权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

転写開始点の超高速決定法の開発と植物ゲノム研究への応用

转录起始位点超快速测定方法的建立及其在植物基因组研究中的应用

基本信息

批准号：
19657016
负责人：
小保方潤一
金额：
$ 2.3万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2007
资助国家：
日本
起止时间：
2007 至 2008
项目状态：
已结题

项目摘要

初年度に開発・実施したCT-MPSS法によって、シロイヌナズナの転写開始点タグ配列を38万ほど決定した。本年度は、それらの配列情報を用いて、植物の転写開始点に関する情報生物学的解析を進めたところ、以下のような研究成果が得られた。(1)高等植物のコアプロモーター領域では、ヒトやマウスのコアプロモーターにはみられない配列要素やコンテキストが使われている。(2)植物のプロモーターは、転写開始点がブロードに広がるタイプと、数塩基に集中するタイプに大きく分けられた。(3)このうち、TATAボックスを持つ遺伝子は、一般に、発現量が大きく、また、転写開始点の収斂度が高かった。(4)転写開始点は一般にプリンとピリミジンの境界に出現するが、発現量の多い遺伝子では、その周辺にさらに特徴があり、所謂イニシエーター(Inr)のコンセンサス配列により近づく傾向が見られた。(5)遺伝子の発現量と、TATAボックスの存在、Inr類縁配列のコンセンサス配列への収斂度、の3者には正の相関がみられた。(6)一方、ブロード型のプロモーターはTATAボックスやInrの代わりに、GA因子をもつ傾向があった。(7)植物のブロード型プロモーターには、動物のブロード型プロモーターにみられるようなCpGモチーフがみられなかった。従って、植物では、動物のCpGモチーフが果たしている役割を、GA因子が代わりに果たしているのかもしれない。(8)TATAボックス型プロモーターは、環境応答系の遺伝子に比較的多い傾向があった。

At the beginning of the year, the CT-MPSS method is used to determine the starting point of the system. 380000 is used to determine the starting point of the program. In the current year, the analysis of the starting point of this year's medicine and plant medicine, the analysis of biology, and the achievements of the following research results have been reviewed. (1) higher plants do not have any knowledge of their fields and fields, and they do not know how to arrange elements. (2) the plant system is in full swing, the starting point of the writing system is the number of stations, and the data base is concentrated. (3) in general, high volume, high volume, high precision, high temperature, high temperature, high temperature (4) at the starting point of writing, there is an error, a large amount of information, a lot of information. (4) at the starting point of the write, there is an error level at the starting point, which shows that there is an error, the number of users, and the number of users. (4) the (5) the quantity of the child, the quantity of the TATA, the distribution of the Inr type, the accuracy of the column, the positive phase of the three, and the value of the other three. (6) one party, the other, the other side, the GA factor, and the GA factor. (7) plants, animals, CpG plants, animals, animals and animals. CpG, plant, animal, plant, plant, animal, plant, animal, animal, plant, animal, animal, plant, plant, animal, animal, (8) the TATA environmental response is the multi-directional response of the sub-population.

项目成果

期刊论文数量（23）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches.

DOI：
10.1111/j.1365-313x.2008.03680.x
发表时间：
2009
期刊：
The Plant journal : for cell and molecular biology
影响因子：
0
作者：
Atsushi Takabayashi;Noriko Ishikawa;T. Obayashi;S. Ishida;J. Obokata;T. Endo;F. Sato
通讯作者：
Atsushi Takabayashi;Noriko Ishikawa;T. Obayashi;S. Ishida;J. Obokata;T. Endo;F. Sato

高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性

高密度转录起始位点分析揭示拟南芥核心启动子结构的多样性

DOI：
发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
0
作者：
山本義治;吉次友昭;櫻井哲也;関原明;篠崎一雄;小保方潤一
通讯作者：
小保方潤一

Identification of plant promoter constituents by analysis of local distribution of short sequences.

DOI：
10.1186/1471-2164-8-67
发表时间：
2007-03-08
期刊：
BMC genomics
影响因子：
4.4
作者：
Yamamoto YY;Ichida H;Matsui M;Obokata J;Sakurai T;Satou M;Seki M;Shinozaki K;Abe T
通讯作者：
Abe T

ベーシックマスターシリーズ細胞生物学

基础大师系列细胞生物学