ゲノム情報および遺伝的特性を基盤とした魚類温度適応機構に関する研究

基于基因组信息和遗传特征的鱼类温度适应机制研究

• 批准号: 05J11531
• 负责人: 平山 真
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-05J11531/
• 关键词: 温度適応; マイクロアレイ; ゲノム; 遺伝子発現解析; メダカ; Gene Ontology; 地域集団

メダカは0℃付近から35℃を超える温度で生息可能であり、EST解析やゲノム解析による遺伝情報の蓄積も著しい・本研究では、メダカ温度適応機構の解明を目的とし、本年度は、メダカ培養細胞を対象に、温度変化に伴う遺伝子発現変動を網羅的に調べ、発現変動を示した遺伝子につきGene Ontology(GO)解析を行った。まず、北日本集団メダカ由来細胞OLHNI-el株を継代温度の25℃から15℃へ移行し、移行7日以内の経時的な遺伝子発現変動を、約3,500遺伝子を含むcDNAマイクロアレイを用いて調べた。15℃処理により発現変化がみられた313遺伝子につき、GO termに基づき17群の生体反応のクラスターに分類した。その結果、タンパク質の生成および修飾、糖質および核酸代謝、細胞構造および形態形成の各クラスターに含まれる遺伝子の発現パターンが15℃処理により大きく変化することが明らかになった。次に、上記解析により、温度移行後の初期に顕著な発現変動が認められたcysteine-rich angiogenic inducer 61遺伝子につき、北日本集団メダカ由来細胞OLHNI-el、Odate-elおよびKino-e2株を対象に、25でから15および5℃へ培養温度を下げ、移行24時間以内の経時的なmRNA蓄積量の変化を定量的RT-PCRにより調べた。その結果、全ての細胞株で温度移行1時間後からmRNA蓄積量の増大が認められ、また、その増大は15℃より5℃で大きかった。本遺伝子の5'上流転写調節領域1kbをメダカ・ゲノムデータベースより取得しモチーフ解析したところ、免疫や細胞増殖に関係するシグナル伝達に重要な転写因子NFkBの結合領域が複数みられた。この結果は、NFkBカスケードが魚類の低温適応に関与する可能性を示した報告(Hirayama et al.,2006)と一致した。

メダカは0℃ Pay close to 35℃ をSuper える Temperature is possible であり, EST analysisやゲノムANALYSIS による伝综合の写もしい・This study では and メダカThe temperature is suitable The purpose and purpose of the organization, the current year, the conditions for cultured cells, and the conditions for temperature changes Gene Ontology (GO) analysis を行った.まず、Kita Nippon Collection Group's OLHNI-el strain is derived from cells with a temperature of 25℃ and a temperature of 15℃. Migration is 7 days The remaining な伝子発 in the inner の経 time is now changed, and about 3,500 伝子をcontains cDNAマイクロアレイを用いて Adjusted べた. Processed at 15℃, the がみられた313 缝子につき, GO term にbased づき17 group のbiotic reaction のクラスターにclassification した.そのRESULTS, タンパク性のgenesis and およびmodification, sugar およびnucleic acid metabolism, cell structure およびmorphogenesis のeach クラThe により大きく変化することが明らかになった is processed at 15℃. Second time, the above analysis, the initial stage after the temperature shift, the initial stage after the temperature shift, the cysteine-rich angiogenic inducer 61弝子につき, OLHNI-el, Odate-elおよびKino-e2 strain, 25でRT-PCR was used to quantify the amount of mRNA accumulated during the culture period at 15°C at 5°C and within 24 hours of migration. As a result, the amount of mRNA accumulated in the whole cell line was increased after temperature shift for 1 time. This legacy 伝子の5' upper stream writing adjustment field 1kb をメダカ・ゲノムデータベースより acquired しモチーフanalytics したとIt is an important factor in the relationship between immune cell proliferation and immune cell proliferation. The binding domain of NFkB is complex. The result and the low temperature adaptability of NFkB fish are consistent with the possibility report (Hirayama et al., 2006).

项目成果

Temperature-dependent growth rates and gene expression patterns of various medaka Oryzias latipes cell lines derived from different populations

• DOI: 10.1007/s00360-005-0053-8
• 发表时间: 2006-05-01
• 期刊: JOURNAL OF COMPARATIVE PHYSIOLOGY B-BIOCHEMICAL SYSTEMS AND ENVIRONMENTAL PHYSIOLOGY
• 影响因子: 2
• 作者: Hirayama, M;Mitani, H;Watabe, S
• 通讯作者: Watabe, S

Genomic Sequences Encoding Two Types of Medaka Hemopexin-like Protein Wap65, and Their Gene Expression Profiles in Embryos

编码两种青鳉血红素结合蛋白样蛋白 Wap65 的基因组序列及其在胚胎中的基因表达谱

• 发表时间: 2005
• 期刊: J.Exp.Biol. 208
• 作者: Nakaniwa;M.;Shimizu;N.;et.al
• 通讯作者: et.al