転写開始点の超高速決定法の開発と植物ゲノム研究への応用

转录起始位点超快速测定方法的建立及其在植物基因组研究中的应用

• 批准号: 19657016
• 负责人: 小保方 潤一
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19657016/
• 关键词: 転写開始点; 植物ゲノム; プロモーター; トランスクリプトーム; MPSS法

初年度に開発・実施したCT-MPSS法によって、シロイヌナズナの転写開始点タグ配列を38万ほど決定した。本年度は、それらの配列情報を用いて、植物の転写開始点に関する情報生物学的解析を進めたところ、以下のような研究成果が得られた。(1)高等植物のコアプロモーター領域では、ヒトやマウスのコアプロモーターにはみられない配列要素やコンテキストが使われている。(2)植物のプロモーターは、転写開始点がブロードに広がるタイプと、数塩基に集中するタイプに大きく分けられた。(3)このうち、TATAボックスを持つ遺伝子は、一般に、発現量が大きく、また、転写開始点の収斂度が高かった。(4)転写開始点は一般にプリンとピリミジンの境界に出現するが、発現量の多い遺伝子では、その周辺にさらに特徴があり、所謂イニシエーター(Inr)のコンセンサス配列により近づく傾向が見られた。(5)遺伝子の発現量と、TATAボックスの存在、Inr類縁配列のコンセンサス配列への収斂度、の3者には正の相関がみられた。(6)一方、ブロード型のプロモーターはTATAボックスやInrの代わりに、GA因子をもつ傾向があった。(7)植物のブロード型プロモーターには、動物のブロード型プロモーターにみられるようなCpGモチーフがみられなかった。従って、植物では、動物のCpGモチーフが果たしている役割を、GA因子が代わりに果たしているのかもしれない。(8)TATAボックス型プロモーターは、環境応答系の遺伝子に比較的多い傾向があった。

The CT-MPSS method was developed and implemented in the first year, and the starting point of writing was determined by 380,000. This year, we have made progress in the analysis of information biology related to the use of information and the starting point of plant writing, and the following research results have been obtained. (1)High level plants in the field of high level plants, high level plants in the field of high (2)The plant interface is both a broad interface where writing starts and a centralized interface where the digital base is concentrated. (3)TATA, T (4)The starting point of writing is usually the appearance of the boundary, the occurrence of the quantity of the multi-component, the characteristics of the circumference, the so-called "three-component"(Inr), the distribution of the boundary, and the tendency to close the boundary. (5)The three factors are: the quantity of emission, the existence of TATA, the convergence of IR and IR, and the correlation between them. (6)A side, a side. (7)Plant and animal models are designed to meet the needs of the environment. The plant, animal and CpG are the main factors in the growth of plants. (8) TATA is the most common type of environmental response system.

项目成果

Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches.

• DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03680.x
• 发表时间: 2009
• 期刊: The Plant journal : for cell and molecular biology
• 作者: Atsushi Takabayashi;Noriko Ishikawa;T. Obayashi;S. Ishida;J. Obokata;T. Endo;F. Sato

高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性

高密度转录起始位点分析揭示拟南芥核心启动子结构的多样性

• 发表时间: 2008
• 作者: 山本義治;吉次友昭;櫻井哲也;関原明;篠崎一雄;小保方潤一
• 通讯作者: 小保方潤一

Identification of plant promoter constituents by analysis of local distribution of short sequences.

• DOI: 10.1186/1471-2164-8-67
• 发表时间: 2007-03-08
• 期刊: BMC genomics
• 影响因子: 4.4
• 作者: Yamamoto YY;Ichida H;Matsui M;Obokata J;Sakurai T;Satou M;Seki M;Shinozaki K;Abe T
• 通讯作者: Abe T

ベーシックマスターシリーズ 細胞生物学

基础大师系列细胞生物学

• 发表时间: 2009
• 作者: 尾張部克志;他 編 小保方潤一 (分担執筆)
• 通讯作者: 他 編 小保方潤一 (分担執筆)

コード領域の上流近傍における転写開始位置の決定機構

确定编码区上游附近转录起始位置的机制

• 发表时间: 2008
• 作者: 工藤久幸;山本義治;中邨真之;大谷将人;長谷川桂子;小保方潤一
• 通讯作者: 小保方潤一