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転写開始点の超高速決定法の開発と植物ゲノム研究への応用

転写開始点の超高速決定法の開発と植物ゲノム研究への応用
转录起始位点超快速测定方法的建立及其在植物基因组研究中的应用
批准号：
19657016
负责人：
小保方 潤一
金额：
$2.3万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19657016/
关键词：
転写開始点植物ゲノムプロモータートランスクリプトームMPSS法

项目摘要

项目成果

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初年度に開発・実施したCT-MPSS法によって、シロイヌナズナの転写開始点タグ配列を38万ほど決定した。本年度は、それらの配列情報を用いて、植物の転写開始点に関する情報生物学的解析を進めたところ、以下のような研究成果が得られた。(1)高等植物のコアプロモーター領域では、ヒトやマウスのコアプロモーターにはみられない配列要素やコンテキストが使われている。(2)植物のプロモーターは、転写開始点がブロードに広がるタイプと、数塩基に集中するタイプに大きく分けられた。(3)このうち、TATAボックスを持つ遺伝子は、一般に、発現量が大きく、また、転写開始点の収斂度が高かった。(4)転写開始点は一般にプリンとピリミジンの境界に出現するが、発現量の多い遺伝子では、その周辺にさらに特徴があり、所謂イニシエーター(Inr)のコンセンサス配列により近づく傾向が見られた。(5)遺伝子の発現量と、TATAボックスの存在、Inr類縁配列のコンセンサス配列への収斂度、の3者には正の相関がみられた。(6)一方、ブロード型のプロモーターはTATAボックスやInrの代わりに、GA因子をもつ傾向があった。(7)植物のブロード型プロモーターには、動物のブロード型プロモーターにみられるようなCpGモチーフがみられなかった。従って、植物では、動物のCpGモチーフが果たしている役割を、GA因子が代わりに果たしているのかもしれない。(8)TATAボックス型プロモーターは、環境応答系の遺伝子に比較的多い傾向があった。
期刊论文(23)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches.
DOI： 10.1111/j.1365-313x.2008.03680.x
发表时间： 2009
期刊： The Plant journal : for cell and molecular biology
影响因子： --
作者： [Atsushi Takabayashi;Noriko Ishikawa;T. Obayashi;S. Ishida;J. Obokata;T. Endo;F. Sato]
通讯作者： Atsushi Takabayashi;Noriko Ishikawa;T. Obayashi;S. Ishida;J. Obokata;T. Endo;F. Sato
高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性
高密度转录起始位点分析揭示拟南芥核心启动子结构的多样性
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： [山本義治, 吉次友昭, 櫻井哲也, 関原明, 篠崎一雄, 小保方潤一]
通讯作者： 小保方潤一
Identification of plant promoter constituents by analysis of local distribution of short sequences.
DOI： 10.1186/1471-2164-8-67
发表时间： 2007-03-08
期刊： BMC genomics
影响因子： 4.4
作者： [Yamamoto YY, Ichida H, Matsui M, Obokata J, Sakurai T, Satou M, Seki M, Shinozaki K, Abe T]
通讯作者： Abe T
ベーシックマスターシリーズ 細胞生物学
基础大师系列细胞生物学
DOI： --
发表时间： 2009
期刊：
影响因子： --
作者： [尾張部克志, 他 編 小保方潤一 (分担執筆)]
通讯作者： 他 編 小保方潤一 (分担執筆)
共 21 条
    シンビオジェネシスの基礎となるプロモーター獲得原理の解明
    • 批准号：
      18017014
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $5.63万
    • 财政年份：
      2006
    • 负责人：
      小保方 潤一
    • 依托单位：
      Nagoya University
    「植物ゲノムの転写単位新生能」を定量的に評価する手法の確立と応用
    • 批准号：
      17657016
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Exploratory Research
    • 资助金额：
      $1.86万
    • 财政年份：
      2005
    • 负责人：
      小保方 潤一
    • 依托单位：
      Nagoya University
    高等植物における葉緑体RNAエディティングの分子機構の解明
    • 批准号：
      17026014
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $3.52万
    • 财政年份：
      2005
    • 负责人：
      小保方 潤一
    • 依托单位：
      Nagoya University
    シンビオジェネシスの基礎となるプロモーター獲得原理の解明
    • 批准号：
      17018017
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $3.78万
    • 财政年份：
      2005
    • 负责人：
      小保方 潤一
    • 依托单位：
      Nagoya University
    海外基金