の で, nucleosome へ の bureau in は こ の to want to pay in を け る results と い え る. Already know RNA と の similarity が は match column shape recognition め ら れ な か っ た CeR や CeR - 5-2 RNA RNA に つ い て も nucleosome に bureau in す る こ と が Ming ら か に な っ た は, こ れ ら の RNA の function on analytical に into む で の precious な intelligence と な っ た. CeR - 2 RNA に つ い て は さ ら に embryo 発 raw の Duan Jie で の 発, bureau in に つ い て も べ, か な り early か ら nucleosome に exist す る こ と が わ か っ た. 2. ゲ ル シ フ ト ア ッ セ イ に よ り, CeR - 2 RNA コ ー ド domains exist high に す る save with column に combining す る factors の を in stopping す る デ ー タ を た. 3. Rt-pcr に よ り, ゲ ノ ム で on CeR - 9 RNA heritage 伝 son が heavy な っ て exist す る WO8G11. 3 heritage 伝 son が less な く と も L1 か ら adult に to る ま で 発 now し て い る こ と を shown す デ ー タ を た. CeR - 9 RNA, WO8G11. 3 の mRNA と も larval stage to drop の 発 all life ス テ ー ジ で 発 now し て い る こ と を shown し て い る. 4. Nematode にまとめた ら new たに same determination <s:1> た た <s:1> candidate for <s:1> ncRNA below 50nt に て て paper にまとめた. 5. New た に with fixed し た below 50 nt の ncRNA alternate の 単 from に つ い て の results や CeR - 2 RNA の 発 now に masato す る achievements at home and abroad を の learn で 発 table し た.

项目成果

線虫の非翻訳RNA

线虫非翻译 RNA

• 发表时间: 2004
• 期刊: 細胞工学 23巻10号
• 作者: M.Wachi;T.Ogawa;K.Yokoyama;Y.Hokii;M.Shimoyama;A.Muto;C.Ushida;牛田 千里
• 通讯作者: 牛田 千里

Isolation of eight novel Caenorhabditis elegans small RNAs

• DOI: 10.1016/j.gene.2004.03.004
• 发表时间: 2004-06-23
• 期刊: GENE
• 影响因子: 3.5
• 作者: Wachi, M;Ogawa, T;Ushida, C
• 通讯作者: Ushida, C

M.Wachi, T.Ogawa, K.Yokoyama, Y.Hokii, M.Shimoyama, A.Muto, C.Ushida: "Isolation of eight novel Caenorhabditis elegans small RNAs."GENE. 印刷中.

M. Wachi、T. Okawa、K. Yokoyama、Y. Hokii、M. Shimoyama、A. Muto、C. Ushida：“八种新型秀丽隐杆线虫小 RNA 的分离正在出版。”

低分子RNAの分析方法

小RNA分析方法

• 发表时间: 2010

Twelve novel C.elegans RNA candidates isolated by two-dimensional polyacylamide gel electrophoresis.

通过二维聚丙烯酰胺凝胶电泳分离出 12 种新型线虫 RNA 候选物。

• 发表时间: 2005
• 期刊: Gene 356
• 作者: Y.Hokii;A.Kubo;T.Ogasawara;Y.Nogi;A.Taneda;R.Arai;A.Muto;C.Ushida
• 通讯作者: C.Ushida