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クラスタリングによる遺伝子発現プロファイルの解析

通过聚类分析基因表达谱

基本信息

批准号：
04J61624
负责人：
瀬尾茂人
金额：
$ 0.64万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-04J61624/
关键词：
クラスタリング遺伝子発現プロファイルグラフ構造

项目摘要

現在DNAマイクロアレイ等の技術の発展により,様々な条件下での遺伝子発現プロファイルが大量に蓄積されつつある.発現プロファイルとは,遺伝子の発現量を様々な条件下において測定した結果得られる集積データのことである.機能未知の遺伝子の機能を,それと共発現している既知の機能を持つ遺伝子を手がかりに推定したり,特定の条件下で特徴的に発現している遺伝子群を見つけて解析したりするときには,クラスタリングが有効である.ただし,マイクロアレイによって測定された発現量を解析する際には,測定誤差が存在することを考慮する必要があり,このため誤差の影響をうけにくいクラスタリング手法が必要とされている.遺伝子発現プロファイルの従来のクラスタリング手法としては,相関係数を類似性尺度として用いた階層型クラスタリングが代表的である.この方法は遺伝子間の相関係数の最も大きいものから順につないでいき,木構造で表現するという単純なものである.しかし,この方法には利点もあるが,遺伝子間の関係を表現する能力に問題があると考えられる.それは,このクラスタリング手法で表現できる遺伝子間の関係は相関係数が最大であるということだけで,より複雑な関係を表現することができないということである.本研究ではこの問題点を解決するために,グラフ構造に基づくクラスタリング手法を提案した.また実際の発現プロファイルに適用し,相関係数の値のばらつきによる影響を受けにくいクラスタリングを行うことができているかを評価した.この研究の成果をまとめ,2004年12月に横浜で行われた国際会議Genome Informatics Workshop 2004において報告した.

Nowadays, DNA technology and other technologies are developed and used under the conditions of DNA testing.がa large amount of accumulation されつつある.発appears プロファイルとは, and the remaining amount is において under the current conditions を様々なThe result of the measurement is that the function is unknown, the function is unknown, and the function is unknown. It is a presumption of a known function, a holding of a legacy, a hand-held assumption, and a special realization of a special condition under certain conditions.る伝子群を见つけてanalyticsしたりするときには,クラスタリングがeffectiveである.ただし,マイクロアレイによって Measurement された発 Current quantity を Analysis するinterior には, measurement error exists することを consideration するIt's necessary, it's necessary, it's the influence of error, it's necessary. It's necessary. Sub-Hair now プロファイルの従来のクラスタリング technique としては, correlation coefficient をsimilarity scale として用いたHierarchical クラスタリングが representative of the である.このmethodは缝子中のCorrelation coefficientのmostも大きいものからShun につないでいき, wooden structure でexpression するという単pure なものである.しかし, このmethod には Advantage もあるが, the relationship between the widow and the child shows the problem of the ability and ability of the widow があるとtest えられる. それは, このクラスタリThe ング technique is used to express the relationship between the remaining parts and the correlation coefficient is the maximum. The relationship is expressed through the expression of the relationship. The problem of this study is solved by the problem. The グラフフstructural base づくクラスタリング technique を proposal した. The また域の発existing プロファイルにapplicable, The correlation coefficient is affected by the correlation coefficient. Comment on the results of the research, Yokohama International Conference Genome, December 2004 Informatics Workshop 2004においてreportした.