ヒトがん細胞株を用いた抗がん剤感受性予測システムの構築

利用人类癌细胞系构建抗癌药物敏感性预测系统

• 批准号: 15790058
• 负责人: 旦 慎吾
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Japanese Foundation For Cancer Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15790058/
• 关键词: ヒトがん細胞株; バイオインフォマティクス; 抗がん剤; 感受性予測; 遺伝子発現解析

がん細胞の抗がん剤感受性の予測マーカーとなる遺伝子群を同定する目的で、研究代表者らは、39種類のヒト培養がん細胞株(ヒトがん細胞株パネルJFCR39)について約100種類の抗がん剤に対する感受性と約1万種類の遺伝子発現を測定してデータベース(DB)化し、このDBを利用して抗がん剤感受性と統計学的に有意な相関が認められた遺伝子群を抽出した。つぎに、認められた相関の一般性を検討するために、米国国立がん研究所(NCI)が公開している60種類のヒト培養がん細胞株(NCI60)についての薬剤感受性・遺伝子発現DBを利用して相関の検証をおこなった。JFCR39、NCI60の両DBで比較可能な782遺伝子の発現データと51抗がん剤の感受性データを利用して解析したところ、JFCR39のDBにおいて有意な相関が認められた抗がん剤と遺伝子の組み合わせうち、NCI60のDBにおいても同様な相関が認められるものが19%存在した(P<0.05)。この割合は、ランダム(2.5%)に比べ有意に高いことから、JFCR39のDBを利用した解析で相関が認められた抗がん剤-遺伝子の組み合わせは、JFCR39のDBにオーバーフィッティングしていて普遍的ではないものが数多く含まれているものの、本質的に関連があるものが濃縮されているものと推察された。また、JFCR39、NCI60の両DBで有意な相関が認められた抗がん剤-遺伝子の組み合わせは、本質的に関連があるものがより多く濃縮されていることが期待された。以上のことから、これらの遺伝子は、組み合わせの相手の抗がん剤の感受性予測マーカーとして利用できる可能性が示唆された。相関が認められた抗がん剤-遺伝子の組み合わせ例として、トポテカン-SFN(耐性)、PLK1(感受性)が挙げられるが、これらの遺伝子を用いて精度の高い感受性予測システムを構築することが今後の課題である。

The purpose of predicting the susceptibility of cells to anti-cancer is to identify the same gene subgroup, study representatives, and culture 39 cell lines The sensitivity of about 100 kinds of resistance to the disease and the occurrence of about 10,000 kinds of genes were measured in the cell strain JFCR39. The sensitivity of resistance to the disease and the occurrence of genes in the disease strain JFCR39 were analyzed and analyzed. For a general discussion of the issues related to recognition, the National Institutes of Health (NCI) in the United States has made public 60 types of cultured cell lines (NCI60) for drug sensitivity and genetic discovery. The database will be used to provide relevant evidence. JFCR39, NCI60 DB were more likely to detect 782 genes and 51 genes and 19% of NCI60 DB were more likely to detect 782 genes The number of such connections (2.5%) is higher than that of the intended connections, and JFCR39 DB is used to analyze the connections between the connections and the common connections. JFCR39, NCI60 and DB are intended to be related to each other. The above information is used to predict the sensitivity of the resistance and the possibility of using it. Related topics include the construction of high precision susceptibility prediction systems for the use of resistance-gene combinations, such as resistance-SFN(tolerance), PLK1 (susceptibility), etc.

项目成果

Chemosensitivity profile of cancer cell lines and identification of genes determining chemosensitivity by an integrated bioinformatical approach using cDNA arrays

• DOI: 10.1158/1535-7163.mct-04-0234
• 发表时间: 2005-03
• 期刊: Molecular Cancer Therapeutics
• 影响因子: 5.7
• 作者: N. Nakatsu;Y. Yoshida;K. Yamazaki;Tomoki Nakamura;S. Dan;Y. Fukui;T. Yamori

Sugiyama, Y., Dan, S., Yoshida, Y., Akiyama, F., Sugiyama, K., Hirai, Y., Matsuura, M., Miyata, S., Ushijima, M., Hasumi, K., Yamori, T.: "A Large-scale Gene Expression Comparison of Microdissected, Small-sized Endometrial Cancers with or without Hyperpla

杉山，Y.，丹，S.，吉田，Y.，秋山，F.，杉山，K.，平井，Y.，松浦，M.，宫田，S.，牛岛，M.，莲实，K.，

Dan, S., Shirakawa, M., Mukai, Y., Yoshida, Y., Yamazaki, K., Kawaguchi, T., Matsuura, M., Nakamura Y., Yamori, T.: "Identification of Candidate Predictive Markers of Anticancer Drug Sensitivity Using a Panel of Human Cancer Cell Lines."Cancer Science. 94

Dan, S.、Shirakawa, M.、Mukai, Y.、Yoshida, Y.、Yamazaki, K.、Kawaguchi, T.、Matsuura, M.、Nakamura Y.、Yamori, T.：“候选预测标记的识别