权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

微生物完全長ゲノムの大規模比較解析による適応的分子進化の解明

通过全长微生物基因组的大规模比较分析阐明适应性分子进化

基本信息

批准号：
15770156
负责人：
伊藤剛
金额：
$ 2.37万
依托单位：
National Institute of Agrobiological Sciences (2004)National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (2003)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

昨年度得た多数の近縁ゲノム間での自然選択強度のデータを整理し、特に水平移行の有無に関して着目しながら、機能と自然選択による進化の関係を明らかにした。これまでの研究で、水平移行した遺伝子では自然選択の緩和が生じている可能性(=同義置換数に対して非同義置換数が比較的多い)が示されていた。一方で、遺伝子の機能に関する考察から、量的に偏ってより多く水平移行している遺伝子のうち、細胞表面構造に関係するタンパク質の遺伝子などでは正の自然選択が示唆された。しかし、そのほかの大量移行の例では、例えば遺伝子発現の制御に関与する遺伝子のように、分子レベルでの生命活動に大きな変化をもたらす可能性は考えられるものの、水平移行と正の自然選択の関係は必ずしも明確ではない。そこで、近縁種(株)間のオルソログにおいて、水平移行した遺伝子とそうでない内在性のものとで、フレームシフトによるタンパクコード遺伝子の読み枠の破壊があるかどうかを比較した。すると、例えば大腸菌K-12株とO157の間では、内在性遺伝子では1.0%(34/3291)でフレームシフトによる偽遺伝子化が見られたが、一方で水平移行したものでは6.9%(23/332)と明らかに水平移行での遺伝子破壊が多かった。これは、水平移行したものではむしろ大部分で自然選択が緩和されているという考え方を指示するものである。本研究により、水平遺伝子移行によって大きな生命多様性がもたらされるが、自然選択という意味では重要度の高いものは小数に限られることが明らかになった。本研究に関しては一部を論文化するとともに国内外の学会等でも発表しており、また全ての結果をデータベース化し可視化するプログラムも作成したので、誰でも容易に大量解析の全情報を活用できるようになっている。

Most of last year's natural selection, intensity, and special horizontal transfer The relationship between the function and the natural selection and the evolution of the function is the same.これまでの Researchで、Horizontal migrationした缝子ではNatural selection択のeasingが生じているCan Capability (= synonymous substitution number に対して non-synonymous substitution number が comparison い) が Show されていた. One side, the function of the remaining crotch is closed, the inspection is done, the quantity is partial, the horizontal movement is too much, the remaining crotch isのうち、Relationship between cell surface structure and するタンパク性の伝子などでは正のnatural selection択がshows instigationされた.しかし, そのほかの massive migration of のでは, case of えば缝子発 appearのcontrolled control and する缝子のように, molecular レベルでの生The activity is large, the change is possible, the possibility is tested, and the horizontal migration is natural selection, the relationship is clear, and the relationship is clear.そこで, Nearly 縁 species (strain) between のオルソログにおいて, horizontal migration した缝子とそうでない internal nature のものとで、フレームシフトによるタンパクコード伝子のみ枠の波壊があるかどうかを compare した.すると, Example えば coli K-12 strain とO157の间では, Intrinsic legacy では 1.0% (34/3291) でフレームシフトによる pseudo缝子化が见が见られたが、一lateral movement of the horizontal shift したものでは 6.9% (23/332) and 明らかに Horizontal shift of the left 伝子波壊が多かった.これは, horizontal shift したものではむしろmost of the natural selection 択がeasing されているというukao えsquare を instructions するものである. This study is based on the horizontal legacy of migration, the multiplicity of life, and the nature of life. However, choosing 択という means that the importance of では is high and the decimal is limited. られることが明らかになった. This study is based on the first part of the paper on cultural studies at home and abroad, etc.ス化しvisualizationするプログラムも成したので、Who can easily analyze a large amount of information and make full use of itできるようになっている.