クロマチン沈降・DNAチップ法を用いたヒト転写因子標的遺伝子の網羅的同定法の開発

染色质沉降/DNA芯片法综合鉴定人类转录因子靶基因方法的建立

• 批准号: 16681015
• 负责人: 鈴木 穣
• 金额: $ 18.55万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16681015/
• 关键词: 完全長cDNA; 転写開始点; ChIP on chip; クロマチン免疫沈降; 転写因子; トランスクリプトーム; クロマチン沈降; プロモーター; 転写制御; ゲノム

本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系を確立した。この系をヒト肺内皮細胞BEAS2B(喘息における炎症モデルにしばし用いられる)に対して用いて、我々の運営するプロモーターデータベースDBTSSにおいてSTAT6結合コンセンサス配列を転写開始点上流1kb以内に持つ遺伝子群の中から、4個のSTAT6標的遺伝子(プロモーター部分のLuciferase assay、RT-PCR、ChIP法においていずれも有為にSTAT6による発現誘導を認めるものと定義)を同定した。またLuciferase assay、RT-PCR、ChIPの各々では有為な発現誘導を示したものの、相互に誘導、非誘導の結果が一致しなかったものも多数認められ、その生物学的意義は興味深いと考えさらに詳細に解析を進めている。また、研究開始時点では独自のプロモーターチップの作成を計画していたが、平成17年度に入りコスト面で有利であると期待されたプロモーターチップがアジレント社から市販品として入手可能となった。また我々が、転写因子E2F4の標的遺伝子について、同チップの有効性を検証したところ、我々の実験系を用いればE2F4の新規/既知標的遺伝子を同様に精度よく検出可能であることが確認された。現在、上記STAT6標的遺伝子についても同様の検討を行い、同社プロモーターチップとその他のものとの比較検討、さらにその他の転写因子の標的遺伝子の同定に向けての有効性の検討を行っている。

This study に お い て は, ヒ ト planning write but 伝 son の snare な factor target with constant を purpose と し た ク ロ マ チ ン immune sink - DNA チ ッ プ method (ChIP method of on ChIP) の を refers to establish the methodology し た. Youdaoplaceholder0 use the same method as を to write the factor STAT6 with て て and ヒト転. Explore を try みた. は じ め に ク ロ マ チ ン immune sink の element process (の cutting, immune cells の dissolve DNA sink に with い る) body と conditions at に つ い 検 て な detailed conditions for を い, reproducibility よ く STAT6 already know mark heritage 伝 son を be で き る be を 験 department establish し た. こ の is を ヒ ト BEAS2B lung endothelial cells (breathing に お け る inflammation モ デ ル に し ば し with い ら れ る) に し seaborne て in い て, I 々 の luck 営 す る プ ロ モ ー タ ー デ ー タ ベ ー ス DBTSS に お い て STAT6 combining コ ン セ ン サ ス match column を planning to write the starting point within the upper 1 KB に hold つ heritage 伝 subgroup in の か ら, 4 の ST AT6 mark heritage 伝 child (プ ロ モ ー タ ー part の Luciferase assay, rt-pcr, ChIP method に お い て い ず れ も for に STAT6 に よ る 発 induced を now recognize め る も の と definition) with fixed し を た. ま た Luciferase assay, rt-pcr, ChIP の each 々 で は for な 発 induced を now shown し た も の の, mutual に induction, induced の が consistent し な か っ た も の も most recognize め ら れ, そ の biological significance は tumblers deep い と exam え さ ら に detailed analytical を に into め て い る. ま た, the research start point で は の alone プ ロ モ ー タ ー チ ッ プ の made を plan し て い た が, pp.47-53 17 year に into り コ ス ト surface で favorable で あ る と expect さ れ た プ ロ モ ー タ ー チ ッ プ が ア ジ レ ン ト club か ら city vendor product と し て starting may と な っ た. ま た I 々 が, planning to write factor E2F4 の mark heritage 伝 son に つ い て, with チ ッ プ の have sharper sex を 検 card し た と こ ろ, I 々 の be を 験 department with い れ ば E2F4 の new rules/know mark both heritage 伝 son を with others in precision に よ く 検 makes possible で あ る こ と が confirm さ れ た. Now, written traces of STAT6 mark 伝 son に つ い て も with others の beg を 検 い, with clubs プ ロ モ ー タ ー チ ッ プ と そ の he の も の と の is beg, さ 検 ら に そ の he の heritage planning write factor の mark 伝 son の be に to け て の have sharper sex の 検 line for を っ て い る.

项目成果

Analyses of the Human Genome Based on Large-Scale Full-length cDNA Resources

基于大规模全长 cDNA 资源的人类基因组分析

• 发表时间: 2005
• 期刊: Current Genomics 6
• 作者: Suzuki;Sugano
• 通讯作者: Sugano

Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes

• DOI: 10.1101/gr.4039406
• 发表时间: 2006-01-01
• 期刊: GENOME RESEARCH
• 影响因子: 7
• 作者: Kimura, K;Wakamatsu, A;Sugano, S
• 通讯作者: Sugano, S

Gene expression analysis of human hepatocellular carcinoma by using full-length cDNA library

利用全长cDNA文库分析人肝细胞癌基因表达

• 发表时间: 2006
• 期刊: Journal Biomedical Sciences 34
• 作者: Minowa;Y.;Kobayashi;N.;他3名とすばるチーム;Takuji Tsujimoto;Kimura et al.;Yamashita et al.;Tsai et al.
• 通讯作者: Tsai et al.

DKK1, a negative regulator of Wnt signaling, is a target of the beta-catenin/TCF pathway

DKK1 是 Wnt 信号传导的负调节因子，是 β-catenin/TCF 通路的靶标

• 发表时间: 2004
• 期刊: Oncogene 23
• 作者: Niida A.;et al.
• 通讯作者: et al.

蛋白質・核酸・酵素増刊号「ゲノムから生命システムへ」

蛋白质、核酸和酶特刊“从基因组到生命系统”

• 发表时间: 2005
• 作者: Niida A;Hiroko T;Kasai M;Furukawa Y;Nakamura Y;Suzuki Y;Sugano S;Akiyama T.;谷野他
• 通讯作者: 谷野他