転写開始点の解析

转录起始位点分析

• 批准号: 08J08680
• 负责人: モハッメド バドルル A
• 金额: $ 0.77万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08J08680/
• 关键词: 転写開始点; 遺伝子発現量; 5'SAGE; 発現パターン; 発現クラスタリング; Aggregated Index; 選択的プロモータ; 発現量; 年齢関連遺伝子; 性決定遺伝子; 基礎転写因子

機能ゲノム学において転写開始点および転写量を網羅的に分析することは重要なテーマである。近年、転写開始点の解析に5'SAGE(Serial Analysis of Gene Expression)法はきわめて重要な役割を果たしてきている。5'SAGEを使ってmRNA(メッセンジャーRNA)の転写開始点から下流に数十DNA塩基を切断(以下5'末端配列と呼ぶ)する。5'SAGE法を少し改良し、次世代型シークエンサーの一つであるIllumina/Solexaに適用できる新しい方法も橋本博士らによって開発された。新方法では転写開始点を含んだ遺伝子全体の発現量を網羅的に、しかも幅広いダイナミックレンジで測定できるようになった。今まで曖昧にされてきた低頻度の発現遺伝子の変化も正確に測定可能になった。技術革命により、いままでと違った現象を詳細に観測できるようになってきた。我々はこの手法をもちいて、キイロショウジョウバエ(Drosophila melanogaster)の7つのサンプル(胚、幼虫、未成熟/成熟・雄/雌、培養細胞S2)から5'末端配列を収集し、2,500万タグのゲノム上での位置を決めた(3塩基までのミスマッチを許容)。転写開始点は唯一つではなくある程度の幅をもって分布し、異なるサンプル間で分布は類似している場合もあれば、異なっている場合もある。転写開始点の分布を定式化して発現クラスタリングを解析する。転写開始点の分布を定式化する方法として、Aggregated Index(AI:集約指標)を提案する。本指標は"0"から"1"までの値を持つ。"1"に近いほど、5'末端配列(発現量)が一点の転写開始点に集中していて、"0"に近いほど、転写開始点が異なる発現量を持って、互いに離れていることになる。この集約指標を利用して初期胚から成熟されるまでとオス・メス間に転写開始点の分布が変化する遺伝子と変化しない遺伝子群をクラスタリングする。発現パターンに従って、クラスタリングをさせる方法は遺伝子発現の制御や機能ゲノム研究に役立つでしょう。

The function is to write the starting point and the amount of writing. In recent years, the 5'SAGE(Serial Analysis of Gene Expression) method has been used to analyze important gene expression. 5'SAGE makes mRNA (RNA) transcribe start point and downstream transcribe tens of DNA transcribed bases (5' terminal alignment below). 5'SAGE method is a new method developed by Dr. Hashimoto. The new method includes the following steps: determining the starting point of the new method, including the total amount of the new method, and determining the new method. The low frequency of detection of the virus is now unknown and the correct detection of the virus is possible. The technological revolution is a phenomenon that has been tested in detail. We have developed a method for determining the position of the 7-terminal groups (embryo, larva, immature/mature, male/female, cultured cell S2) of Drosophila melanogaster (Drosophila melanogaster) from the 5'terminal alignment to the 25 million terminal groups (3-terminal group). The writing start point is unique, the amplitude is distributed, the difference is distributed, the distribution is similar, the difference is distributed The distribution of writing start points is formulated and analyzed. The method of formulating the distribution of the start points and the proposal of the Aggregated Index(AI) This indicator is "0""1" "1" is near to the middle, 5'end arrangement (occurrence amount) is near to the middle,"0" is near to the middle,"5" end arrangement (occurrence amount) is near to the middle,"0" is near to the middle,"5" end The intensity index is used to determine the distribution of the initial stage, maturity stage and initial stage. The method of discovery and control function of gene discovery is studied in detail.

项目成果

High throughput 5'end mRNA data analysis pipeline

高通量 5 端 mRNA 数据分析管道

• 发表时间: 2008
• 作者: Shigeru Iemoto;Wataru Takahashi;Ahsan Budrul (アーサン・バドルル);Ahsan Budrul (アーサン・バドルル)
• 通讯作者: Ahsan Budrul (アーサン・バドルル)

5'end mRNA tag data of Drosophila melanogaster transcription

果蝇转录的5端mRNA标签数据

• 发表时间: 2008
• 作者: Shigeru Iemoto;Wataru Takahashi;Ahsan Budrul (アーサン・バドルル);Ahsan Budrul (アーサン・バドルル);Ahsan Budrul (アーサン・バドルル)
• 通讯作者: Ahsan Budrul (アーサン・バドルル)

MachiBase: a Drosophila melanogaster 5′-end mRNA transcription database

• DOI: 10.1093/nar/gkn694
• 发表时间: 2009-01-01
• 期刊: NUCLEIC ACIDS RESEARCH
• 影响因子: 14.9
• 作者: Ahsan, Budrul;Saito, Taro L.;Morishita, Shinichi
• 通讯作者: Morishita, Shinichi