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DNAマイクロアレイを応用したチャネロパチーのハイスループット遺伝子解析

使用 DNA 微阵列对离子通道病进行高通量遗传分析

基本信息

批准号：
17790571
负责人：
高橋祐二
金额：
$ 2.24万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

てんかん,片頭痛,ミオトニア,周期性四肢麻痺など多くの疾患において,チャネル分子の関与が明らかになってきており,テャネロパチーと総称されるようになってきている.これらは家族性の疾患が多く,確定診断のためには原因遺伝子解析が必要になる場合が多いが,個々の遺伝子のサイズが巨大であること,また遺伝的異質性を有することから,通常の方法では労力がかかり,スループットの高い遺伝子解析法の応用が必要であった.このような背景から,チャネル遺伝子を搭載したDNAマイクロアレイをデザインし,解析システムを構築した.具体的には,家族性片麻痺型片頭痛の原因遺伝子CACNAIA, ATPIA2の全エクソン及び周辺のイントロン配列を搭載したマイクロアレイをデザインした.各エクソンの特異的増幅の可能なプライマーをデザインし,スループットの向上のため,PCR条件を均一にした.さらに,多くのPCR産物のハンドリングを正確にかつ高速に行うために,ロボティックスの導入を行った.このような改良の結果,実質3日で上記遺伝子の全エクソンの解析が可能となった.構築したシステムの精度を検証し,99%以上の高い精度で塩基配列の判定が可能であった.また既知の変異を有する検体を用いて変異の検出感度を検討し,点変異においては100%の感度で検出可能であった.チャネロパチーは点変異が多いことから,マイクロアレイを用いた変異の検出の対象疾患としてはチャネロパチーは適していると考えられる.応用として実際に片麻痺型片頭痛の患者由来ゲノムDNAの解析を行った.明らかな変異は認められず,未知の原因遺伝子の存在が考えられた.今後本システムはチャネロパチーの遺伝子診断に有用である可能性が示唆された.

The symptoms of chronic quadriplegia include headache, headache, periodic quadriplegia, chronic paralysis, chronic paralysis and chronic paralysis. There are many familial diseases, and it is necessary to determine the diagnosis and the cause of genetic analysis. There are many occasions when genetic analysis is necessary, and there are great differences between genetic analysis and genetic analysis. Usually, methods are used to determine the cause of genetic analysis. The background of this event is to analyze the structure of the event. Specifically, the cause of familial flare-paralysis flare-headache is transmitted by CACNAIA, ATPIA2 and the full range of solutions and peripheral solutions. The PCR conditions are uniform for each individual amplification. In addition, the PCR products of many kinds of PCR products are introduced into the system at high speed. The result of this improvement is that it is possible to analyze the complete solution of the problem on the 3rd. The accuracy of the construction of the system is verified, and more than 99% of the high accuracy of the determination of the base array is possible. There is a difference in the sensitivity of the detection, and the sensitivity of the detection is 100%. The problem is that there are many different ways to deal with it. The analysis of DNA in patients with paralytic patch headache. The reason why the child exists is unknown. In the future, this article will be useful for diagnosis of genetic diseases.